| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2006338 = | 570 (0.920) | 23 (0.050) | 10/92 | NT | 5.2% | coding (158/315 nt) | fliE | flagellar basal‑body component |
| ? | CP009273 | 2006392 = | 371 (0.730) | coding (104/315 nt) | fliE | flagellar basal‑body component | |||||
Only 100 of 600 total aligned reads displayed.
TCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGCCTGTAA > CP009273/2006326‑2006456 | tCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGc < 1:40092916/68‑1 (MQ=255)tCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGc > 1:50684002/1‑68 (MQ=255)cattagtcttgccgggcagctgcacgccgcgctcgagcgcattagtgatacacaaacagctgcccgGc < 1:50384383‑M2/2‑1 (MQ=255) gcctgcGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCaaa > 1:22461896/1‑68 (MQ=255) cctgcGTGCGGGCAGCTCTTTGGGTATCACTAATGCGCTCGCCCCCGGAGTGCAGCTGACCGGCaaa > 1:34359525/1‑67 (MQ=255) ctgcGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCtaaa < 1:44839897/67‑1 (MQ=255) ctgcGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCaaaa < 1:41170768/67‑1 (MQ=255) ctgcGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCaaa > 1:15591265/1‑66 (MQ=255) tgcgtgcgGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACt < 1:20050856/68‑1 (MQ=255) tttgccgggcagctgcacgccgcgctcgatcgcattagtgatacacaaacagctgcccgGCAAAAc < 1:45465110‑M2/7‑1 (MQ=255) tttgccgggcagctgcacgccgcgctcgatcgcattagtaatacacaaacagctgcccgGCAAAACt < 1:31671414‑M2/8‑1 (MQ=255) tgcgGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATg > 1:48262778/1‑68 (MQ=255) tgcgGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATAGACCGCGCCGTGCCGCTGCACGGCAAAAATAATg > 1:43883763/1‑68 (MQ=255) GGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCg < 1:39655829‑M1/68‑1 (MQ=255) GCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCgg < 1:14915560‑M1/68‑1 (MQ=255) cagctgcacgccgcgctcgatcgcattagtgatacacaaaccgcggcccgGCAAAACTAATGGTCgg < 1:34663094‑M2/17‑1 (MQ=255) cagctgcacgccgcgctcgatcgcattagtgaaacacaaaccgctgcccgGCAAAACTAATGGTCgg < 1:11874613‑M2/17‑1 (MQ=255) CAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCgg > 1:3265655‑M1/1‑67 (MQ=255) GCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGtt < 1:25344668‑M1/67‑1 (MQ=255) TGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGtt > 1:28022519‑M1/1‑65 (MQ=255) GTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCg < 1:41515529‑M1/67‑1 (MQ=255) tgtgTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAg < 1:21656703/68‑1 (MQ=255) tgtgTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAg < 1:31196254/68‑1 (MQ=255) gtgtATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGt > 1:28484842/1‑68 (MQ=255) gtgtATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGt > 1:36130810/1‑68 (MQ=255) gtgtATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGt > 1:10529603/1‑68 (MQ=255) gtgtATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGt > 1:23212031/1‑68 (MQ=255) gtgtATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGt > 1:4665865/1‑68 (MQ=255) tgtATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTg > 1:34061298/1‑68 (MQ=255) tgtATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTg > 1:6147669/1‑68 (MQ=255) cgcgctcgatcgcattagtgatacacaaacagctgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTg < 1:10047822‑M2/28‑1 (MQ=255) tATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAt > 1:7118558/1‑68 (MQ=255) tATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAt > 1:26274884/1‑68 (MQ=255) tATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAt > 1:4226940/1‑68 (MQ=255) aTCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAt > 1:4613533/1‑67 (MQ=255) aTCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAt > 1:40449785/1‑67 (MQ=255) cACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTcc < 1:5540027/68‑1 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:29694797/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:30278883/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:50180244/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:8975687/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:26711639/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:27275772/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCt > 1:27613007/1‑68 (MQ=255) tAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgc < 1:47680871/68‑1 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:30487965/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:13113338/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:49026509/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:1361051/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:3923467/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:5764100/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:20685410/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:22119690/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCAGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:18668591/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGACCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:47391208/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGCGCAGCGGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGGTGCGGCAGTGAGTCCTgcgca < 1:21041494/68‑1 (MQ=255) gATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAATACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcacgc > 1:6829433/1‑68 (MQ=255) gATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcacgc > 1:11278569/1‑68 (MQ=255) gATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcacg < 1:36691443/67‑1 (MQ=255) gATCGAGCGCGGCGTGCAGATGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcacg < 1:29483973/67‑1 (MQ=255) aGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGTTTCCTgcgcacgcgcac > 1:30125861/1‑67 (MQ=255) gcgcGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTc < 1:25224682/68‑1 (MQ=255) cgcgGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCa > 1:16128218/1‑68 (MQ=255) cgcgGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTAGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCa > 1:24673431/1‑68 (MQ=255) gcggcgTGGAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTGGGGTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCa < 1:19247291/67‑1 (MQ=255) gcggcgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTc < 1:66219/66‑1 (MQ=255) gcggcgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCa > 1:48611832/1‑67 (MQ=255) gcggcgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCa > 1:3539731/1‑67 (MQ=255) gcggcgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCa > 1:7714095/1‑67 (MQ=255) ggcgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATc < 1:49511892/67‑1 (MQ=255) ggcgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCg < 1:19002675/68‑1 (MQ=255) cgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGcc > 1:16687423/1‑68 (MQ=255) cgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGcc > 1:3315721/1‑68 (MQ=255) cgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGcc > 1:14045474/1‑68 (MQ=255) cgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGc < 1:27091172/67‑1 (MQ=255) cgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGc < 1:23949425/67‑1 (MQ=255) gTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCg > 1:10969014/1‑68 (MQ=255) agctggccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAg < 1:24435949‑M2/58‑1 (MQ=255) agctgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAg < 1:43391548‑M2/58‑1 (MQ=255) agctgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAg < 1:51095828‑M2/58‑1 (MQ=255) gctgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGGAGTAg > 1:8181521‑M2/9‑66 (MQ=255) gctgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAg > 1:15068659‑M2/9‑66 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCGGTAGc < 1:37998500‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGcc < 1:30796567‑M2/60‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:7333016‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:9520399‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:46919609‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:4423839‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:38506486‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:37058257‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:28777357‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:25706351‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:20356645‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:18110306‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:17700291‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:12757671‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgACAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:4288199‑M2/59‑1 (MQ=255) gcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGCCTGt < 1:3373139‑M2/63‑1 (MQ=255) gcccgGCAAAACTAATGGGCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGCCTGt < 1:17181781‑M2/63‑1 (MQ=255) cccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGCCTGTa > 1:3234766‑M2/5‑68 (MQ=255) | TCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGCCTGTAA > CP009273/2006326‑2006456 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |