| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 753865 = | NA (NA) | 6 (0.020) | 5/72 | NT | 100% | noncoding (1/118 nt) | RIP67 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences and 1 IHF site | RIP67 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences and 1 IHF site |
| ? | CP009273 | 2298212 = | 0 (0.000) | noncoding (317/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | |||||
Only 100 of 395 total aligned reads displayed.
GCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCC > CP009273/2298176‑2298279 | gcctgatgcgacgcttgcgcgtcttatcagtcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTgg < 1:20903756‑M2/32‑1 (MQ=255) gactcttgctcgtcttacaaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCg < 1:46564508‑M2/40‑1 (MQ=255) cgcgtcttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTAcgcc > 1:16627870‑M2/20‑67 (MQ=255) cgcgtcttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTAcgcc > 1:38611406‑M2/20‑67 (MQ=255) cgcgtcttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTAcgcc > 1:41052636‑M2/20‑67 (MQ=255) cgcgtcttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTAcgcc > 1:46151701‑M2/20‑67 (MQ=255) cgcgtcttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTAcgcc > 1:14443518‑M2/20‑67 (MQ=255) tcgtcatatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTAcgccgc < 1:28009520‑M2/50‑1 (MQ=255) tattcttacccggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTAcgccgc < 1:23718381‑M2/50‑1 (MQ=255) gcgtcttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTAcgccgc < 1:24325756‑M2/50‑1 (MQ=255) gcgtcttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTAcgccgc > 1:2330995‑M2/19‑68 (MQ=255) cgtcttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTAcgccgc < 1:8934426‑M2/50‑1 (MQ=255) cgtcttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCa > 1:4576626‑M2/18‑68 (MQ=255) ttcttagcaggccatcACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCa < 1:21865804‑M2/51‑1 (MQ=255) gtcttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCAt < 1:37685676‑M2/52‑1 (MQ=255) gtcttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCAt < 1:2741646‑M2/52‑1 (MQ=255) gtcttagcagcccaccACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCa < 1:16168599‑M2/51‑1 (MQ=255) tcttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATc < 1:47866119‑M2/53‑1 (MQ=255) cttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATcc < 1:35815148‑M2/54‑1 (MQ=255) cttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATcc > 1:10256528‑M2/15‑68 (MQ=255) cttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATcc < 1:32284736‑M2/54‑1 (MQ=255) cttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATcc < 1:39234031‑M2/54‑1 (MQ=255) cttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATcc < 1:12241886‑M2/54‑1 (MQ=255) cttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATcc < 1:6929643‑M2/54‑1 (MQ=255) cttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATc < 1:23445567‑M2/53‑1 (MQ=255) cttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATc < 1:6226338‑M2/53‑1 (MQ=255) cttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATc < 1:50615475‑M2/53‑1 (MQ=255) cttatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATcc < 1:1127314‑M2/54‑1 (MQ=255) tatcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGa < 1:25383815‑M2/56‑1 (MQ=255) tctggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACa < 1:49443615‑M2/58‑1 (MQ=255) tcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGt > 1:9601016‑M2/11‑39 (MQ=255) tcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACa > 1:50246302‑M2/11‑68 (MQ=255) tcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACa < 1:42670873‑M2/58‑1 (MQ=255) tcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACa > 1:3910318‑M2/11‑68 (MQ=255) tcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACa > 1:9207885‑M2/11‑68 (MQ=255) tcaggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACa > 1:1959462‑M2/11‑68 (MQ=255) caggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACa > 1:42067413‑M2/10‑67 (MQ=255) caggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACa > 1:38056804‑M2/10‑67 (MQ=255) aggcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATc > 1:3006840‑M2/9‑68 (MQ=255) gcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCCCCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCa > 1:36360198‑M2/7‑68 (MQ=255) gcctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACatcga > 1:8457507‑M2/7‑66 (MQ=255) cctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATcc < 1:29100519‑M2/61‑1 (MQ=255) cctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATc < 1:3696405‑M2/60‑1 (MQ=255) cctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCa > 1:44228951‑M2/6‑67 (MQ=255) cctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCa > 1:28612976‑M2/6‑67 (MQ=255) cctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCa > 1:13793717‑M2/6‑67 (MQ=255) cctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCCAcatcaac > 1:19822455‑M2/6‑65 (MQ=255) cctacACCGCTGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATc < 1:39508301‑M2/60‑1 (MQ=255) ccTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTAGGATACTGGGGTGAAGCCGCATCACACATCCa > 1:11987499/1‑67 (MQ=11) ctacACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAAc > 1:17353606‑M2/5‑68 (MQ=255) tacACCGCTGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACg < 1:4858559‑M2/65‑1 (MQ=255) acACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGt < 1:48409042‑M2/66‑1 (MQ=255) acACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGt < 1:16382701‑M2/66‑1 (MQ=255) acCGCTGTGAAGTGCTCCACCGCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCAAACGTcc > 1:47410916/1‑68 (MQ=255) acCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGAGATCCAACGTcc > 1:41625576/1‑68 (MQ=255) acCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGAGATACAACGTc > 1:44055079/1‑67 (MQ=255) acCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCGAACGTcc > 1:51286849/1‑68 (MQ=255) acCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCGAACGAcc > 1:33343753/1‑68 (MQ=255) acCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCACCGTcc > 1:45179411/1‑68 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |