| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 360120 = | NA (NA) | 7 (0.010) | 4/96 | NT | NA | intergenic (‑54/+541) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
| ? | CP009273 | 360141 = | NA (NA) | intergenic (‑75/+520) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor | |||||
Only 100 of 738 total aligned reads displayed.
AAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCC > CP009273/360074‑360174 | aaGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAc < 1:30064920/68‑1 (MQ=255) ctttctttttatttgatgcctggggatttAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAcc > 1:46106988‑M1/30‑68 (MQ=255) ctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAcc > 1:42222258‑M1/30‑68 (MQ=255) ctttcgtttaatttgatgattggttaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAcc > 1:10102031‑M1/30‑68 (MQ=255) aGCTGTCAAACATTAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAcc < 1:35605394/68‑1 (MQ=255) aGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAc > 1:37368994/1‑67 (MQ=255) aGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAc > 1:36130204/1‑67 (MQ=255) tttcgttttatttgatgcctgggtaaatAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc > 1:49445345‑M1/29‑68 (MQ=255) tttcgttttatttgatgcctgggggattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc > 1:8796330‑M1/29‑68 (MQ=255) tttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc > 1:47251521‑M1/29‑68 (MQ=255) tttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc > 1:1274409‑M1/29‑68 (MQ=255) tttcgttttatttgatgccgggggaattAATTCCTGGCATTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc > 1:19589153‑M1/29‑68 (MQ=255) gCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGTCGTCCTGCCCGCCAc > 1:6505476/1‑66 (MQ=255) gCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAc > 1:31776447/1‑66 (MQ=255) gCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAc > 1:2918287/1‑66 (MQ=255) gCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAc > 1:8375221/1‑66 (MQ=255) ttctttttatttgatgcctgggtaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCt > 1:8159399‑M1/28‑68 (MQ=255) ttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCt > 1:7114606‑M1/28‑68 (MQ=255) ttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCt > 1:32119953‑M1/28‑68 (MQ=255) 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gatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc > 1:51161139‑M1/16‑68 (MQ=255) gatgccgggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc > 1:15854569‑M1/16‑68 (MQ=255) agaATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGtt > 1:2106338/1‑66 (MQ=255) gaATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc < 1:7517319/67‑1 (MQ=255) gaATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc < 1:44034805/67‑1 (MQ=255) gaATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc < 1:48693990/67‑1 (MQ=255) gaATTCCCACCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTCCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc < 1:44968605/67‑1 (MQ=17) gaAATCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTAATGGCGGGCTGCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc < 1:27561329/67‑1 (MQ=18) atgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCt < 1:2643305‑M1/54‑1 (MQ=255) tgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCt < 1:34155468‑M1/54‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |