| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 1092557 | NA (NA) | 13 (0.030) +GC |
6/108 | NT | NA | intergenic (+272/+464) | ycdU/serX | putative inner membrane protein/tRNA‑Ser |
| ? | CP009273 | = 1092559 | NA (NA) | intergenic (+274/+462) | ycdU/serX | putative inner membrane protein/tRNA‑Ser | |||||
Only 100 of 574 total aligned reads displayed.
GCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAG > CP009273/1092507‑1092626 | gctcgcCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAc < 1:25112008/68‑1 (MQ=31)gctcgcCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCGGTCGCCAGTTGTCGAc < 1:39841253/68‑1 (MQ=14) ctcgcCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAc > 1:24716655/1‑67 (MQ=31) tcgcCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAcc > 1:34966276/1‑67 (MQ=33) cgcCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAccc > 1:42103568/1‑67 (MQ=35) ccTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCgg > 1:30087993/1‑68 (MQ=35) gggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg < 1:40900510/68‑1 (MQ=35) gggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg > 1:32780429/1‑68 (MQ=35) gggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg > 1:27665292/1‑68 (MQ=35) ggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg > 1:21192799/1‑67 (MQ=35) ggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg > 1:8639362/1‑67 (MQ=35) ggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg > 1:16133216/1‑67 (MQ=35) ggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg > 1:11690613/1‑67 (MQ=35) gCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg > 1:18733521/1‑66 (MQ=35) aGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCt < 1:29644896/67‑1 (MQ=35) ccGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCtt < 1:10817834/65‑1 (MQ=35) ccGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTtc < 1:14211727/66‑1 (MQ=35) ccGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTtc < 1:28165566/66‑1 (MQ=35) ccGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTtc < 1:40213969/66‑1 (MQ=35) ccGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTtc < 1:8461698/66‑1 (MQ=35) tCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATc < 1:32940836/67‑1 (MQ=35) tCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATc < 1:24290528/67‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:21587810/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:22832008/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:12089187/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:22127579/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:6681928/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:256162/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:33918654/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:42760460/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:29268931/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:10696919/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:13556607/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:38206621/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:39193176/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:3738143/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGGCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:34508429/68‑1 (MQ=255) acggCGTTCACGGGCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:16487262/64‑1 (MQ=255) aCTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCGTCTCATccc > 1:5418309/1‑67 (MQ=25) tGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATcccccc > 1:15623239/1‑68 (MQ=35) gCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCg > 1:28967163/1‑68 (MQ=35) gCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCg > 1:642035/1‑68 (MQ=35) cGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg > 1:35790284/1‑68 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTTGACCCCCGGTCGGGGGTTCTCATCCCCCCgg < 1:17356533/67‑1 (MQ=255) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCTGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg < 1:23122892/67‑1 (MQ=25) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg < 1:36982778/67‑1 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg < 1:11563293/67‑1 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg < 1:31019246/67‑1 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg < 1:13896653/67‑1 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg < 1:36499536/67‑1 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg < 1:13006095/67‑1 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg < 1:42994169/67‑1 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgt < 1:3864554/68‑1 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgt < 1:24086261/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:12625878/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:17726266/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:486075/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:19550071/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:21974529/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtg < 1:10046177/67‑1 (MQ=35) cACGGTCTGTCCAACTGGCTGGCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:41199213/67‑1 (MQ=25) aCGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:11369063/68‑1 (MQ=35) aCGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:2182124/68‑1 (MQ=35) aCGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:32052451/68‑1 (MQ=35) aCGGTCTGGCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:7419903/68‑1 (MQ=25) aCGGTCTGCCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:19293973/68‑1 (MQ=25) cGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt > 1:18199193/1‑67 (MQ=35) cGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGtgtgtg < 1:28495768/68‑1 (MQ=35) ggTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGc < 1:8016389/68‑1 (MQ=35) ggTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGc < 1:37887521/68‑1 (MQ=35) ggTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGc > 1:4426231/1‑68 (MQ=35) ggTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGc < 1:43505543/68‑1 (MQ=35) gTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCa > 1:20179817/1‑68 (MQ=35) gTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCa > 1:21319850/1‑68 (MQ=35) gTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCa > 1:23847300/1‑68 (MQ=35) gTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCa > 1:15315573/1‑68 (MQ=35) gTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCa > 1:14979739/1‑68 (MQ=35) gTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCa > 1:10401750/1‑68 (MQ=35) tCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCaa > 1:6122067/1‑68 (MQ=35) tCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCaa > 1:10218033/1‑68 (MQ=35) tCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCaa > 1:33317790/1‑68 (MQ=35) tCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCaa > 1:24563762/1‑68 (MQ=35) tCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCaa > 1:26527411/1‑68 (MQ=35) tCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCaa > 1:41828469/1‑68 (MQ=35) tCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCACCCCGGTGTGTGCaa > 1:9453760/1‑68 (MQ=255) ccAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATacac < 1:5943263/68‑1 (MQ=40) cAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACg > 1:20704976/1‑68 (MQ=40) cAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGGGCAATACCCg > 1:25364749/1‑68 (MQ=255) aCTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGaa > 1:26280859/1‑68 (MQ=40) aCTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGaa < 1:19758329/68‑1 (MQ=40) tGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCCTCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGaaaa > 1:40406224/1‑68 (MQ=255) tGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATAGACGaaaa > 1:16777462/1‑68 (MQ=25) tGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACTaaaa < 1:32254692/68‑1 (MQ=255) tGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGaaaa < 1:3137110/68‑1 (MQ=40) tGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGGGTGTGAAATACACGaaaa > 1:9057297/1‑68 (MQ=255) tGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCAGGGGTGTGAAATAAACGaaaa > 1:30459027/1‑68 (MQ=11) tGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCACCCCGGTGTGGGCAATACACGaaaa > 1:564026/1‑68 (MQ=255) tGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCGTCTCATCCCCCCGGGGTGTGCAATAAACGgaag > 1:19037233/1‑67 (MQ=11) ggCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCTGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGaaaa < 1:7831067/67‑1 (MQ=255) gTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAg < 1:27066943/68‑1 (MQ=40) | GCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAG > CP009273/1092507‑1092626 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |