| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3375198 = | 517 (0.980) | 30 (0.070) | 6/94 | NT | 7.1% | coding (1097/1368 nt) | degQ | serine endoprotease, periplasmic |
| ? | CP009273 | 3375228 = | 353 (0.800) | coding (1127/1368 nt) | degQ | serine endoprotease, periplasmic | |||||
Only 100 of 830 total aligned reads displayed.
GTAGAAGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTC > CP009273/3375161‑3375295 | atctttaagctgaccatccctcaccgttgcaccttccagcgctggcgtgatcctttcagcgctggAAg < 1:5916832‑M2/3‑1 (MQ=255) cttttcgctgaccatccctcaccgttgcacctccccgcgctggcgtgatcatttcagcgctggAAGGt < 1:11489520‑M2/5‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACGTCTTCGGCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt < 1:20597292/67‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGATATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt < 1:33862129/67‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt > 1:34765914/1‑67 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt > 1:11809005/1‑67 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt > 1:35318234/1‑67 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt > 1:19511267/1‑67 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt > 1:21684977/1‑67 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt < 1:37831171/67‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt > 1:30989232/1‑67 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt > 1:15893785/1‑67 (MQ=255) cgctgaccatcgctcacccttgcaccttccagcgctggcgtgatcatttcaccgctggAAGGTGCAAc < 1:24479288‑M2/10‑1 (MQ=255) agctgaccatcgctcaccgttgcaccttccagcgctggcgggatcatttcaccgctggAAGGTGCAAc < 1:15148496‑M2/10‑1 (MQ=255) agctgaccatcgctcaacgttgcaccttccagcgctggcgtgatcatttcagcgctggAAGGTGCAAc < 1:40966318‑M2/10‑1 (MQ=255) agctgaccatcgctcaacgttgcaccttccagcgctggcgtgatcatttcagcgctggAAGGTGCAAc < 1:32570638‑M2/10‑1 (MQ=255) gctgaccatcgctcaacgttgcaccttCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACg < 1:24953915‑M1/41‑1 (MQ=255) cacTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACg > 1:41335349/3‑68 (MQ=255) cGCTCGATACCAGCACCTCTTCGGCGGCCAGCGCTGAAAAGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAAc < 1:41562118/67‑1 (MQ=255) gCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGt < 1:27968539/68‑1 (MQ=255) gCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGt < 1:16494227/68‑1 (MQ=255) gCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGt < 1:21011394/68‑1 (MQ=255) gCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGt < 1:25542657/68‑1 (MQ=255) gCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGt < 1:11176283/68‑1 (MQ=255) tgaccatcgctcaacgttgcacctaccagcgctggcgtgatcatttcagcgctggAAGGTGCAACGt < 1:2856741‑M2/12‑1 (MQ=255) cTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGtt > 1:3276595/1‑68 (MQ=255) catcgctcaacgttccaccttccagcgcgggggtgatcatttcagcgctggAAGGTGCAACGTTGAGc < 1:18710828‑M2/17‑1 (MQ=255) ccAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGAt > 1:16794371/1‑68 (MQ=255) ccAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGAt > 1:27163549/1‑68 (MQ=255) 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ctctTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:10813113/68‑1 (MQ=255) ctctTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:1222463/68‑1 (MQ=255) ctctTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:33207119/68‑1 (MQ=255) ctctTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:13285128/68‑1 (MQ=255) ctctTCGGCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGGCAGc < 1:4912700/68‑1 (MQ=255) cgttgcaccttcccgcgcgggcgggaccattcccgcgctggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:42032738‑M2/27‑1 (MQ=255) tctTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCt < 1:23478647/68‑1 (MQ=255) gttgcaccttCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCCACGTTGAGCGATGGTCAgcg < 1:7764515‑M1/58‑2 (MQ=255) gtggcaccttcccgcgcgggcgcgatcatttcagcgctggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCt < 1:4475960‑M2/28‑1 (MQ=255) gtcgGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAg > 1:16094774/1‑68 (MQ=255) ggCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATg > 1:27541037/1‑68 (MQ=255) ggCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATg > 1:26377079/1‑68 (MQ=255) CCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggc < 1:26760444‑M1/68‑1 (MQ=255) CAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggcg > 1:29874702‑M1/1‑68 (MQ=255) CAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggcg > 1:36899313‑M1/1‑68 (MQ=255) CAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggcg > 1:6338683‑M1/1‑68 (MQ=255) AGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggcg < 1:28880607‑M1/67‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:38061148‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:7115382‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:35923011‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:6638127‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:3061147‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:18984426‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:17859071‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:31803180‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:31375096‑M1/68‑1 (MQ=255) CTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGGTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaaa < 1:40675005‑M1/68‑1 (MQ=255) TGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAg > 1:14740085‑M1/1‑68 (MQ=255) GAAATGATCACGACAGCGCTGTAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAgg > 1:5706352‑M1/1‑68 (MQ=255) aaaTGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAgg < 1:36347584/67‑1 (MQ=255) 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aaGGTGAACCGTTGCGCCATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGt < 1:29052737/67‑1 (MQ=255) | GTAGAAGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTC > CP009273/3375161‑3375295 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |