| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1530020 = | 140 (0.910) | 2115 (13.820) | 263/426 | -0.0 | 93.9% | coding (99/483 nt) | ydcD | uncharacterized protein YdcD |
| ? | NC_000913 | = 1557505 | 136 (0.890) | coding (534/927 nt) | ddpF | putative D,D‑dipeptide ABC transporter ATP‑binding subunit DdpF | |||||
Only 100 of 2115 total aligned reads displayed.
AACTCCATATTCTCCAGTTTACTAATGTTTTTTAATCGCACGCTATAAAGAATATCATTGAAAAAATTAAGATTTATATCAACCACTCCACAGTGCGTCCTGTAATTATTAACCATTATACTTATAAAATGACCATTCCCTCTACTAATTTTTTGGTCATTAATTATTTTATAAATAATATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1530256‑1530020‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCAGATTGTAGAACTGGGCGACGCGCAGCAGGTGCTGACGGCACCTGCACATCCATACACCCGATTATTGCTGGATTCCCTCCCCGCCATTGATAAACCGCTGGAGGAAGAATGGG < 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1:635931/239‑1 AATGTTTTTTAATCGCACGCTATAAAGAATATCATTGAAAAAATTAAGATTTATATCAACCACTCCACAGTGCGTCCTGTAATTATTAACCATTATACTTATAAAATGACCATTCCCTCTACTAATTTTTTGGTCATTAATTATTTTATAAATAATATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAA < 2:1451014/240‑1 TTTTAATCGCACGCTATAAAGAATATCATTGAAAAAATTAAGATTTATATCAACCACTCCACAGTGCGTCCTGTAATTATTAACCATTATACTTATAAAATGACCATTCCCTCTACTAATTTTTTGGTCATTAATTATTTTATAAATAATATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGTGCGCAG > 2:37466/1‑215 TTTAATCGCACGCTATAAAGAATATCATTGAAAAAATTAAGATTTATATCAACCACTCCACAGTGCGTCCTGTAATTATTAACCATTATACTTATAAAATGACCATTCCCTCTACTAATTTTTTGGTCATTAATTATTTTATAAATAATATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACA > 1:740592/1‑240 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ATCATTGAAAAAATTAAGATTTATATCAACCACTCCACAGTGCGTCCTGTAATTATTAACCATTATACTTATAAAATGACCATTCCCTCTACTAATTTTTTGGTCATTAATTATTTTATAAATAATATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTAT > 2:1542966/1‑239 ATCATTGAAAAAATTAAGATTTATATCAACCACTCCACAGTGCGTCCTGTAATTATTAACCATTATACTTATAAAATGACCATTCCCTCTACTAATTTTTTGGTCATTAATTATTTTATAAATAATATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTAT > 2:1330024/1‑239 ATCATTGAAAAAATTAAGATTTATATCAACCACTCCACAGTGCGTCCTGTAATTATTAACCATTATACTTATAAAATGACCATTCCCTCTACTAATTTTTTGGTCATTAATTATTTTATAAATAATATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTAT > 1:1486352/1‑239 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CATTCCCTCTACTAATTTTTTGGTCATTAATTATTTTATAAATAATATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCAGATTGTAGAA > 1:1234384/1‑240 TCCCTCTACTAATTTTTTGGTCATTAATTATTTTATAAATAATATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATA > 2:44635/1‑193 CTCTACTAATTTTTTGGTCATTAATTATTTTATAAATAATATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCA < 2:1706857/224‑1 TCTACTAATTTTTTGGTCATTAATTATTTTATAAATAATATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCA < 1:874547/223‑1 TACTAATTTTTTGGTCATTAATTATTTTATAAATAATATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCAGATTGTAGAACTGGGCGA < 1:398031/239‑1 TACTAATTTTTTGGTCATTAATTATTTTATAAATAATATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCAGATTGTAGAACTGGGCGA < 1:1514923/239‑1 TACTAATTTTTTGGTCATTAATTATTTTATAAATAATATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGG < 2:262040/219‑1 ACTAATTTTTTGGTCATTAATTATTTTATAAATAATATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCAGATTGTAGAGCTGGGCGACG > 1:477509/1‑240 TAATTTTTTGGTCATTAATTATTTTATAAATAATATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCAGATTGTAGAACTGGGCGACGCG > 1:541356/1‑240 TTTTTGGTCATTAATTATTTTATAAATAATATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCAGATTGTAGAACTGGGCGACGCGCAGC < 2:1191798/240‑1 TCATTAATTATTTTATAAATAATATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCAGATTGTAGAACTGGGCGACGCGCAGC < 1:317726/233‑1 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2:1261128/240‑1 TAAATAATATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCAGATTGTAGAACTGGGCGACGCGCAGC < 2:532164/218‑1 ATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCA < 2:736612/184‑1 TTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTG > 2:160309/1‑162 TTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCAGATTGTAGAACTGGGCGACGCGCAGCAGGTGCTGACGGCACCTGCA > 1:119577/1‑226 AAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTTTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCAGATTGTAGAACTGGGCGACGCGC < 2:320062/196‑1 CTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCG > 1:810305/1‑146 AACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCAGATTGTAGAACTGGGCGACGCGCAGCAGGTGCTGACGGCACCTGCACATCCATACACCCGATTATTGCTGGATTCCCTCC < 1:1003802/240‑1 CGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCAGATTGTAGAACTGGGCGACGCGCAGCAGGTGCTGACGGCACCTGCACATCCATACACCCGATTATTGCTGGATTCCCTCCCC > 1:1136765/1‑240 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TATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCAGATTGTAGAACTGGGCGACGCGCAGCAGGTGCTGACGGCACCTGCACATCCATACACCCGATTATTGCTGGATTCCCTCCCCGCCATTGATAAACC > 1:291249/1‑239 TATGTCCATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGA > 2:1086528/1‑116 ATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACATTGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCAGATTGTAGAACTGGGCGACGCGCAGCAGGTGCTGACGGCACCTGCACATCCATACACCCGATTATTGCTGGATTCCCTCCCCGCCATTGATAAACCG > 2:1487904/1‑233 ATAAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCAGATTGTAGAACTGGGCGACGCGCAGCAGGTGCTGACGGCACCTGCACATCCATACACCCGATTATTGCTGGATTCCCTCCCCGCCATTGATAAACCGCTGGAGG < 1:377314/240‑1 AAAATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCAGATTGTAGAACTGGGCGACGCGCAGCAGGTGCTGACGGCACCTGCACATCCATACACCCGATTATTGCTGGATTCCCTCCCCGCCATTGATAAACCGCTGGAGGA < 1:953765/239‑1 ATACGGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCAGATTGTAGAACTGGGCGACGCGCAGCAGGTGCTGACGGCACCTGCACATCCATACACCCGATTATTGCTGGATTCCCTCCCCGCCATTGATAAACCGCTGGAGGAAGAA < 1:341295/240‑1 GGGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCAGATTGTAGAACTGGGCGACGCGCAGCAGGTGCTGACGGCACCTGCACATCCATACACCCGATTATTGCTGGATTCCCTCCCCGCCATTGATAAACCGCTGGAGGAAGAATGGG > 1:185177/1‑240 AACTCCATATTCTCCAGTTTACTAATGTTTTTTAATCGCACGCTATAAAGAATATCATTGAAAAAATTAAGATTTATATCAACCACTCCACAGTGCGTCCTGTAATTATTAACCATTATACTTATAAAATGACCATTCCCTCTACTAATTTTTTGGTCATTAATTATTTTATAAATAATATTTTTTTCAGAAAGATATATCTCAACGCTCTTTGGTGTTTTATGTCCATAAAATACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1530256‑1530020‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGCGCAGATCCTCAATTTACTGGTAACGCTACAGGAAAATCACGGGCTGACCTATGTGCTGATTTCACACAATGTCTCGGTGATACGTCATATGAGCGATCGGGTGGCGGTGATGTATCTCGGGCAGATTGTAGAACTGGGCGACGCGCAGCAGGTGCTGACGGCACCTGCACATCCATACACCCGATTATTGCTGGATTCCCTCCCCGCCATTGATAAACCGCTGGAGGAAGAATGGG < NC_000913/1557505‑1557267 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |