| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 438477 | NA (NA) | 12 (0.030) | 8/88 | NT | NA | noncoding (4/32 nt) | REP39 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP39 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 438479 | NA (NA) | noncoding (6/32 nt) | REP39 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP39 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 682 total aligned reads displayed.
TGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCA > CP009273/438410‑438544 | gcgcGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTgg < 1:5784409/68‑1 (MQ=255) gcgcGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGGATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTgg < 1:217608/68‑1 (MQ=255) cgcgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTgg > 1:11927330/1‑67 (MQ=255) cgcgAGCAGGGCTTAAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTgg > 1:12993180/1‑67 (MQ=255) cgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTca < 1:10394448‑M2/68‑3 (MQ=255) cgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTca < 1:12307663‑M2/68‑3 (MQ=255) gCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTcaga > 1:38066574‑M2/1‑63 (MQ=255) cAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTcagat < 1:4098255‑M2/67‑6 (MQ=255) cTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTcagatgcgacg < 1:25019396‑M2/68‑12 (MQ=255) cTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTcagatgcgac > 1:41217711‑M2/1‑57 (MQ=255) tttAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTcagatgcgacgt > 1:5380906‑M2/1‑56 (MQ=255) aaCAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGttt > 1:15110297/1‑67 (MQ=255) aTGTGAAGGTATAGCGCCCGTAATATGTGGTGTTTACGTCGCATCTGGTcagatgcgacgtaaaaacc > 1:7816819‑M2/1‑49 (MQ=255) tgtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCa > 1:40296752/1‑68 (MQ=255) gtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCAt < 1:30656555/68‑1 (MQ=255) gtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCAt < 1:38369189/68‑1 (MQ=255) gtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCAt < 1:3920451/68‑1 (MQ=255) gtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCAt < 1:9317670/68‑1 (MQ=255) gtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCAt < 1:35826732/68‑1 (MQ=255) gtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCAt < 1:20578089/68‑1 (MQ=255) gtgAACGAATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTCGCCGCAt < 1:18954747/68‑1 (MQ=38) gAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATc < 1:32370964/67‑1 (MQ=255) aGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCg < 1:17095206/67‑1 (MQ=255) ggTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac > 1:6763347/1‑68 (MQ=255) ggTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac > 1:2107008/1‑68 (MQ=255) ggTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGAGACGTTTGCCCCATCCGac > 1:37042513/1‑68 (MQ=255) gTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGaccagatgcgacgtattaaccccaaatt > 1:42286476‑M1/1‑39 (MQ=255) tataTCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac > 1:10072023/1‑66 (MQ=255) tataTCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac > 1:20281983/1‑66 (MQ=255) tataTCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac < 1:33171162/66‑1 (MQ=255) tataTCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac < 1:23323806/66‑1 (MQ=255) tataTCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac > 1:7108007/1‑66 (MQ=255) tataTCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac < 1:37817930/66‑1 (MQ=255) tataTCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac > 1:15757982/1‑66 (MQ=255) tataTCGCCCGTAATTTGTGGCTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac < 1:41990723/66‑1 (MQ=255) atatCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACact < 1:24641978/68‑1 (MQ=255) tatCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACacta < 1:42347034/68‑1 (MQ=255) tatCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACact > 1:16065042/1‑67 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACactac < 1:15493768/68‑1 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACactac < 1:25331747/68‑1 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACactac < 1:20089599/68‑1 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACact > 1:29954538/1‑66 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACact > 1:2831949/1‑66 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACact > 1:34660898/1‑66 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACact > 1:40759729/1‑66 (MQ=255) tCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACactac > 1:18152485/1‑67 (MQ=255) cGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCTTCTGaccagatgcgtcgttaaaaccacaaattacgggcg > 1:38850280‑M1/1‑33 (MQ=255) cGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTcagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcg > 1:28004428‑M2/1‑35 (MQ=255) cGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGa > 1:28599073/1‑60 (MQ=255) cGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTc > 1:38506747/1‑68 (MQ=255) cGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTc > 1:488798/1‑68 (MQ=255) cGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTc < 1:17617005/68‑1 (MQ=255) cGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTc > 1:8624427/1‑68 (MQ=255) gCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCg < 1:26047725/68‑1 (MQ=255) gCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCg < 1:25896238/68‑1 (MQ=255) gCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCg < 1:43595533/68‑1 (MQ=255) gCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCg > 1:11070103/1‑68 (MQ=255) gCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGGCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCg < 1:3630752/68‑1 (MQ=255) ccGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGta < 1:6321963/68‑1 (MQ=255) aaTTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGtaataa > 1:18305992/1‑68 (MQ=255) aaTTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGtaataa < 1:24243862/68‑1 (MQ=255) aaTTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGtaata < 1:36121633/67‑1 (MQ=255) aaTTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGtaata < 1:29530986/67‑1 (MQ=255) aaTTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGtaata < 1:17310444/67‑1 (MQ=255) aaTTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCAGACACTACTCGtaataa < 1:14365171/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt > 1:41716228/1‑68 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:23596199/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:31863308/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:23891442/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:30326114/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:27067212/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:28949222/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:14675637/68‑1 (MQ=255) tgtgGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATtat < 1:19439228/68‑1 (MQ=255) ggTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATaaa < 1:35276050/68‑1 (MQ=255) ggTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATaaa > 1:33717105/1‑68 (MQ=255) aCGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTg > 1:12836515/1‑67 (MQ=255) cGTCGCATCTGaccagatgcgccgtaaaaaccacaaattacgggcgatataccttcacattgttaaa > 1:8188673‑M1/1‑11 (MQ=255) cGTCGCATCTGaccagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcgatataccttcacattgttaaag < 1:42926442‑M1/68‑58 (MQ=255) cGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTgcc > 1:12504254/1‑68 (MQ=255) gTCGCATCTGaccagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcgatataccttcacattgttaaagc < 1:26874406‑M1/68‑59 (MQ=255) gTCGCATCTGaccagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcgatataccttcacattgttaaag > 1:30263672‑M1/1‑10 (MQ=255) cGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTgccgc < 1:16490370/67‑1 (MQ=255) gCATCTGgccatatgctacgtaaaaaccacaaattacgggcgatataccttcacattgttaaagccct < 1:22418033‑M1/68‑62 (MQ=255) aTCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCAt < 1:27463324/67‑1 (MQ=255) aTCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATc > 1:33936136/1‑68 (MQ=255) tttgaccagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcgatataccttcacattgttaaagccctgct < 1:27664430‑M1/66‑65 (MQ=255) tCTGaccagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcgatataccttcacattgttaaagccctgc > 1:9491346‑M1/1‑4 (MQ=255) tCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAACTCCCTGCCGCCATc > 1:11482105/1‑67 (MQ=255) tCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCGATCa < 1:13377224/68‑1 (MQ=255) tCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCa < 1:39741202/68‑1 (MQ=255) tCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCa < 1:14148759/68‑1 (MQ=255) tCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCa < 1:13741528/68‑1 (MQ=255) tCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCa < 1:32554138/68‑1 (MQ=255) tCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCa < 1:9021234/68‑1 (MQ=255) tGaccagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcgatataccttcacattgttaaagccctgctcg < 1:43163337‑M1/68‑67 (MQ=255) tGaccagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcgatataccttcacattgttaaagccctgctcg < 1:31436971‑M1/68‑67 (MQ=255) tGaccagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcgatataccttcacattgttaaagccctgctcg < 1:37571200‑M1/68‑67 (MQ=255) tGaccagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcgatataccttcacattgttaaagccctgctcg < 1:36612521‑M1/68‑67 (MQ=255) tGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCAcc < 1:22762651/68‑1 (MQ=255) | TGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCA > CP009273/438410‑438544 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |