| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3556942 = | NA (NA) | 8 (0.020) | 4/98 | NT | NA | noncoding (1/98 nt) | RIP256 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP256 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site |
| ? | CP009273 | 3556967 = | NA (NA) | noncoding (26/98 nt) | RIP256 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP256 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
Only 100 of 908 total aligned reads displayed.
CAGATTTCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACGTTCACGTCGCA > CP009273/3556900‑3557033 | gATTTCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTa < 1:16286459/68‑1 (MQ=255) tttCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAATACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACg > 1:39636665/1‑68 (MQ=255) tttCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTa < 1:34965555/66‑1 (MQ=255) tttCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTa < 1:168234/66‑1 (MQ=255) tttCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACg > 1:33784197/1‑68 (MQ=255) tttCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACg < 1:15794744/68‑1 (MQ=255) agaccatgcaaattcaatatattgcataaaccacgtagGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACg < 1:7452658‑M1/30‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTCCGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:17478269/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:31414308/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:38306129/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:38607973/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:27674817/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:25997015/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:2305223/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:41791765/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:36999644/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:36426277/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:5062813/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:5914944/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:11136955/68‑1 (MQ=255) aTCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGtt > 1:41112258/1‑68 (MQ=255) aTCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGtt > 1:40310124/1‑68 (MQ=255) tCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGttt > 1:6819199/1‑68 (MQ=255) tGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTAt < 1:26777840/68‑1 (MQ=255) tGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTAt < 1:21431684/68‑1 (MQ=255) tGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTAt < 1:39277611/68‑1 (MQ=255) tGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTAt < 1:35255087/68‑1 (MQ=255) gCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGc > 1:33415479/1‑68 (MQ=255) ccTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGc < 1:35466764/67‑1 (MQ=255) ccTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGc < 1:37933668/67‑1 (MQ=255) tGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAat < 1:42069965/68‑1 (MQ=255) tGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAat < 1:21143429/68‑1 (MQ=255) gagaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAata < 1:14225968/68‑1 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACTAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTTTCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatat < 1:31951632/67‑1 (MQ=17) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatata > 1:2424960/1‑68 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatata > 1:40775383/1‑68 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatat < 1:32965596/67‑1 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatat < 1:2891322/67‑1 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatat < 1:31716375/67‑1 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatat < 1:12876826/67‑1 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatat < 1:27885962/67‑1 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatat < 1:26392357/67‑1 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatat < 1:25064600/67‑1 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatat < 1:13341402/67‑1 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatat < 1:35814815/67‑1 (MQ=255) aCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatatat > 1:38829156/1‑68 (MQ=255) aCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatatat > 1:28489714/1‑68 (MQ=255) aCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatatat > 1:8522927/1‑68 (MQ=255) aCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatatat > 1:22472155/1‑68 (MQ=255) cTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatata < 1:34452308/66‑1 (MQ=255) gatgaCAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGa < 1:29322605/68‑1 (MQ=255) gatgaCAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGa < 1:12242266/68‑1 (MQ=255) gaCAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAAtt > 1:32512437/1‑68 (MQ=255) cAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAAttt > 1:32286055/1‑67 (MQ=255) cAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAAttt < 1:6284937/67‑1 (MQ=255) cAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTg < 1:37579930/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:10017544/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:28056377/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:11357838/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:29578343/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:2872943/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:17972052/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:12559046/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:20616590/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:42631967/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTCATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:23413950/68‑1 (MQ=255) aaaCTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCt < 1:9295640/68‑1 (MQ=255) aaCTGCCTGATGCGCTACGCTTATCATGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCtt < 1:10435805/68‑1 (MQ=255) aaCTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCtt < 1:7104113/68‑1 (MQ=255) aaCTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCtt < 1:21965640/68‑1 (MQ=255) aCTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTg > 1:11552673/1‑68 (MQ=255) CTGATGCGCTAGGCTTATGAGGCCTAGGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTgtatg > 1:24537406‑M1/1‑65 (MQ=255) CTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAgg > 1:17104602‑M1/1‑67 (MQ=255) CTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAgg < 1:19857927‑M1/67‑1 (MQ=255) TGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGcc > 1:23859228‑M1/1‑68 (MQ=255) TGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAg > 1:32758175‑M1/1‑67 (MQ=255) TGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAg > 1:4315808‑M1/1‑67 (MQ=255) TGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAg > 1:34188274‑M1/1‑67 (MQ=255) TGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGa > 1:10869876‑M1/1‑68 (MQ=255) TGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGa > 1:5400962‑M1/1‑68 (MQ=255) TGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGa > 1:22210210‑M1/1‑68 (MQ=255) gcgcTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTTTGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGAt > 1:20249474/1‑68 (MQ=255) gcgcTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCGAGAt > 1:14879925/1‑68 (MQ=255) gcgcTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGAt > 1:4412658/1‑68 (MQ=255) gcgcTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGAt > 1:774185/1‑68 (MQ=255) gcgcTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGAt > 1:8991493/1‑68 (MQ=255) cgcTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATa > 1:40588346/1‑68 (MQ=255) gcTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATa < 1:4838430/67‑1 (MQ=255) agcgaataaggcCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACg < 1:29830858‑M2/56‑1 (MQ=255) 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cCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACGTTCACGTCGCa > 1:27243779‑M2/2‑68 (MQ=255) | CAGATTTCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACGTTCACGTCGCA > CP009273/3556900‑3557033 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |