| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2680401 | NA (NA) | 19 (0.040) | 5/90 | NT | NA | noncoding (8/20 nt) | REP187 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP187 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 2680405 | NA (NA) | noncoding (12/20 nt) | REP187 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP187 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 737 total aligned reads displayed.
AAGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCGA > CP009273/2680334‑2680468 | aGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATgg > 1:24252176/1‑68 (MQ=255) aGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATgg > 1:36665737/1‑68 (MQ=255) aGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATG < 1:21453786‑M1/67‑1 (MQ=255) aGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGtt < 1:2922322‑M1/66‑3 (MQ=255) aGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGa < 1:39837571/66‑1 (MQ=255) aGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGa < 1:34272332/66‑1 (MQ=255) aaaaCATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAca > 1:12504954‑M2/1‑65 (MQ=255) aaaaCATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAca > 1:29828286‑M2/1‑65 (MQ=255) aaaaCATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAca < 1:16672838‑M2/67‑3 (MQ=255) aaaCATTCAATACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatc > 1:48873593‑M2/1‑64 (MQ=255) attcattACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggc < 1:20839319‑M2/68‑9 (MQ=255) tACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCt > 1:23037234/1‑68 (MQ=255) tACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCt > 1:22106171/1‑68 (MQ=255) gAACGCTTTGGCCCGCATAACGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggcaacatcaaa > 1:42026732‑M2/1‑51 (MQ=255) aaTGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGAc > 1:23581710/1‑68 (MQ=255) tGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGAcgc > 1:32563751/1‑68 (MQ=255) gCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGAcgcg < 1:37212162/68‑1 (MQ=255) tttGGCCCTAATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCgg < 1:46687318/67‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCgg < 1:8718593/67‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCgg < 1:14225483/67‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCgg < 1:13816710/67‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCgg < 1:49475385/67‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCgg < 1:6355240/67‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt > 1:13200130/1‑68 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:11810709/68‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:26143965/68‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt > 1:25188805/1‑68 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGCGCTGTAATTTGATGTTGCCGTATGGAAACATCCGGCAACCCTTGAcgcgtt < 1:2728189/68‑3 (MQ=255) ttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGtt < 1:36279454/68‑1 (MQ=255) tGGCCCGCATACGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggcaacatcaaattacagca > 1:4699842‑M2/1‑43 (MQ=255) gCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaa > 1:3222777/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:40576854/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:46109541/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:10517861/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:19809251/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:23801487/1‑68 (MQ=255) ccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGCAAGCGTCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAAt > 1:48042055/1‑68 (MQ=255) aTAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCCGATGGAAACATCCGGCCACCCTTGCCGCGGTTTAAATTGcc > 1:50582294/1‑68 (MQ=255) ggTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCcgcg > 1:6751456/1‑67 (MQ=255) ggTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCcgcg > 1:17689280/1‑67 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGtttccatccggcaacatcaaattacagcaccttatgcgggcc > 1:9602018‑M1/1‑26 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGtttccatccggcaacatcaaattacagcacattatgcgggcc > 1:17297860‑M1/1‑26 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:45615680/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:19050772/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:33004032/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:38131294/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:10098794/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:527770/1‑68 (MQ=255) 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tGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCg < 1:35317625/68‑1 (MQ=255) ggAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCGa < 1:33879534/68‑1 (MQ=255) | AAGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCGA > CP009273/2680334‑2680468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |