| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2279605 = | 644 (0.920) | 28 (0.050) | 11/86 | NT | 6.1% | coding (1751/1761 nt) | yejM | essential inner membrane DUF3413 domain‑containing protein; lipid A production and membrane permeability factor |
| ? | CP009273 | 2279638 = | 365 (0.680) | intergenic (+23/‑52) | yejM/proL | essential inner membrane DUF3413 domain‑containing protein; lipid A production and membrane permeability factor/tRNA‑Pro | |||||
Only 100 of 1027 total aligned reads displayed.
AGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGGTAG > CP009273/2279538‑2279672 | agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:21352966/68‑1 (MQ=255)agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:48971537/68‑1 (MQ=255)agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:49680606/68‑1 (MQ=255) tgcgctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTc < 1:22047174‑M1/2‑1 (MQ=255) gcgctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCg > 1:50951629‑M1/66‑68 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:9004879/1‑67 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:40532691/1‑67 (MQ=255) agcgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:375418/4‑67 (MQ=255) gaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGc < 1:4133805/66‑1 (MQ=255) ctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTa < 1:2623427‑M1/6‑1 (MQ=255) ctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTa < 1:13898762‑M1/6‑1 (MQ=255) aagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTaa < 1:31787394/67‑1 (MQ=255) cgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACt > 1:47624725‑M1/60‑68 (MQ=255) cgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACt > 1:33259619‑M1/60‑68 (MQ=255) cgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACt > 1:27996919‑M1/60‑68 (MQ=255) cgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACt > 1:1455134‑M1/60‑68 (MQ=255) cgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACt > 1:23459395‑M1/60‑68 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTa > 1:5398287/1‑65 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTa > 1:19469867/1‑65 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGat < 1:44933364/68‑1 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGa < 1:42389983/67‑1 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGa < 1:769195/67‑1 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGa < 1:40932793/67‑1 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGa < 1:12802032/67‑1 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGa < 1:16474620/67‑1 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGa < 1:55303398/67‑1 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGat > 1:25496952‑M1/57‑68 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGat < 1:37137041‑M1/12‑1 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:42977420‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:28594317‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:30295143‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:32859135‑M1/57‑67 (MQ=255) aaaaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGTCAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaa < 1:20268263/68‑1 (MQ=255) aaaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaat < 1:5709582/68‑1 (MQ=255) aaaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaat > 1:17753869/1‑68 (MQ=255) aaaCCACAGTTAAGTTTGTAATTGCTAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaat < 1:11211975/68‑1 (MQ=255) aaacacaGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGACTCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:20753017/65‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:46237928/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:46991498/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:3670607/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt > 1:9472167/1‑68 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:30993850/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt > 1:23174220/1‑68 (MQ=255) ccACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATtat > 1:43562640/1‑68 (MQ=255) ccACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATtat > 1:34469174/1‑68 (MQ=255) cacaGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATtata < 1:11743404/68‑1 (MQ=255) aGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATaaa > 1:12422909/1‑67 (MQ=255) tAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCa < 1:15732182/67‑1 (MQ=255) tAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAg > 1:50167848/1‑68 (MQ=255) aaGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGt < 1:6901502/68‑1 (MQ=255) aaGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGt < 1:16035759/68‑1 (MQ=255) gTTTGTTATTGCAAGTGCTGCCAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTa > 1:1703657/1‑68 (MQ=255) gTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTa > 1:24624253/1‑68 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc > 1:54616001/1‑68 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc > 1:38454812/1‑68 (MQ=255) ctaccgttttccacaccgattgcaagttagatattTCGCTAACTGATTAATTTTAAATCAGTTTGCGa < 1:33607536‑M1/33‑1 (MQ=255) ttATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGaa > 1:39894276/1‑68 (MQ=255) aTTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAat < 1:44349723/68‑1 (MQ=255) aTTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGGTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAat < 1:7375754/68‑1 (MQ=255) gCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATc < 1:53438154/68‑1 (MQ=255) cAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCt > 1:17313443/1‑68 (MQ=255) aaGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCt < 1:26661748/67‑1 (MQ=255) gTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCtt > 1:8125671/1‑66 (MQ=255) gCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACtt > 1:6342133/1‑68 (MQ=255) gCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACt < 1:23794793/67‑1 (MQ=255) tGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTg < 1:36108433/67‑1 (MQ=255) gACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCa < 1:32309134/68‑1 (MQ=255) ccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCa < 1:39049605‑M1/48‑1 (MQ=255) cGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCgg < 1:52233687/67‑1 (MQ=255) 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gagaAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGgtg > 1:50605570/1‑68 (MQ=255) gagaAGCGTTTTATCGCTAACTGACTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGgtg < 1:34693484/68‑1 (MQ=255) gaAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGgtgt < 1:51426670/67‑1 (MQ=255) aGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGa < 1:52520983/68‑1 (MQ=255) aGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGa < 1:28942137/68‑1 (MQ=255) aGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGa < 1:4803485/68‑1 (MQ=255) aGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCGTACTTGCAATCGGTGTGGa > 1:1358274/1‑68 (MQ=255) gatattTCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGaaa < 1:57647945‑M1/61‑1 (MQ=255) tttATCGCTAACTGCTTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACg < 1:27123951/68‑1 (MQ=255) tttATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAAc < 1:53090809/67‑1 (MQ=255) 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TCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGgtag > 1:10094262‑M1/1‑68 (MQ=255) | AGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGGTAG > CP009273/2279538‑2279672 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |