New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 1070341 = | NA (NA) | 12 (0.020) | 7/94 | NT | NA | noncoding (1/28 nt) | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
? | CP009273 | 1070369 = | NA (NA) | intergenic (+33/+7) | rutR/putA | rut operon transcriptional repressor for/fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
Only 100 of 877 total aligned reads displayed.
TTTTTCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACC > CP009273/1070274‑1070405 | ttCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATGCGACCACGTTAAAGATGCCg < 1:31241816/68‑1 (MQ=255) tcaatcaaACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCgg > 1:10490642/1‑68 (MQ=255) tcaatcaaACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCgg < 1:43742840/68‑1 (MQ=255) tcaatcaaACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCgg > 1:28866911/1‑68 (MQ=255) tcaatcaaACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCgg > 1:12145486/1‑68 (MQ=255) caatcaaACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCgga < 1:2664363/68‑1 (MQ=255) agtgtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGCCggag < 1:1604253‑M1/7‑1 (MQ=255) tgtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGCCggagga < 1:9289532‑M1/9‑1 (MQ=255) tgtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGCCggagga < 1:49687325‑M1/9‑1 (MQ=255) tcaaACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCggagga < 1:38690029/68‑1 (MQ=255) aaaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGaggagg < 1:33604714/68‑1 (MQ=255) aaaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGaggagg < 1:30304550/68‑1 (MQ=255) aaaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGaggagg < 1:6858128/68‑1 (MQ=255) aaaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGaggagg < 1:20547322/68‑1 (MQ=255) aaaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGaggagg < 1:6320878/68‑1 (MQ=255) aCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGtt < 1:24014218/68‑1 (MQ=255) aCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGtt < 1:45452273/68‑1 (MQ=255) ggTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGt < 1:17674449/68‑1 (MQ=255) ggTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGt < 1:33068424/68‑1 (MQ=255) ggTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGt < 1:30946932/68‑1 (MQ=255) ggTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGt < 1:19964585/68‑1 (MQ=255) ggTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGt < 1:1002335/68‑1 (MQ=255) aaaCGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACAtc < 1:29714587/68‑1 (MQ=255) aaaCGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACAt < 1:37435163/67‑1 (MQ=255) aCGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACAtcc > 1:42836897/1‑67 (MQ=255) aCGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACAtcc > 1:42387643/1‑67 (MQ=255) gTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACAtcctcc < 1:34553902/68‑1 (MQ=255) tGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCg > 1:39608599/1‑68 (MQ=255) gCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCg > 1:18945164/1‑67 (MQ=255) ggATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTa > 1:41156728/1‑66 (MQ=255) ggATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTa > 1:5406338/1‑66 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTg < 1:48196634/67‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTg < 1:37743980/67‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTg < 1:46787678/67‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:25790119/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:36548259/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:21339785/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:20896894/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:43270384/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:48655249/68‑1 (MQ=255) ccagcttaatgactataggttaaacaggtaGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCGACCTGTTTa < 1:18491599‑M1/38‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:47219643/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:34988020/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:24764347/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTa > 1:25556048/1‑67 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTa > 1:46411720/1‑67 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTa > 1:22197470/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:8942149/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:23159173/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:50097012/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:49059091/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:15042692/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:47835841/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:24323448/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:28029759/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:35749178/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGATAACTGTTTaa > 1:15563758/1‑67 (MQ=255) ttGAGGGGATTCGACCATGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAcc < 1:50542146/68‑1 (MQ=255) ttGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAcc < 1:27089319/68‑1 (MQ=255) ttGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAcc < 1:16428835/68‑1 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:32603673/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:31843111/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:37948708/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:2942979/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:2747315/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:26333593/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:1923739/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:1695184/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:7675452/1‑68 (MQ=255) aGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtat > 1:10983239/1‑68 (MQ=255) aGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtat > 1:17220158/1‑68 (MQ=255) aGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtat > 1:44890166/1‑68 (MQ=255) ggggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtata > 1:8479255/1‑68 (MQ=255) ggggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtata > 1:12909571/1‑68 (MQ=255) ggggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtat < 1:9570514/67‑1 (MQ=255) ggggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtat < 1:17971657/67‑1 (MQ=255) actataggttaaacaggtaGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCa < 1:14557482‑M1/49‑1 (MQ=255) gACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTaa < 1:38333513/68‑1 (MQ=255) aCCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTaa > 1:11747917/1‑67 (MQ=255) aCCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTaa > 1:41456725/1‑67 (MQ=255) aCCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTaa > 1:21818396/1‑67 (MQ=255) ccACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAG < 1:25164129‑M1/67‑1 (MQ=255) gTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGC < 1:1347431‑M1/68‑1 (MQ=255) tAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGt > 1:2847706/1‑68 (MQ=255) aGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTa > 1:32216428/1‑67 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTGATTAAGCTGGCGTTACc < 1:47499057‑M2/68‑2 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACc < 1:39903069‑M2/68‑2 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACc < 1:41841472‑M2/68‑2 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACc < 1:12512749‑M2/68‑2 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACc < 1:14256135‑M2/68‑2 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACc < 1:45821944‑M2/68‑2 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACc < 1:4046538‑M2/68‑2 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACc < 1:5816075‑M2/68‑2 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACc < 1:22819476‑M2/68‑2 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACc < 1:2356475‑M2/68‑2 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACc < 1:4439460‑M2/68‑2 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACc < 1:37048654‑M2/68‑2 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACc < 1:39114257‑M2/68‑2 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCAGTAAGCTGGCGgtacc > 1:50939532‑M1/1‑63 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATACTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACc < 1:13964569‑M2/68‑2 (MQ=255) | TTTTTCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACC > CP009273/1070274‑1070405 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |