| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2749471 | 558 (1.060) | 33 (0.080) | 7/90 | NT | 6.9% | intergenic (+734/‑47) | smpB/intA | trans‑translation protein/CP4‑57 prophage; integrase |
| ? | CP009273 | = 2749488 | 447 (1.060) | intergenic (+751/‑30) | smpB/intA | trans‑translation protein/CP4‑57 prophage; integrase | |||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2749396‑2749471‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taggcccaacgTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT < CP009273/2749488‑2749423 GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAG > 1:34937114/1‑68GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAG > 1:39059481/1‑68GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAG > 1:30688370/1‑68GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAG > 1:35644809/1‑68 CCTCATTTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGG < 1:35950408/67‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCTAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:17352179/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:3206099/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:22317743/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:41045484/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:25746801/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:43564270/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:36863026/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:27180594/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:545212/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:27779899/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:6711185/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:16371632/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:12634120/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:9383445/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGG < 1:29521260/67‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGG < 1:3104023/67‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGG < 1:842625/67‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGG < 1:35105987/67‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGG < 1:31747496/67‑1 CCTCAAATTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:11575979/68‑1 TCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACCAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCC < 1:6663482/68‑1 AATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAA < 1:2380114/68‑1 ATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAAC < 1:33386241/68‑1 ATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAAC < 1:13807257/68‑1 ATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAAC > 1:1486191/1‑68 TTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG > 1:25127278/1‑68 TTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG > 1:2789429/1‑68 TCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG < 1:13029320/54‑1 GAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTGGT > 1:26524670/1‑68 GAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGT > 1:39212032/1‑68 ACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCGCTACGTAAACAATAGGGGTTTTCGTTGG > 1:24222931/1‑67 CTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGC < 1:18035672/68‑1 GGCCCATTGATAGGCCCCACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCGTATCAATGGGCCTAAAAGGT > 1:42327277/1‑67 GGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTTAAAGGT > 1:33061729/1‑67 GGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGg > 1:8703370/1‑66 GGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGT > 1:38509889/1‑67 GGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGT > 1:26423148/1‑67 GGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGT > 1:4565134/1‑67 GGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGT > 1:18709907/1‑67 GGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGT > 1:34112611/1‑67 GCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTC > 1:7394295/1‑68 CCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCG > 1:37162472/1‑68 ATAGGCCCAACGTAATCAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAA > 1:3651352/1‑68 ATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAA > 1:1948678/1‑68 ATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCGTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAA > 1:24590337/1‑68 GGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTA > 1:9611336/1‑68 GGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTA > 1:1590961/1‑68 GGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAG > 1:34900049/1‑53 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATGAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAt > 1:23087182/1‑67 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:795708/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:31559919/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:36526692/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:41863239/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:38243704/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:10050370/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:1918346/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:27006115/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:21944611/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:23517598/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:44730/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:25955666/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:20256084/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:26864448/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:28955438/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:36360257/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:15489826/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:1562273/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:8536333/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGAATTAATTAGT > 1:42839312/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGATGGGACTAGCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:35296789/1‑68 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:17065856/1‑67 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:42155447/1‑67 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:16306514/1‑67 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:4126125/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:7680143/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:40239982/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:20867395/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:43496622/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:7506428/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:25655013/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:13383203/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:29946031/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:1844031/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAA < 1:2630593/59‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTGCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:39329949/68‑1 CGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:21232440/1‑68 CGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:6388063/1‑68 CGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:20453998/1‑68 CGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:28667408/1‑68 CGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC > 1:3576900/1‑67 GTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:10518301/1‑67 GTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:32816271/1‑67 GTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:16890294/1‑67 GTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:5097300/1‑67 GTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:35162783/1‑67 GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2749396‑2749471‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taggcccaacgTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT < CP009273/2749488‑2749423 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |