| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 1909026 | 472 (0.670) | 24 (0.040) | 10/92 | NT | 5.1% | coding (48/2049 nt) | prc | carboxy‑terminal protease for penicillin‑binding protein 3 |
| ? | CP009273 | = 1909032 | 497 (0.860) | coding (42/2049 nt) | prc | carboxy‑terminal protease for penicillin‑binding protein 3 | |||||
Only 100 of 731 total aligned reads displayed.
CCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAAC > CP009273/1908965‑1909099 | tAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagca < 1:25316598‑M2/68‑5 (MQ=255) aaTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcag > 1:5489154‑M2/1‑63 (MQ=255) aaTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcag > 1:1482041‑M2/1‑63 (MQ=255) aTACCGTAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcagg > 1:44338162‑M2/1‑62 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCTCGCGTTATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcagg > 1:5736895‑M2/1‑62 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGGAagcag < 1:56633359‑M2/67‑6 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcagg > 1:31576661‑M2/1‑62 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcagg > 1:26378160‑M2/1‑62 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcagg > 1:30052283‑M2/1‑62 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcagg > 1:21513269‑M2/1‑62 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcag < 1:18410485‑M2/67‑6 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcag < 1:48947054‑M2/67‑6 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcag < 1:57888534‑M2/67‑6 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcag < 1:6311022‑M2/67‑6 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATATTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcag < 1:10144581‑M2/67‑6 (MQ=255) tACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcagg < 1:27514982‑M2/67‑7 (MQ=255) tACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcagg < 1:25117591‑M2/67‑7 (MQ=255) aCCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggcc < 1:33898256‑M2/68‑9 (MQ=255) aCCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggcc < 1:28450262‑M2/68‑9 (MQ=255) cGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggccag > 1:42707850‑M2/1‑58 (MQ=255) aaTTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCt < 1:48035717/67‑1 (MQ=255) aaTTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCt < 1:49956676/67‑1 (MQ=255) aaTTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCt < 1:13849804/67‑1 (MQ=255) aaTTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTa > 1:41714610/1‑68 (MQ=255) tttGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAAc > 1:49172915/1‑68 (MQ=255) tttGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGGCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAAc < 1:9134502/68‑1 (MQ=255) aTCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCgg > 1:42156323/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCgg > 1:50560711/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCgg > 1:10661710/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCgg > 1:20228465/1‑68 (MQ=255) tCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGt > 1:36528670/1‑68 (MQ=255) cAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggccagaccttcgctgt > 1:37165021‑M2/1‑47 (MQ=255) cAGCACGCGGGATATCTTCTACAGCGAAGGCCTGGCCTCCTATTGCAagcaggccagaccttcgctgt > 1:51928746‑M2/1‑47 (MQ=255) aGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTaa > 1:16647232/1‑68 (MQ=255) aGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTaa > 1:15321864/1‑68 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggccagaccttcgctgtaga > 1:24333307‑M2/1‑43 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGc < 1:53151590/67‑1 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGc < 1:41433647/67‑1 (MQ=255) tGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTaaaa > 1:8140596/1‑68 (MQ=255) tGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTaaaa > 1:738024/1‑68 (MQ=255) tGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTaaaa > 1:16204838/1‑68 (MQ=255) tGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTaaaa > 1:47524934/1‑68 (MQ=255) tatCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTaaaaaa < 1:5411573/67‑1 (MQ=255) tatCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTaaaaaa < 1:20437924/67‑1 (MQ=255) atCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACa > 1:35043996/1‑68 (MQ=255) tcttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGGCTAAAAAACAt > 1:26934153/1‑68 (MQ=255) tcttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACAt > 1:10842732/1‑68 (MQ=255) tcttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACAt > 1:53557457/1‑68 (MQ=255) tcttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACAt < 1:13215395/68‑1 (MQ=255) tcttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACAt > 1:28813355/1‑68 (MQ=255) tcttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACAt > 1:32744377/1‑68 (MQ=255) cttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATg < 1:3752510/68‑1 (MQ=255) ttctACCGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGt < 1:22817703/68‑1 (MQ=255) ttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGt < 1:11697660/68‑1 (MQ=255) ttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGt < 1:2109657/68‑1 (MQ=255) ttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGt < 1:3940944/68‑1 (MQ=255) aCAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTACGCCTAAAAAACATGTTCAt > 1:40978959/1‑68 (MQ=255) aCAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCAt > 1:33443234/1‑68 (MQ=255) 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cAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCACGGCCTCCGTTTCAGa > 1:38514857/1‑67 (MQ=255) aaGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAac < 1:39846018/68‑1 (MQ=255) | CCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAAC > CP009273/1908965‑1909099 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |