| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2680401 | NA (NA) | 15 (0.040) | 4/90 | NT | NA | noncoding (8/20 nt) | REP187 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP187 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 2680405 | NA (NA) | noncoding (12/20 nt) | REP187 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP187 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 656 total aligned reads displayed.
AAGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCGA > CP009273/2680334‑2680468 | aGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATgg > 1:38164572/1‑68 (MQ=255) aGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGa < 1:32871813/66‑1 (MQ=255) gAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAca < 1:35841353‑M2/68‑3 (MQ=255) aaaaCATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAca < 1:26391743‑M2/67‑3 (MQ=255) aaaaCATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAc > 1:20297127‑M2/1‑65 (MQ=255) aaCATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatcc < 1:20668946‑M2/68‑6 (MQ=255) attcattACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggc < 1:35013328‑M2/68‑9 (MQ=255) attcattACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggc < 1:33740996‑M2/68‑9 (MQ=255) cattACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggcaac > 1:17806542‑M2/1‑57 (MQ=255) attACGTATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAAcc < 1:41957875/68‑1 (MQ=255) attACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggcaaca > 1:19785613‑M2/1‑56 (MQ=255) attACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAAcc < 1:40663854/68‑1 (MQ=255) attACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAAcc < 1:32183164/68‑1 (MQ=255) attACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAAcc < 1:16831284/68‑1 (MQ=255) attACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAAcc < 1:33120947/68‑1 (MQ=255) aTGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggcaacatcaaatt > 1:7602436‑M2/1‑49 (MQ=255) tGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGAcgc > 1:345797/1‑68 (MQ=255) gCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGAcgcg < 1:11213431/68‑1 (MQ=255) cTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCgg > 1:10287408/1‑68 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:6435270/68‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt > 1:35296905/1‑68 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt > 1:22209559/1‑68 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:13518258/68‑1 (MQ=255) ggCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggcaacatcaaattacagcac > 1:37541650‑M2/1‑42 (MQ=255) ggCCCGCATAAGGCGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggcaacatcaaattacagcac > 1:8993182‑M2/1‑42 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:39411415/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:30193750/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:28934602/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:26163801/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:16670114/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:20995381/1‑68 (MQ=255) ccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAAt > 1:24838989/1‑68 (MQ=255) aTAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGcc > 1:19439679/1‑68 (MQ=255) ggTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCcgcg > 1:17240262/1‑67 (MQ=255) ggTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCcgcg > 1:39873500/1‑67 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGtttccatccggcaacatcaaattacagcaccttatgcgggcc > 1:8034851‑M1/1‑26 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:22743157/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:24217702/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:6966589/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:18678035/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:30437857/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:29597948/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:15553869/1‑68 (MQ=255) tGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtcg > 1:34143349/1‑68 (MQ=255) gCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAGATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGggtcgt < 1:43095350/68‑1 (MQ=255) gCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtcgt < 1:39294555/68‑1 (MQ=255) gCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtcgt < 1:5607412/68‑1 (MQ=255) tGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTcc < 1:38742550/68‑1 (MQ=255) 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aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct < 1:4510083/68‑1 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct > 1:7424604/1‑68 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct > 1:10581802/1‑68 (MQ=255) tttGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTc > 1:17578430/1‑68 (MQ=255) tttGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTc > 1:21692152/1‑68 (MQ=255) ttGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCa < 1:42560895/68‑1 (MQ=255) tGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCAc < 1:6618908/68‑1 (MQ=255) gATGTTGCCGGATGtttccatccggcaacatcaaattacagcaccttatgcgggccaaagcattcgta > 1:11530911‑M1/1‑14 (MQ=255) tGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTTAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCgg > 1:36808086/1‑68 (MQ=255) tGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCgg > 1:12099269/1‑68 (MQ=255) 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cGGATGtttccatccggcaacatcaaattacagcaccttatgcgggccaaagcattcgtaatgaatgt > 1:25745918‑M1/1‑6 (MQ=255) cGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACgg < 1:36127165/67‑1 (MQ=255) cGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGa > 1:9791274/1‑68 (MQ=255) cGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGa < 1:22999491/68‑1 (MQ=255) cGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGa < 1:24543040/68‑1 (MQ=255) cGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGa < 1:15176792/68‑1 (MQ=255) cGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGa < 1:40074536/68‑1 (MQ=255) ggATGtttccatccggcaacatcaaattacagcaccttatgcgggccaaagcattcgtaatgaatgtt < 1:8336417‑M1/68‑64 (MQ=255) gATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGAt > 1:41642951/1‑67 (MQ=255) aTGtttccatccggcaacatcaaattacagcaccttatgcgggccaaagcattcgtaatgaatgttt < 1:521043‑M1/67‑65 (MQ=255) 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tGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCg < 1:28168156/68‑1 (MQ=255) aggAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAAATGCAGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCg < 1:37334068/67‑1 (MQ=255) | AAGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCGA > CP009273/2680334‑2680468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |