| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3618995 | NA (NA) | 7 (0.010) | 4/92 | NT | NA | noncoding (47/82 nt) | RIP260 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP260 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site |
| ? | CP009273 | = 3619028 | NA (NA) | noncoding (80/82 nt) | RIP260 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP260 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
GGTTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCAccgatgcgta‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3618930‑3618995‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGATAAGGCGT < CP009273/3619028‑3618952 GGTTTTGGGGGTCAGTTCATGAACGCCTTATCCAGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACC > 1:49905707/1‑68 GTTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCG > 1:6857803/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:32359121/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:23756403/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:23308672/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:45531987/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:19202026/1‑68 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |