| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 1909026 | 472 (0.670) | 24 (0.040) | 10/92 | NT | 5.1% | coding (48/2049 nt) | prc | carboxy‑terminal protease for penicillin‑binding protein 3 |
| ? | CP009273 | = 1909032 | 497 (0.860) | coding (42/2049 nt) | prc | carboxy‑terminal protease for penicillin‑binding protein 3 | |||||
Only 100 of 856 total aligned reads displayed.
TCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTT > CP009273/1908959‑1909093 | tctTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTAt < 1:19348009/68‑1 (MQ=255) tctTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTAt < 1:45291636/68‑1 (MQ=255) tctTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTAt < 1:40659987/68‑1 (MQ=255) tctTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTAt < 1:30216391/68‑1 (MQ=255) tctTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTAt < 1:27653877/68‑1 (MQ=255) ttCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTAtt > 1:41095109/1‑67 (MQ=255) ccTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCa > 1:13485946/1‑68 (MQ=255) cTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAa > 1:33902845‑M2/1‑67 (MQ=255) cTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAa < 1:32048314‑M2/68‑2 (MQ=255) aaTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcag > 1:1482041‑M2/1‑63 (MQ=255) aTACCGTAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcagg > 1:44338162‑M2/1‑62 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTtgcaatagcagg < 1:10859150‑M1/68‑13 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcagg > 1:16323857‑M2/1‑62 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcagg > 1:23748632‑M2/1‑62 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcag < 1:56500037‑M2/67‑6 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcag < 1:36831725‑M2/67‑6 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcag < 1:55067885‑M2/67‑6 (MQ=255) tACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggc > 1:10584693‑M2/1‑61 (MQ=255) tACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcagg < 1:5369068‑M2/67‑7 (MQ=255) aCCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggcc < 1:28450262‑M2/68‑9 (MQ=255) aCCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggcc < 1:22558920‑M2/68‑9 (MQ=255) cGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggccag > 1:51232390‑M2/1‑58 (MQ=255) ggAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggccaga > 1:7474133‑M2/1‑57 (MQ=255) aaTTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTa > 1:20351101/1‑68 (MQ=255) aaTTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTa > 1:41714610/1‑68 (MQ=255) tttGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAAc > 1:49172915/1‑68 (MQ=255) gATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAAcgcg < 1:22078075/68‑1 (MQ=255) aTCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTtgctatagcaggccaggcgttc > 1:14451238‑M1/1‑43 (MQ=255) aTCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCgg > 1:39759283/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCgg > 1:42156323/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCgg > 1:34779303/1‑68 (MQ=255) tCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGt > 1:32984239/1‑68 (MQ=255) tCAGCACGCGCGATATCTTCTACAGCGAAGGGCTGGCCTGCTATTGCAagcaggccagaccttcgct > 1:54343525‑M2/1‑48 (MQ=255) cAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCGGCTATTGCAagcaggccagaccttcgctgt > 1:5852652‑M2/1‑47 (MQ=255) cAGCACGCGGGATATCTTCTACAGCGAAGGCCTGGCCTCCTATTGCAagcaggccagaccttcgctgt > 1:51928746‑M2/1‑47 (MQ=255) aGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTaa > 1:15321864/1‑68 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGc < 1:31102462/67‑1 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGc < 1:6879617/67‑1 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGc < 1:50894026/67‑1 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGc < 1:37373687/67‑1 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGc < 1:53236745/67‑1 (MQ=255) cgTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTaa > 1:48588769/1‑68 (MQ=255) cgTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTaa > 1:50331984/1‑68 (MQ=255) tGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTaaaa > 1:27065510/1‑68 (MQ=255) atCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACa > 1:23188542/1‑68 (MQ=255) tcttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACAt > 1:48125672/1‑68 (MQ=255) tcttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACAt > 1:9244608/1‑68 (MQ=255) tcttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACAt > 1:2490721/1‑68 (MQ=255) tcttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACAt > 1:2567839/1‑68 (MQ=255) cttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATg > 1:56903318/1‑68 (MQ=255) ttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGt > 1:36228402/1‑68 (MQ=255) tctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGtt < 1:31694707/68‑1 (MQ=255) aCAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCAt > 1:24619044/1‑68 (MQ=255) aCAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCAt > 1:16555865/1‑68 (MQ=255) aCAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCAt > 1:21576647/1‑68 (MQ=255) aCAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCAt > 1:12586737/1‑68 (MQ=255) aCAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCAt > 1:6455989/1‑68 (MQ=255) aCAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCACGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAAAATGTTCAt > 1:13796497/1‑68 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:18197479/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:18661825/1‑67 (MQ=255) gAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg < 1:38284082/64‑1 (MQ=255) gAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg < 1:4614763/64‑1 (MQ=255) gAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg < 1:19005051/64‑1 (MQ=255) gAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTg > 1:38726756/1‑68 (MQ=255) tCTGGCCTGCTtgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctgatcaaattcc > 1:33749929‑M1/1‑11 (MQ=255) tCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGcc < 1:29641234/66‑1 (MQ=255) tCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCg > 1:34340672/1‑68 (MQ=255) tCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCg > 1:20699998/1‑68 (MQ=255) tCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCg > 1:19940490/1‑68 (MQ=255) tCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCg > 1:42693214/1‑68 (MQ=255) tCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCg > 1:8579623/1‑68 (MQ=255) cTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCg > 1:21266089/1‑67 (MQ=255) cTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCg > 1:52108368/1‑67 (MQ=255) tGGCCTGCTtgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctgatcaaattccgg > 1:25233695‑M1/1‑9 (MQ=255) tGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGc < 1:1764636/68‑1 (MQ=255) tGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGc < 1:8190673/68‑1 (MQ=255) tGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCT‑AAAAACATGTTCATGCCTGGCCCgg > 1:55409275/1‑66 (MQ=255) ggCCTGCTtgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctgatcaaattccggt < 1:40944193‑M1/68‑61 (MQ=255) ggCCTGCTtgaaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctgatcaaattccggt < 1:3509734‑M1/68‑61 (MQ=255) ggCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCgg > 1:35629144/1‑66 (MQ=255) ccTGCTtgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctgatcaaattccggtat > 1:34611733‑M1/1‑6 (MQ=255) ccTGCTtgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctgatcaaattccggta < 1:2662775‑M1/67‑62 (MQ=255) ccTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCt < 1:24037903/67‑1 (MQ=255) ccTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCt > 1:3763904/1‑67 (MQ=255) ccTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCt > 1:39231603/1‑67 (MQ=255) ccTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCt > 1:11345035/1‑67 (MQ=255) ccTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCt < 1:46973338/67‑1 (MQ=255) ccTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCt > 1:5610719/1‑67 (MQ=255) 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tATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGtt > 1:49872560/1‑67 (MQ=255) tATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGtt < 1:43110405/67‑1 (MQ=255) | TCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTT > CP009273/1908959‑1909093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |