| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1070341 = | NA (NA) | 8 (0.030) | 4/94 | NT | NA | noncoding (1/28 nt) | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 1070369 = | NA (NA) | intergenic (+33/+7) | rutR/putA | rut operon transcriptional repressor for/fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase | |||||
TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1070415‑1070341‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcctccggcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > CP009273/1070369‑1070435 TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTC < 1:12394114/68‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCT < 1:29271416/67‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCT < 1:19754616/67‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCT < 1:9299782/67‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCT < 1:1425866/67‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCT < 1:8060678/67‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:21745248/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:11864645/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:23360938/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:22472997/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:18090285/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:717398/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCT > 1:26745624/1‑66 CCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:14969697/67‑1 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCT < 1:6213634/67‑1 CGCTGGCGGGAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTC < 1:5309531/68‑1 CTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCTGAGGATGTTACAACCTCCTCCG > 1:2004126/1‑68 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:19086444/68‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:27347717/68‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:25260346/68‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATACGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:3452489/68‑1 CAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAA < 1:2483146/68‑1 tgcCTATAGGTTAACCAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCGCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGT < 1:10836133/65‑1 tgcCTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGT < 1:28807878/65‑1 TGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGT < 1:5520413/68‑1 TGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGT < 1:16361940/68‑1 TGACTATAGGTAAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGT < 1:24383761/68‑1 CTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCA < 1:9974629/67‑1 TAAACAGGAAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCCTTAAGCTGG < 1:20610797/68‑1 TCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACA < 1:16855744/68‑1 TCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACA < 1:24195510/68‑1 TCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:10073375/1‑67 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:1026730/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:8913927/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:9789999/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:25483865/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:23069381/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:22990750/1‑66 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:1087757/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:9165762/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:15119059/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:5841649/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:23762374/68‑1 TCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTC > 1:17548269/1‑68 TCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTC > 1:5910801/1‑68 CCGGCTAGCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGGAGCGGTATTGACACTCA < 1:27696155/68‑1 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC < 1:19622203/68‑1 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC > 1:18993782/1‑68 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC > 1:4617679/1‑68 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC > 1:22129767/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:20049134/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:20129261/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:29391075/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:1853644/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:8257157/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:8622648/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:23494944/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:1243634/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:2374948/1‑68 CTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > 1:29648902/1‑68 CTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > 1:27053432/1‑68 CTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > 1:12330877/1‑68 TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1070415‑1070341‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcctccggcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > CP009273/1070369‑1070435 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |