| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,971,191 | Δ7,312 bp | IS1‑mediated | [tar]–flhD | [tar], cheW, cheA, motB, motA, flhC, flhD |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1971191 | 1979062–1978503 | 7313–7872 | 30 [0] | [7] 8 | [tar]–[insA‑5] | [tar],cheW,cheA,motB,motA,flhC,flhD,insB‑5,[insA‑5] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1971190 | 0 (0.000) | 30 (0.830) | 22/424 | 0.6 | 100% | coding (1502/1662 nt) | tar | methyl‑accepting chemotaxis protein Tar |
| ? | NC_000913 | 1978503 = | NA (NA) | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
CCCATCAGGCGGCAATGACCGCGTTAGTAAATACTCGTCAAAATGTTTCCCAGTTTGGATCTTGTTCAGCAATTCGCAGTCGTGGCTGAGCCGGTGGTTGCTCACTGGCAGGACGGGATGGTGTTTGCGGTTTATTGGTGAGTGGGCTGGCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1970993‑1971190‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCATCCATATCACC > NC_000913/1978503‑1978737 CCCATCAGGCGGCAATGACCGCGTTAGTAAATACTCGTCAAAATGTTTCCCAGTTTGGATCTTGTTCAGCAATTCGCAGTCGTGGCTGAGCCGGTGGTTGCTCACTGGCAGGACGGGATGGTGTTTGCGGTTTATTGGTGAGTGGGCTGGCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT > 2:395192/1‑239 CGTTAGTAAATACTCGTCAAAATGTTTCCCAGTTTGGATCTTGTTCAGCAATTCGCAGTCGTGGCTGAGCCGGTGGTTGCTCACTGGCAGGACGGGATGGTGTTTGCGGTTTATTGGTGAGTGGGCTGGCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > 1:172140/1‑240 GTCAAAATGTTTCCCAGTTTGGATCTTGTTCAGCAATTCGCAGTCGTGGCTGAGCCGGTGGTTGCTCACTGGCAGGACGGGATGGTGTTTGCGGTTTATTGGTGAGTGGGCTGGCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGGTAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTT > 2:215657/1‑218 GTCAAAATGTTTCCCAGTTTGGATCTTGTTCAGCAATTCGCAGTCGTGGCTGAGCCGGTGGTTGCTCACTGGCAGGACGGGATGGTGTTTGCGGTTTATTGGTGAGTGGGCTGGCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTT > 1:25863/1‑240 GTCAAAATGTTTCCCAGTTTGGATCTTGTTCAGCAATTCGCAGTCGTGGCTGAGCCGGTGGTTGCTCACTGGCAGGACGGGATGGTGTTTGCGGTTTATTGGTGAGTAGGCTGGCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTT > 1:118284/1‑240 TTCAGCAATTCGCAGTCGTGGCTGAGCCGGTGGTTGCTCACTGGCAGGACGGGATGGTGTTTGCGGTTTATTGGTGAGTGGGCTGGCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTC < 2:376582/235‑1 GTGGCTGAGCCGGTGGTTGCTCACTGGCAGGACGGGATGGTGTTTGCGGTTTATTGGTGAGTGGGCTGGCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCT < 2:355414/240‑1 GTGGCTGAGCCGGTGGTTGCTCACTGGCAGGACGGGATGGTGTTTGCGGTTTATTGGTGAGTGGGCTGGCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCT < 1:366589/240‑1 GCCGGTGGTTGCTCACTGGCAGGACGGGATGGTGTTTGCGGTTTATTGGTGAGTGGGCTGGCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGC < 2:17845/200‑1 ACTGGCAGGACGGGATGGTGTTTGCGGTTTATTGGTGAGTGGGCTGGCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAACGGCTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCC > 1:302659/1‑235 GCAGGACGGGATGGTGTTTGCGGTTTATTGGTGAGTGGGCTGGCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTC < 1:16490/240‑1 CGGGATGGTGTTTGCGGTTTATTGGTGAGTGGGCTGGCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCG > 1:39590/1‑240 GGATGGTGTTTGCGGTTTATTGGTGAGTGGGCTGGCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTA > 1:357189/1‑240 TGTTTGCGGTTTATTGGTGAGTGGGCTGGCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCG < 1:395199/239‑1 GGTTTATTGGTGAGTGGGCTGGCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCT > 2:321930/1‑193 AGTGGGCTGGCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCGGCTCCACCGATTTTGAGAACGACCGCGACTTCCGTCCCCGCCGTGCCA > 2:138797/1‑171 AGTGGGCTGGCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCT > 1:163288/1‑240 GGCTGGCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCC > 2:125310/1‑240 GCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTC > 1:142625/1‑239 GCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACGGCGACTT < 2:181452/142‑1 GCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGC < 2:412294/240‑1 GCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTT > 1:181452/1‑142 CCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGC < 2:274236/239‑1 CAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGG < 1:15185/240‑1 CAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGC < 2:96932/238‑1 ACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCG < 2:87489/203‑1 CTGCTTGCTTTAAACGACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCGGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGC < 2:204086/221‑1 ACTCGCCTGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGC < 2:342196/222‑1 TGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCATCCATATCACC < 1:178853/239‑1 TGTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATA < 2:195442/208‑1 CCCATCAGGCGGCAATGACCGCGTTAGTAAATACTCGTCAAAATGTTTCCCAGTTTGGATCTTGTTCAGCAATTCGCAGTCGTGGCTGAGCCGGTGGTTGCTCACTGGCAGGACGGGATGGTGTTTGCGGTTTATTGGTGAGTGGGCTGGCTGCCAGACGGAACGCGGAAACTGCTTGCGTTAAACGACTCGCCTGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1970993‑1971190‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCATCCATATCACC > NC_000913/1978503‑1978737 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |