| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 4382210 | 202 (0.380) | 23 (0.050) | 12/96 | NT | 10.5% | noncoding (34/76 nt) | glyV | tRNA‑Gly |
| ? | CP009273 | = 4382323 | 217 (0.480) | noncoding (35/76 nt) | glyX | tRNA‑Gly | |||||
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
TTTGAAAAGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGTAAGGCACA > CP009273/4382256‑4382389 | tttGAAAAGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCACGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGc < 1:2640574/68‑1 (MQ=255) aaaGTGCTGCAAATAACATACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaag > 1:14238643‑M2/1‑63 (MQ=255) aaaGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaagg > 1:40032471‑M2/1‑63 (MQ=255) aaaGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaag > 1:29360181‑M2/1‑63 (MQ=255) aaaGTGCTGCAAAGCACAGACCACCAAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaagg > 1:37390143‑M2/1‑63 (MQ=255) aaaGTGCGGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaagg > 1:42266534‑M2/1‑63 (MQ=255) aaGTGCTTCACATCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaaggt > 1:19058608‑M2/1‑62 (MQ=255) aaGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaaggt > 1:22299259‑M2/1‑62 (MQ=255) gcggcAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCggg < 1:11194231/65‑1 (MQ=255) gcAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTc > 1:41331710/1‑68 (MQ=39) aaaGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGCGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTcgc > 1:28543694/1‑68 (MQ=25) aaaGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTcgc > 1:22071259/1‑68 (MQ=35) aaaGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTcgc > 1:18499346/1‑68 (MQ=35) aGCACATACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGa < 1:42518420/68‑1 (MQ=14) accaccCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaagg < 1:13254561‑M2/49‑6 (MQ=255) ccaccCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaaggtcgtgctctaccaactga > 1:43512950‑M2/1‑43 (MQ=255) gggggaaTCCCTCTGTTGTTAGAGCACGACCTTGCcaaggtcgtgctctaccaactgagctattcccg > 1:8715388‑M2/3‑35 (MQ=255) tAGAGCACGACCTTGGcaaggtcgtgctctaccaactgagctattcccgcgtactacttttttttgct < 1:2614311‑M2/68‑53 (MQ=255) tAGAGCACGACCTTGGcaaggtcgtgctctaccaactgagctattcccgcgtactacttaattttgct < 1:19619326‑M2/68‑53 (MQ=255) tAGAGCACGACCTTGGcaaggtcgtgctctaccaactgagctattcccgcgtactacttaattttgct < 1:12069795‑M2/68‑53 (MQ=255) tAGAGCACGACCTTGGcaaggtcgtgctctaccaactgagctattcccgcggactacttaattttgct < 1:18152577‑M2/68‑53 (MQ=255) tAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAATTTTGataa > 1:2296159/1‑65 (MQ=0) tAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTTAAAg > 1:21821668/1‑68 (MQ=14) tAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGCAAg > 1:4892668/1‑68 (MQ=14) tAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAg > 1:24008557/1‑68 (MQ=31) tAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAg > 1:12877796/1‑68 (MQ=31) tAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATATTAAAg > 1:40766699/1‑68 (MQ=255) tAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATATTAAAg > 1:17674031/1‑68 (MQ=255) gagagcACGACCTGGCcaaggtcgtgctctaccaactgagctattcccgcgtactacttaattttgc > 1:3461120‑M2/2‑16 (MQ=255) agagCACGACCTTGGcaaggtcgtgctctaccaactgagctattaccgcgtactacttaattttgctt < 1:28336353‑M2/68‑54 (MQ=255) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:7101685/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt > 1:9730344/1‑68 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:9069903/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:25276088/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:10092866/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:10879372/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:23155976/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:22777513/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:13983741/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:20941039/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:6724382/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt > 1:5826667/1‑68 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:43205136/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTAGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:3321983/68‑1 (MQ=18) gagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCGAAATTTGAAAGt > 1:27538508/1‑67 (MQ=18) gagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAATTTTGAAAGt > 1:38029627/1‑67 (MQ=18) gagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt > 1:30792683/1‑67 (MQ=33) gCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAATTTTTAAAGTGCt > 1:36601900/1‑68 (MQ=255) gCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:19816914/68‑1 (MQ=39) cACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAATTTTGAAAgg > 1:16328924/1‑63 (MQ=9) tcGACGTTGCCACGGTCTGGGTCTCGAGTTCTAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:25120587/65‑1 (MQ=14) aagACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:7393718/66‑1 (MQ=255) aCGAGCTTGCCACTGTCGGTTTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:3961394/68‑1 (MQ=14) aCGAGCTTGCCACGGTCGGGGTATAGAGTTCTCGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:6135419/66‑1 (MQ=14) aCGACCTTGCcaaggtcgtgctctaccaactgagctattcccgcgtactacttaattttgctttcgta < 1:7801649‑M2/68‑59 (MQ=255) aCGACCTTGCCACGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:38996040/66‑1 (MQ=255) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTTAAAGAGCttt > 1:24173088/1‑66 (MQ=11) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTTAAAGAGCTGt > 1:24533510/1‑68 (MQ=255) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:21121739/66‑1 (MQ=39) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:5080340/66‑1 (MQ=39) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:32814575/66‑1 (MQ=39) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt > 1:15680350/1‑68 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt > 1:25582851/1‑68 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:10199865/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:17115977/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:16181267/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:10776812/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:9603603/68‑1 (MQ=40) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |