| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4328027 = | 341 (0.490) | 34 (0.060) | 12/96 | NT | 8.7% | intergenic (‑281/+44) | adiY/adiA | adi system transcriptional activator/arginine decarboxylase |
| ? | CP009273 | 4328055 = | 419 (0.700) | intergenic (‑309/+16) | adiY/adiA | adi system transcriptional activator/arginine decarboxylase | |||||
Only 100 of 715 total aligned reads displayed.
TGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCT > CP009273/4327989‑4328122 | tGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCt > 1:54175501/1‑67 (MQ=255) tatgtgcgtgaaagcgtaaccactattccgctgaaggcgtaattgtttaaataacattacgccTTCa < 1:18522105‑M2/4‑1 (MQ=255) aaaCGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCa < 1:35595394/67‑1 (MQ=255) atgtgcgtgaaagcgtaaccactattccgctgaaggcgtaattgtttaaataacattacgccTTCAGc < 1:46798852‑M2/6‑1 (MQ=255) atgggcgtgaaagcgtaaccactattccgctgaaggcgtaattgtttaaataacattacgccGTCAGc < 1:36833543‑M2/6‑1 (MQ=255) cGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCgg < 1:52501719/68‑1 (MQ=255) gTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGa < 1:2421972/68‑1 (MQ=255) gTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGa < 1:11152150/68‑1 (MQ=255) ccATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAg > 1:32669327/1‑68 (MQ=255) aTACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTg < 1:31536121/68‑1 (MQ=255) aCTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGt > 1:55142370/1‑68 (MQ=255) aCTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGt > 1:51253091/1‑68 (MQ=255) aCTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGt > 1:28972152/1‑68 (MQ=255) tCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGtt > 1:14537041/1‑67 (MQ=255) tCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGtt > 1:54943681/1‑67 (MQ=255) tCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGtt > 1:3053735/1‑67 (MQ=255) tCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGtt > 1:32938544/1‑67 (MQ=255) tCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGtt > 1:29909619/1‑67 (MQ=255) tCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGtt > 1:29572519/1‑67 (MQ=255) aaaGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTAc > 1:617799/1‑66 (MQ=255) aGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCtt > 1:4470205/1‑68 (MQ=255) ggCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCtt > 1:36444918/1‑67 (MQ=255) ggCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCtt > 1:23902812/1‑67 (MQ=255) ggCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCtt > 1:30981746/1‑67 (MQ=255) ccTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCttt < 1:19574288/66‑1 (MQ=255) ccTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCttt < 1:7977526/66‑1 (MQ=255) ccTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTc > 1:51493287/1‑67 (MQ=255) tAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACg < 1:27530804/68‑1 (MQ=255) tAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACg < 1:34532005/68‑1 (MQ=255) tAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACg < 1:50054616/68‑1 (MQ=255) attccgctgaaGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCAc < 1:11656462‑M1/56‑1 (MQ=255) tccgctgacggcgtaattgtttaaataacaatacgccTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGca < 1:21142479‑M2/31‑1 (MQ=255) tccgctgaaGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGc < 1:48914295‑M1/58‑1 (MQ=255) tccgctcaaggcgtaattgtttaaaaaccattacgccGTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGca < 1:32069625‑M2/31‑1 (MQ=255) aGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGca < 1:39681673/68‑1 (MQ=255) ggCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcac > 1:42004182/1‑68 (MQ=255) ggCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcac > 1:5191185/1‑68 (MQ=255) ggCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcac > 1:5434563/1‑68 (MQ=255) gCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcaca > 1:40533821/1‑68 (MQ=255) gCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcaca > 1:33866225/1‑68 (MQ=255) gCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcaca > 1:1409314/1‑68 (MQ=255) gCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcaca > 1:14917499/1‑68 (MQ=255) gCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcaca > 1:15780809/1‑68 (MQ=255) gCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcaca > 1:19232758/1‑68 (MQ=255) gCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcaca > 1:45111111/1‑68 (MQ=255) gCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAAATACGCCTTCAGCGGAATAGTGGATACGCTTTCACGcaca > 1:7334289/1‑68 (MQ=255) gctgaaGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACAt < 1:9477630‑M1/62‑1 (MQ=255) ccAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcac < 1:16582464/66‑1 (MQ=255) tgaaGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATa < 1:57765261‑M1/63‑1 (MQ=255) tgaaGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATa < 1:20605368‑M1/63‑1 (MQ=255) gcggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACg > 1:49693626/1‑68 (MQ=255) cggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAAc < 1:44062432/66‑1 (MQ=255) cggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAAc < 1:13052280/66‑1 (MQ=255) cggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGt > 1:37345270/1‑68 (MQ=255) cggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGt > 1:5569713/1‑68 (MQ=255) cggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGt > 1:50815338/1‑68 (MQ=255) GGCGTAATGTTTTTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGt > 1:8881151‑M1/1‑67 (MQ=255) GGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGt > 1:8561124‑M1/1‑67 (MQ=255) GGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGt > 1:24829618‑M1/1‑67 (MQ=255) cgtaattgttaaaaaaacattacgccTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTgg < 1:56062602‑M2/41‑1 (MQ=255) CGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTgg > 1:43114746‑M1/1‑67 (MQ=255) CGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTgg > 1:35007213‑M1/1‑67 (MQ=255) CGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTgg > 1:18756334‑M1/1‑67 (MQ=255) CGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTgg > 1:37832783‑M1/1‑67 (MQ=255) CGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTgg > 1:45658272‑M1/1‑67 (MQ=255) CGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTgg > 1:57532990‑M1/1‑67 (MQ=255) CGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTgg > 1:5679933‑M1/1‑67 (MQ=255) CGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGt < 1:26448622‑M1/68‑1 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:20285270/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:5326746/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:1776088/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:17321506/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:41030625/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:12030937/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:26650218/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:39034295/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:33498559/1‑67 (MQ=255) gTTATATAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:26080634/1‑67 (MQ=255) tATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCg > 1:48010236/1‑68 (MQ=255) tATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCg > 1:4352365/1‑68 (MQ=255) ttAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCa > 1:5837304/1‑68 (MQ=255) ttAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCa > 1:13599330/1‑68 (MQ=255) ttAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCa > 1:10506267/1‑68 (MQ=255) ttAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCa > 1:2198224/1‑68 (MQ=255) ttAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCa > 1:42356286/1‑68 (MQ=255) tAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaa < 1:38585381/68‑1 (MQ=255) aCAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaataa > 1:53552933/1‑68 (MQ=255) aCAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaataa > 1:50319212/1‑68 (MQ=255) aCAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaataa > 1:22808658/1‑68 (MQ=255) aCAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaataa > 1:46146430/1‑68 (MQ=255) aCAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaataa > 1:2532868/1‑68 (MQ=255) aCAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaataa > 1:27111970/1‑68 (MQ=255) cAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaataat > 1:23172669/1‑68 (MQ=255) cAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaataat < 1:6503695/68‑1 (MQ=255) aaTTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAAtt < 1:40156534/68‑1 (MQ=255) gccTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGt > 1:41345519‑M2/4‑67 (MQ=255) gccTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTc < 1:10030481‑M2/65‑1 (MQ=255) cTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAAAACCGGCAATAATTTCAGTc > 1:28671714‑M2/2‑66 (MQ=255) ttCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCt < 1:21582217/68‑1 (MQ=255) ttCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCt < 1:6915760/68‑1 (MQ=255) | TGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCT > CP009273/4327989‑4328122 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |