| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2835842 | NA (NA) | 3 (0.010) | 3/98 | NT | NA | noncoding (61/79 nt) | REP197 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP197 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 2835853 | NA (NA) | noncoding (72/79 nt) | REP197 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP197 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
AGTAGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2835769‑2835842‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcccgatGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < CP009273/2835853‑2835787 GTAGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTTCATGTCTCACGATCCATGAAGG > 1:38280363/1‑67 GTAGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGACGG < 1:29571532/67‑1 GTAGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGG < 1:9639595/67‑1 GTAGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGG > 1:24356695/1‑67 GTAGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGG > 1:23600381/1‑67 GTAGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGG < 1:29500837/67‑1 GTAGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGG > 1:2144789/1‑67 GTAGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGG > 1:35273729/1‑67 GTAGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGG > 1:35466390/1‑67 GTAGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGG > 1:19990708/1‑67 GTAGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGG < 1:16786430/67‑1 GTAGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGG < 1:16020166/67‑1 GTAGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGG > 1:1469512/1‑67 GTAGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGG < 1:47637708/67‑1 GTAGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGG < 1:41748805/67‑1 GTAGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGG < 1:42316927/67‑1 GTAGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGG < 1:44183957/67‑1 GTAGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGG > 1:8036582/1‑67 GTAGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGG > 1:12299893/1‑67 AGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCC < 1:12110817/68‑1 AGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCC < 1:47864370/67‑1 AGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCC < 1:16695793/67‑1 AGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCC < 1:35734801/67‑1 AGGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGGCGCACGAACCATGAAGGCC < 1:7009621/67‑1 GGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCG > 1:18123977/1‑68 GGTAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCG > 1:3552666/1‑68 TAACAGTGCCGGATGCGGCTTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAAACATGAAGGCCCGA < 1:23591274/67‑1 TAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTGGCACGAACCATGAAGGCCCGA < 1:15579791/67‑1 TAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGAT > 1:10524997/1‑68 TAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGAT > 1:25909817/1‑68 TAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGAT > 1:45957011/1‑68 TAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGAT > 1:28540019/1‑68 TAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGAT > 1:40147337/1‑68 TAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGAT > 1:38869121/1‑68 TAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGAT > 1:41424171/1‑68 TAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGAT > 1:20485760/1‑68 TAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGA < 1:26129953/67‑1 TAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGA < 1:37695632/67‑1 TAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGA < 1:36695830/67‑1 TAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGA < 1:35850558/67‑1 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TAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGA < 1:28946802/67‑1 TAACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCG < 1:11631695/66‑1 ACAGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTGGCACGAACCATGAAGGCCAGATta > 1:37669406/1‑66 CGTGAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGATGCGCTGCGCTTATCGGG < 1:36553775/67‑1 ACCATGAAGGCCCGATGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAG > 1:45335655/1‑68 GCCCGATGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACG < 1:33386768/68‑1 GCCCGATGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACG < 1:32384486/68‑1 CCGATGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGGTAAGGCGTTCACGCC > 1:757472/1‑68 CCGATGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCC > 1:13705123/1‑68 CCGATGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCC > 1:8662307/1‑68 CCGATGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCC > 1:47004247/1‑68 CCGATGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCC > 1:38559997/1‑68 CCGATGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCC > 1:46614280/1‑68 CCGATGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCC > 1:36854547/1‑68 CCGATGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCC > 1:27974981/1‑68 CCGATGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCC > 1:35231192/1‑68 CCGATGCGCTGCGCGTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTACGCCGGATCAGGCGTTCACGCC > 1:30095674/1‑68 GATGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGC < 1:14605879/68‑1 GATGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGC < 1:11834041/68‑1 GATGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGC < 1:695910/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:6225311/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:5554666/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:5341050/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:21542805/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:28129953/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:49295411/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:28792109/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:47849989/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:11432030/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:11054115/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:47632817/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:10435319/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:39513650/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:38176253/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:19862150/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:15754981/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:3888140/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:29447398/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:39724468/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:1432731/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:14327057/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:20827362/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:35138573/68‑1 TGCGCTGCGCTTATCGGGCCTTCATGGTTCGTGCGACATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT < 1:13162294/68‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |