| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 776704 | 677 (1.090) | 105 (0.180) +AAC |
6/106 | NT | 14.1% | intergenic (+26/‑121) | lysY/lysZ | tRNA‑Lys/tRNA‑Lys |
| ? | CP009273 | = 777108 | NA (NA) | noncoding (76/76 nt) | lysQ | tRNA‑Lys | |||||
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
TTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/776656‑776704‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGC < CP009273/777108‑777042 ||| gTCGCATCCTGCACGACCCACCAGTTTAAACATCAAACTCAGATGATAAAACTGGTGGGTCGTGCAGG < 1:17190616/67‑1 gatTCACATTTTAATACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACT < 1:10170413/65‑1 tgGATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGC < 1:22892833/64‑1 tAGACGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTC < 1:7892240/67‑1 tATGTTAATACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:1029595/67‑1 GATGTTTAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:42420801/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:35979274/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:33420139/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:31828749/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:31746270/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:30620865/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:27369253/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:26930083/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:44177632/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:45897491/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:21292558/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:20791288/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:23539817/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:6605822/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:15352635/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:15666632/68‑1 GATGTTAAAAATTGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:10512668/68‑1 attTTAATACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTAC < 1:42885397/65‑1 ATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGCCCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA > 1:4483596/1‑67 ATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA > 1:31062229/1‑67 ATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA > 1:7181674/1‑67 ATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA > 1:28981813/1‑67 ATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA > 1:28713671/1‑67 ATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA > 1:2786222/1‑67 ATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA > 1:12718038/1‑67 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1:32550810/67‑1 TAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAA < 1:6214896/67‑1 AAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTG < 1:11457802/68‑1 AAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTG < 1:26651177/68‑1 AAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTG < 1:20311521/68‑1 AAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTG < 1:3871557/68‑1 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAATGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:40282176/1‑68 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:43646037/1‑68 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:43924031/1‑68 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:8969070/1‑68 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:41821357/1‑68 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:30769992/1‑68 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CTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:42140596/1‑66 CTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:8028000/1‑66 CTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:40033572/1‑66 ||| TTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/776656‑776704‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGC < CP009273/777108‑777042 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |