Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ CP009273 246563 247227 665 238 [207] [214] 381 lafU pseudogene, lateral flagellar motor protein fragment

Only 100 of 381 total aligned reads displayed.

CGTCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCT  >  CP009273/247208‑247295
                    |                                                                   
catCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAg                      <  1:9353160/66‑1 (MQ=255)
  tacGATACGCTGTATCAAAAATTTGGTCAGCAACGGGATAAAGTGGAGAAGCCGATGGTGCaaaa                       >  1:40130324/3‑65 (MQ=255)
  tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:10869892/1‑65 (MQ=255)
  tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:28312669/1‑65 (MQ=255)
  tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:49924652/1‑65 (MQ=255)
  tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:25370775/1‑65 (MQ=255)
  tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:2055833/1‑65 (MQ=255)
  tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:37260176/1‑65 (MQ=255)
  tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:17661505/1‑65 (MQ=255)
  tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:35800708/1‑65 (MQ=255)
   ccGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTg                   <  1:25179803/68‑1 (MQ=255)
   ccGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTg                   <  1:32994545/68‑1 (MQ=255)
    cGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATaa                                               <  1:22112666/39‑1 (MQ=255)
    cGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTgg                  <  1:50455183/68‑1 (MQ=255)
    cGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTgg                  >  1:17424150/1‑68 (MQ=255)
      aTACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGAt                >  1:10391731/1‑68 (MQ=255)
      aTACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGAt                >  1:45818040/1‑68 (MQ=255)
      aTACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGAt                >  1:42088242/1‑68 (MQ=255)
      aTACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTCCTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGTAt                >  1:20005630/1‑68 (MQ=255)
       tACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATa               >  1:21573710/1‑68 (MQ=255)
       tACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATa               >  1:41677755/1‑68 (MQ=255)
        aCGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATaa              >  1:30427882/1‑68 (MQ=255)
        aCGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATaa              >  1:81742/1‑68 (MQ=255)
         cGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATaa              >  1:30870232/1‑67 (MQ=255)
         cGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATaa              >  1:49990839/1‑67 (MQ=255)
         cGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATaa              >  1:12404265/1‑67 (MQ=255)
         cGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATaa              >  1:42020459/1‑67 (MQ=255)
         cGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATaa              >  1:1008425/1‑67 (MQ=255)
         cGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAag             <  1:2494039/68‑1 (MQ=255)
         cGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAag             <  1:7079468/68‑1 (MQ=255)
          gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:46927881/1‑68 (MQ=255)
          gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:48222453/1‑68 (MQ=255)
          gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:5813121/1‑68 (MQ=255)
          gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:46822066/1‑68 (MQ=255)
          gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:13446878/1‑68 (MQ=255)
          gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:2935267/1‑68 (MQ=255)
           cTGTATCAATACTTTGGTCAGCCTGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagca           >  1:43992158/1‑68 (MQ=255)
           cTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagca           >  1:11100935/1‑68 (MQ=255)
           cTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagca           >  1:25750420/1‑68 (MQ=255)
            tGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAGAAGCTGGATAagca           >  1:47459037/1‑67 (MQ=255)
            tGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagca           >  1:16389079/1‑67 (MQ=255)
            tGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagca           >  1:51313560/1‑67 (MQ=255)
            tGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagca           <  1:19648202/67‑1 (MQ=255)
            tGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagca           <  1:26314122/67‑1 (MQ=255)
               aTCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGcagcag       >  1:49203448/1‑68 (MQ=255)
                tCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAgg      >  1:46464164/1‑68 (MQ=255)
                 cAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGt     <  1:38059671/68‑1 (MQ=255)
                  aaTACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGt     >  1:24113795/1‑67 (MQ=255)
                  aaTACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGt     >  1:48453334/1‑67 (MQ=255)
                  aaTACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGt     >  1:44742731/1‑67 (MQ=255)
                  aaTACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGt     >  1:18762258/1‑67 (MQ=255)
                  aaTACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGt     >  1:7677224/1‑67 (MQ=255)
                  aaTACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTg    <  1:14408446/68‑1 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGGTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:50958321/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:5892793/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:50121535/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:6307417/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:46630986/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:47782213/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:46369375/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:8886119/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:45136782/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:7514611/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:9730664/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:9567028/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:44348673/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:48292387/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:32657564/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:11606083/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:11958108/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:1467423/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:15477600/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:1576917/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:19466142/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:22573077/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:22939986/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:2750112/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:28762275/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:30343252/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:30788319/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:31305298/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:32036661/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:43747366/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:36622107/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:42961141/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:41103035/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:40980533/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  <  1:396036/68‑1 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:39296933/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  <  1:38922641/68‑1 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:38350914/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:36870679/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:33422304/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:36214287/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:35663982/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:34905866/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:3464063/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:33952440/1‑68 (MQ=255)
                    tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGAAGCCGCTGGTGCAAAAGATGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:29132175/1‑68 (MQ=255)
                    tACCTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:30005278/1‑68 (MQ=255)
                    |                                                                   
CGTCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCT  >  CP009273/247208‑247295

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: