| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2436000 = | 454 (0.650) | 37 (0.060) | 9/94 | NT | 8.7% | coding (758/2007 nt) | mnmC | fused 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine‑forming enzyme methyltransferase and FAD‑dependent demodification enzyme |
| ? | CP009273 | 2436103 = | 400 (0.680) | coding (861/2007 nt) | mnmC | fused 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine‑forming enzyme methyltransferase and FAD‑dependent demodification enzyme | |||||
Only 100 of 621 total aligned reads displayed.
CGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGCAATCGCCAGGGG > CP009273/2436035‑2436169 | gggAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGc < 1:23724541/68‑1 (MQ=255) caataccaccgccgataatcgccgcttcccgtttgctgctgcccgtgcggttaaaccacggcgcggc < 1:6362735‑M2/1‑1 (MQ=255) caataccacccccgatactcgccgctgcccgtttgcggcagcccgtgcggttaaaccacggcgcggc < 1:38981797‑M2/1‑1 (MQ=255) gAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCt < 1:23094967/67‑1 (MQ=255) aataccaccgccgataatcgccgcttcccgtttgcggctgcccgtccggttaaaccacggcgcggCt < 1:42552189‑M2/2‑1 (MQ=255) aGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGc > 1:33314662/1‑68 (MQ=255) aGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGc < 1:46850014/68‑1 (MQ=255) ggcgATTATCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAgg > 1:43155470/1‑68 (MQ=255) gATTATCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTaa < 1:25910093/68‑1 (MQ=255) gATTATCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTaa < 1:1089238/68‑1 (MQ=255) gccgataatcgccgcatcccgtgtgctgctgcccgtgcggttaaaccacggcgcggCTGGCAGGTAAc < 1:40426993‑M2/12‑1 (MQ=255) ttATCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAAc < 1:5907219/67‑1 (MQ=255) ttATCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAAc < 1:2699489/67‑1 (MQ=255) ttATCGGCGGGTGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAAc < 1:54709939/67‑1 (MQ=255) tctCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGc < 1:57305547/66‑1 (MQ=255) tATCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAAc > 1:32926344/1‑66 (MQ=255) tATCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGc < 1:6790343/68‑1 (MQ=255) tATCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGc < 1:56376992/68‑1 (MQ=255) tATCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGc < 1:21678642/68‑1 (MQ=255) tATCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGc < 1:36140625/68‑1 (MQ=255) tATCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCAGCTGGCAGGTAACGc < 1:52596534/68‑1 (MQ=255) cgatactccccgcttcccgcatgctgctgcccgggcggttaaaccacggcgcggCTGGCAGGTAACGc < 1:8729205‑M2/14‑1 (MQ=255) tCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCtt > 1:48666374/1‑68 (MQ=255) gcggTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTTTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTAt > 1:9507844/1‑68 (MQ=255) gcggTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTAt > 1:28168464/1‑68 (MQ=255) tggtATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTgc < 1:14744264/67‑1 (MQ=255) tggtATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTgc < 1:17234531/67‑1 (MQ=255) tATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCgg > 1:45437573/1‑68 (MQ=255) tgcccgttggctgctgcccgtgcggttaacccacggcgcggCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCgg < 1:52023677‑M2/26‑1 (MQ=255) aTTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGa < 1:27909575/68‑1 (MQ=255) aTTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGa < 1:18875152/68‑1 (MQ=255) aTTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGa < 1:5771108/68‑1 (MQ=255) aTTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGa < 1:13186920/68‑1 (MQ=255) aTTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGa < 1:14386724/68‑1 (MQ=255) aTTGCCAGCGCGGTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGGTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGa < 1:5527708/68‑1 (MQ=39) ttGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGAt < 1:50028207/68‑1 (MQ=255) tGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATg < 1:41310095/68‑1 (MQ=255) tGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATg > 1:43920598/1‑68 (MQ=255) tGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATg > 1:34229149/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCCGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAg > 1:8442020/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAg > 1:19908368/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAg > 1:38486951/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAg > 1:10025364/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAg > 1:12717232/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAg > 1:3160140/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAg > 1:21092854/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAg > 1:18449572/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAg > 1:49558280/1‑68 (MQ=255) cAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAgg < 1:2251990/68‑1 (MQ=255) gcgTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGcc < 1:43552952/66‑1 (MQ=255) gcgTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGcc < 1:44567798/66‑1 (MQ=255) gcgTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGcc < 1:41776346/66‑1 (MQ=255) gcgTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGcc < 1:36955763/66‑1 (MQ=255) gcgTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGcc < 1:56658994/66‑1 (MQ=255) gcgTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGcc < 1:5129016/66‑1 (MQ=255) gcgTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGcc < 1:11860682/66‑1 (MQ=255) gcgTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGcc < 1:16416238/66‑1 (MQ=255) gcgTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGcc < 1:28929766/66‑1 (MQ=255) gcgTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGc < 1:21335612/65‑1 (MQ=255) gcgTTGGTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGcc < 1:11397169/66‑1 (MQ=255) gttgttGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCg < 1:44359327/68‑1 (MQ=255) tgttgtCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGc < 1:19705461/67‑1 (MQ=255) tgttgtCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGc < 1:17998710/67‑1 (MQ=255) tgttgtCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGc < 1:17517869/67‑1 (MQ=255) tgttgtCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGc < 1:34524213/67‑1 (MQ=255) tgttgtCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGc < 1:7342510/67‑1 (MQ=255) tgttgtCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCa < 1:16005311/68‑1 (MQ=255) tgtCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTg > 1:37658775/1‑68 (MQ=255) gtCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTgg < 1:32645284/68‑1 (MQ=255) cGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTggg < 1:48236452/67‑1 (MQ=255) cGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGt > 1:13658255/1‑68 (MQ=255) cGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGt > 1:47385887/1‑68 (MQ=255) cTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGt > 1:49271089/1‑66 (MQ=255) cTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGt > 1:54404724/1‑66 (MQ=255) cTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGt > 1:19410901/1‑66 (MQ=255) cTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGt > 1:3563782/1‑66 (MQ=255) cTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGt > 1:35178883/1‑66 (MQ=255) cTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGt > 1:47969407/1‑66 (MQ=255) cTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGt > 1:3118709/1‑66 (MQ=255) cTGGCGCTATTACGGCGCGACTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGt > 1:26341564/1‑66 (MQ=255) gcgcTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCtt > 1:46481079/1‑67 (MQ=255) tATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGc < 1:45997429/68‑1 (MQ=255) tACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGCaa > 1:3012205/1‑67 (MQ=255) acggcgcggCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGCAATc > 1:25494867‑M2/10‑68 (MQ=255) acggcgcggCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGCAATc > 1:40965098‑M2/10‑68 (MQ=255) acggcgcggCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGCAATc < 1:55004333‑M2/59‑1 (MQ=255) cggcgcggCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGCAATc > 1:10269209‑M2/9‑67 (MQ=255) cggcgcggCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGCAATCg < 1:8169693‑M2/60‑1 (MQ=255) cggcgcggCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGCAATCg < 1:3804903‑M2/60‑1 (MQ=255) ggcgcggCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGCAATCg > 1:50916976‑M2/8‑67 (MQ=255) ggcgcggCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGCAATCg > 1:15060888‑M2/8‑67 (MQ=255) ggcgcggCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGCAATCg > 1:40652485‑M2/8‑67 (MQ=255) ggcgcggCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGCAATCg > 1:39518258‑M2/8‑67 (MQ=255) cgcggCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGCAATCGCCa > 1:55891508‑M2/6‑68 (MQ=255) cgcggCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGCAATCGCCa > 1:24562452‑M2/6‑68 (MQ=255) cgcggCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGCAATCGCCa > 1:24988504‑M2/6‑68 (MQ=255) cgcggCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGCAATCGCCa > 1:27392882‑M2/6‑68 (MQ=255) cgcggCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGCAATCGCCa > 1:34902332‑M2/6‑68 (MQ=255) ggCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGCAATCGCCAggg < 1:53460619‑M2/66‑1 (MQ=255) ggCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGCAATCGCCAggg < 1:32171583‑M2/66‑1 (MQ=255) | CGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGTTGTTGTCGCTGGCGCTATTACGGCGCGGCTGGCAGGTAACGCTTTATTGCGCGGATGAGGCCCCCGCACTGGGTGCTTCCGGCAATCGCCAGGGG > CP009273/2436035‑2436169 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |