New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 2680401 | NA (NA) | 15 (0.040) | 4/90 | NT | NA | noncoding (8/20 nt) | REP187 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP187 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
? | CP009273 | = 2680405 | NA (NA) | noncoding (12/20 nt) | REP187 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP187 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
Only 100 of 574 total aligned reads displayed.
GGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCGAATGA > CP009273/2680339‑2680472 | gAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAca < 1:35593060‑M2/68‑3 (MQ=255) aaaaCATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAca < 1:26391743‑M2/67‑3 (MQ=255) aaaaCATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAca > 1:28020258‑M2/1‑65 (MQ=255) aaaaCATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAca > 1:31784562‑M2/1‑65 (MQ=255) aCATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccg > 1:643668‑M2/1‑62 (MQ=255) aCATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccg > 1:33804972‑M2/1‑62 (MQ=255) aCATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccg < 1:37512996‑M2/68‑7 (MQ=255) attcattACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggc < 1:41949484‑M2/68‑9 (MQ=255) attACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAAcc < 1:21914710/68‑1 (MQ=255) attACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAAcc < 1:20458728/68‑1 (MQ=255) attACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAAcc < 1:12078888/68‑1 (MQ=255) attACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAAcc < 1:39074399/68‑1 (MQ=255) attACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAAcc < 1:36914678/68‑1 (MQ=255) attACCAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAAcc < 1:17798159/68‑1 (MQ=255) ttACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggcaac < 1:11486326‑M2/66‑12 (MQ=255) tACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCt > 1:9597514/1‑68 (MQ=255) tGCTTTGGCCCGCATTAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGAcgc > 1:8148632/1‑68 (MQ=255) tGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGAcgc > 1:9074812/1‑68 (MQ=255) tGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGAcgc > 1:25700678/1‑68 (MQ=255) tGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGAcgc > 1:42943094/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCgg > 1:43398856/1‑68 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGTTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:6800950/68‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCgg < 1:15545878/67‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCgg < 1:4212279/67‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:16985643/68‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:33289380/68‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:10888936/68‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:2455620/68‑1 (MQ=255) tttGGCCAGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:24227057/68‑1 (MQ=255) ggCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggcaacatcaaattacagcac > 1:32980730‑M2/1‑42 (MQ=255) ggCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggcaacatcaaattacagcac > 1:35976441‑M2/1‑42 (MQ=255) ggCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggcaacatcaaattacagcac > 1:22829731‑M2/1‑42 (MQ=255) ggCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTa > 1:29358468/1‑68 (MQ=255) ggCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTa > 1:10231915/1‑68 (MQ=255) gCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaa > 1:30708511/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:28934602/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:30193750/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:12613491/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:24826359/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCAGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:5207015/1‑68 (MQ=255) ccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAAt > 1:2553852/1‑68 (MQ=255) aTAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGcc > 1:564327/1‑68 (MQ=255) ggTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCcgcg > 1:711585/1‑67 (MQ=255) ggTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCcgcg > 1:17240262/1‑67 (MQ=255) gTGCTGTGATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCGGcgtc > 1:20794282/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:1417166/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:39706693/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:39880182/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:30437857/1‑68 (MQ=255) tGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgt < 1:29607442/66‑1 (MQ=255) gCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtcgt < 1:33608617/68‑1 (MQ=255) gCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtcgt < 1:34757858/68‑1 (MQ=255) tGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtcgt > 1:16233027/1‑66 (MQ=255) tGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTcc < 1:4154268/68‑1 (MQ=255) tGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTcc < 1:38742550/68‑1 (MQ=255) gTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTcc > 1:10035762/1‑67 (MQ=255) gTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCct < 1:40074744/68‑1 (MQ=255) tAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTcc > 1:18707265/1‑66 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCACCCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct > 1:32227546/1‑68 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct > 1:7449120/1‑68 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct > 1:35767696/1‑68 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct < 1:22462971/68‑1 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct < 1:39282665/68‑1 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct > 1:10581802/1‑68 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct > 1:1105611/1‑68 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct < 1:15857561/68‑1 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct > 1:16685782/1‑68 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct > 1:277638/1‑68 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct > 1:28273768/1‑68 (MQ=255) tttGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTc > 1:17578430/1‑68 (MQ=255) gATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCAcc > 1:7901835/1‑68 (MQ=255) gATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCAcc > 1:8588005/1‑68 (MQ=255) tGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCACCCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCgg > 1:36588311/1‑68 (MQ=255) tGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCGTCTTCCCCgg > 1:19843352/1‑68 (MQ=255) tGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCgg > 1:36204704/1‑68 (MQ=255) tGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCgg > 1:14664110/1‑68 (MQ=255) tGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCgg > 1:12410073/1‑68 (MQ=255) tGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCgg > 1:12925817/1‑68 (MQ=255) tGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCgg > 1:13375394/1‑68 (MQ=255) tGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCGTCACCgg > 1:15290282/1‑68 (MQ=255) gTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGt < 1:26149951/68‑1 (MQ=255) gTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGt < 1:40232294/68‑1 (MQ=255) cGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACgg < 1:34332534/67‑1 (MQ=255) cGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGa < 1:22999491/68‑1 (MQ=255) cGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGa > 1:39372709/1‑68 (MQ=255) cGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGa < 1:15176792/68‑1 (MQ=255) ggATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGAt < 1:35077210/68‑1 (MQ=255) tGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCg < 1:13989691/68‑1 (MQ=255) tGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCg < 1:18268384/68‑1 (MQ=255) tGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCg < 1:31305122/68‑1 (MQ=255) tGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCg < 1:486481/68‑1 (MQ=255) tGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCg < 1:27117440/68‑1 (MQ=255) tGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCg < 1:4064887/68‑1 (MQ=255) tGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCg < 1:32784485/68‑1 (MQ=255) tGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCg < 1:38046573/68‑1 (MQ=255) tGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCg < 1:23582355/68‑1 (MQ=255) ggAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCGa > 1:19341340/1‑68 (MQ=255) aaCATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCGAATg > 1:13690641/1‑68 (MQ=255) aCATCCGGCAACCCTTGTCGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCGAATGa < 1:21230050/68‑1 (MQ=255) aCATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCGAATg > 1:25063252/1‑67 (MQ=255) | GGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCGAATGA > CP009273/2680339‑2680472 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |