| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 360120 = | NA (NA) | 7 (0.010) | 4/96 | NT | NA | intergenic (‑54/+541) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
| ? | CP009273 | 360141 = | NA (NA) | intergenic (‑75/+520) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor | |||||
Only 100 of 1331 total aligned reads displayed.
CAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCC > CP009273/360053‑360174 | ggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATg < 1:11928230‑M1/18‑1 (MQ=255) ggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATg < 1:23984900‑M1/18‑1 (MQ=255) ggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTACTGGGAGTTTATg < 1:35432620‑M1/18‑1 (MQ=255) gTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATg > 1:20889857/1‑67 (MQ=255) cccagtcgttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaagtAGTTCCTGGCAGTTTATggc < 1:18900831‑M1/20‑1 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcg > 1:20220464/1‑68 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcg > 1:1141110/1‑68 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcg > 1:8600111/1‑68 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcg > 1:33827561/1‑68 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATg < 1:6730523/65‑1 (MQ=255) agtcatgcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATggcggg > 1:15663700‑M1/46‑68 (MQ=255) ggAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcgggc > 1:34257658/1‑68 (MQ=255) tctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg < 1:14009701‑M1/25‑1 (MQ=255) tctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg < 1:26324917‑M1/25‑1 (MQ=255) ctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctgggtaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGt > 1:10911802‑M1/43‑68 (MQ=255) ctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg < 1:47961137‑M1/25‑1 (MQ=255) ctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg < 1:36068093‑M1/25‑1 (MQ=255) ctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGt > 1:46764277‑M1/43‑68 (MQ=255) aGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg > 1:18440356/1‑67 (MQ=255) aGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg > 1:23249044/1‑67 (MQ=255) aGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg > 1:32643354/1‑67 (MQ=255) aGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg < 1:27933788/67‑1 (MQ=255) aGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg > 1:14499199/1‑67 (MQ=255) aGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg > 1:50681634/1‑67 (MQ=255) gCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGt < 1:38642155/67‑1 (MQ=255) ttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTcc > 1:39444322‑M1/41‑68 (MQ=255) ttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctgggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCt > 1:31601817‑M1/40‑68 (MQ=255) tCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTcc < 1:34762897/67‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:9392399‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:44231928‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:45438701‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:49157984‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:49896105‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:31163029‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:29476496‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:10008529‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:27624622‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:16899014‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:15119364‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTCGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:38251248‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCATGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:40628026‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTAGTTTAAGTTTATGGCGGTCGTCctt < 1:36809429‑M1/30‑2 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTACTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:41975660‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTACTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:40228830‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTACTGGATGTTTATGGCGGGAgtccat < 1:41144308‑M1/30‑3 (MQ=255) cGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc < 1:35124747/68‑1 (MQ=255) cGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc < 1:49505126/68‑1 (MQ=255) ctgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTAATAGCAGTTTATGGCGGGAGTCCTGccc < 1:47282962‑M1/33‑1 (MQ=255) gatAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCg > 1:45829946/1‑67 (MQ=255) tAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGGCCTGCCCGcc < 1:46388659/67‑1 (MQ=255) gcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGcc < 1:28316675‑M1/36‑1 (MQ=255) gcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGcc > 1:29875706‑M1/32‑67 (MQ=255) tttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc > 1:41500504‑M1/29‑68 (MQ=255) gCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAc > 1:25884090/1‑66 (MQ=255) gCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAc > 1:37254646/1‑66 (MQ=255) cTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc > 1:44965096/1‑67 (MQ=255) gttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCg < 1:18066799‑M1/44‑1 (MQ=255) gttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCg < 1:39922256‑M1/44‑1 (MQ=255) aaCATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCggg > 1:2507652/1‑67 (MQ=255) tatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGcc > 1:29072885‑M1/21‑68 (MQ=255) tttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGt < 1:5794004‑M1/50‑1 (MQ=255) aTGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGt > 1:43392745/1‑68 (MQ=255) aTGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGt > 1:1766931/1‑68 (MQ=255) ttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGtt < 1:39140623‑M1/51‑1 (MQ=255) ttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGtt < 1:30578681‑M1/51‑1 (MQ=255) tGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGtt < 1:16161054/68‑1 (MQ=255) gatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCGGCCACCCTCCGGGCCGTTGc > 1:12779437‑M1/16‑68 (MQ=255) gatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc > 1:13249628‑M1/16‑68 (MQ=255) gatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc > 1:51161139‑M1/16‑68 (MQ=255) gatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc > 1:12361208‑M1/16‑68 (MQ=255) gatccctggcgaataAATACCTGGCAGATTATGGCGGGCGTCCAGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc > 1:48623448‑M1/16‑68 (MQ=255) tgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCt > 1:17145366‑M1/14‑67 (MQ=255) gcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTc < 1:42990596‑M1/56‑1 (MQ=255) gcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTc < 1:6231727‑M1/56‑1 (MQ=255) gcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTc < 1:30129290‑M1/56‑1 (MQ=255) gcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCAGTTGCTTc < 1:8937856‑M1/56‑1 (MQ=255) cctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTc < 1:26648078‑M1/56‑1 (MQ=255) gggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAAc < 1:10448835‑M1/61‑1 (MQ=255) gggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAAc < 1:19473928‑M1/61‑1 (MQ=255) gggaattAATTCCTGCCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCgcatc < 1:37810977‑M1/61‑3 (MQ=255) gATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAAc > 1:44533628/1‑68 (MQ=255) gATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAAc > 1:21706795/1‑68 (MQ=255) ggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAAc > 1:22214425‑M1/7‑67 (MQ=255) ggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAAc > 1:22665788‑M1/7‑67 (MQ=255) tCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGt < 1:43837857/68‑1 (MQ=255) gaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGt < 1:36310294‑M1/63‑1 (MQ=255) aattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCTACGt > 1:5442701‑M1/5‑67 (MQ=255) aattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGt > 1:46201701‑M1/5‑67 (MQ=255) aattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGt > 1:27216724‑M1/5‑67 (MQ=255) aattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGt > 1:25433000‑M1/5‑67 (MQ=255) aattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGt > 1:13655360‑M1/5‑67 (MQ=255) attAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGtt > 1:7266375‑M1/4‑67 (MQ=255) attAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGtt > 1:42645631‑M1/4‑67 (MQ=255) tAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCaa < 1:3188101‑M1/67‑1 (MQ=255) tCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATcc > 1:24394535/1‑68 (MQ=31) tCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATcc > 1:24633992/1‑68 (MQ=31) tCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATcc > 1:33228844/1‑68 (MQ=31) tCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATcc > 1:32185930/1‑68 (MQ=31) tCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATcc > 1:7719406/1‑68 (MQ=31) tCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATcc > 1:8169549/1‑68 (MQ=31) | CAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCC > CP009273/360053‑360174 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |