| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2680401 | NA (NA) | 19 (0.040) | 5/90 | NT | NA | noncoding (8/20 nt) | REP187 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP187 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 2680405 | NA (NA) | noncoding (12/20 nt) | REP187 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP187 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 655 total aligned reads displayed.
AAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCGAATGA > CP009273/2680341‑2680472 | aaaaCATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAca > 1:12504954‑M2/1‑65 (MQ=255) aaCATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatcc < 1:5275350‑M2/68‑6 (MQ=255) attcattACGTATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggc < 1:49446766‑M2/68‑9 (MQ=255) attcattACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggc < 1:41944822‑M2/68‑9 (MQ=255) attcattACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggc < 1:20839319‑M2/68‑9 (MQ=255) attcattACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggc < 1:18366309‑M2/68‑9 (MQ=255) ttcattACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggca < 1:45772900‑M2/68‑10 (MQ=255) tcattACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggca < 1:36053483‑M2/67‑10 (MQ=255) tcattACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcacccggca < 1:291379‑M2/67‑10 (MQ=255) cattACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggcaac > 1:29395357‑M2/1‑57 (MQ=255) cattACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggcaac > 1:11392854‑M2/1‑57 (MQ=255) attACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAAcc < 1:32719363/68‑1 (MQ=255) ttACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggcaac < 1:50376420‑M2/66‑12 (MQ=255) ttACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAAccc < 1:37012839/68‑1 (MQ=255) tACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCt > 1:3443489/1‑68 (MQ=255) tACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCt > 1:31524575/1‑68 (MQ=255) tGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGAcgc > 1:40428510/1‑68 (MQ=255) tGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGAcgc > 1:33268056/1‑68 (MQ=255) gCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGAcgcg < 1:41157387/68‑1 (MQ=255) cTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCgg > 1:12932360/1‑68 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTTATGTTGCCGGATTGAAACATCCGGCATCCCTTGACGCGGt < 1:28537398/68‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCgg < 1:40871582/67‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCgg < 1:13816710/67‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCgg < 1:8718593/67‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt > 1:45918986/1‑68 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:1983122/68‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:11867922/68‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:43673950/68‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:21502445/68‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt > 1:13200130/1‑68 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:27581211/68‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGAGGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCgg < 1:47958028/67‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAACGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:45180356/68‑1 (MQ=255) gCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaa > 1:16065178/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:27017875/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:10517861/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:14701658/1‑68 (MQ=255) aTAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGcc > 1:17509397/1‑68 (MQ=255) ggTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCcgcg > 1:6751456/1‑67 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:10098794/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:41509662/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:46479529/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:3040233/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:46969297/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:32364760/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:2304419/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:23627764/1‑68 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:25419157/1‑68 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |