| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1070341 = | NA (NA) | 12 (0.020) | 7/94 | NT | NA | noncoding (1/28 nt) | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 1070369 = | NA (NA) | intergenic (+33/+7) | rutR/putA | rut operon transcriptional repressor for/fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase | |||||
TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1070415‑1070341‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcctccggcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > CP009273/1070369‑1070435 cGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCT < 1:36067681/66‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTC < 1:18383767/68‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTC < 1:18278232/68‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTC < 1:16063893/68‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTC < 1:40568495/68‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCT < 1:42757485/67‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCT < 1:10853931/67‑1TGCCGCGGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCT < 1:38610980/67‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATTAGTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:22079194/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTATCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:23250917/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:26585483/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:23341906/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:1920007/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:32011340/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:6471994/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:17119188/68‑1 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTATTGACTATAGGTTAACCAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTC < 1:41428584/68‑1 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTC < 1:46858078/68‑1 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTC < 1:25874662/68‑1 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCT < 1:34100765/67‑1 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCT < 1:14609955/67‑1 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCT < 1:14672433/67‑1 CGCTGGCGGTAACCCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGAAGCCGGAGGATGTTACGACCTCCT > 1:41622469/1‑67 GCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCC < 1:4112685/68‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:11439317/68‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:51079333/68‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:21239209/68‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:20439591/68‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:4829249/68‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:45401540/68‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:40341280/68‑1 AACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTG < 1:28550404/68‑1 ACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGT < 1:26468112/68‑1 TGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGT < 1:18959347/68‑1 TGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGT < 1:14557482/68‑1 CTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCA < 1:18527961/67‑1 CTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCA < 1:2496241/67‑1 CTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTATAACCTATAGTCA < 1:48060476/67‑1 gTAAACCGGTAGCCGGAGGATGTAACACCCTCCTCCGGCAACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGC < 1:22062568/65‑1 TTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGC < 1:38998264/66‑1 TAAACAGGTCGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGG < 1:18491599/68‑1 TAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGG < 1:47784878/68‑1 ACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGT < 1:50323939/68‑1 TCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACA < 1:9289532/68‑1 TCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACA < 1:49687325/68‑1 TCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:18257930/1‑67 aCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:39049723/2‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATTGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCcc > 1:14476389/1‑64 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:27329064/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:428719/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:41611178/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:41586146/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:50849071/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:1403364/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:15683280/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:16064081/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:16525548/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:47022146/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:17956365/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:34365388/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:20782764/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:22608193/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:24101450/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATACAC > 1:48225176/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTAGTCAC > 1:33941536/1‑66 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:1604253/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:41211846/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:7556862/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACAC > 1:44628550/1‑67 TCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTC > 1:10318473/1‑68 TCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTC > 1:1037507/1‑68 TCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTC < 1:10750054/68‑1 TCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTC > 1:17172276/1‑68 CGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCA > 1:42387053/1‑67 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC > 1:40359548/1‑68 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC > 1:39737721/1‑68 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC > 1:11399448/1‑68 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC < 1:15557615/68‑1 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC < 1:12557138/68‑1 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:10037896/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:7609707/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:7519292/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:15081201/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:18989142/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:28799844/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:36732783/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:45208036/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:44795157/1‑68 CTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > 1:2717987/1‑68 TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1070415‑1070341‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcctccggcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > CP009273/1070369‑1070435 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |