| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1070341 = | NA (NA) | 8 (0.030) | 4/94 | NT | NA | noncoding (1/28 nt) | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 1070369 = | NA (NA) | intergenic (+33/+7) | rutR/putA | rut operon transcriptional repressor for/fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase | |||||
Only 100 of 499 total aligned reads displayed.
AGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > CP009273/1070302‑1070435 | gCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCt > 1:25083557/1‑67 (MQ=255) gCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCt > 1:27470747/1‑67 (MQ=255) ggATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTAc < 1:26678822/67‑1 (MQ=255) attattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTa > 1:13795756/1‑64 (MQ=255) attattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCt < 1:11196152/67‑1 (MQ=255) ttattcttCAGGGGATTCGACCACGTTACAGATGCCGGAGGAGGGTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:29772935/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCCCGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:21954779/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTg < 1:19354369/67‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTg < 1:19043812/67‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTg < 1:22197729/67‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTg < 1:17529922/67‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:20828258/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt > 1:21097584/1‑68 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:18425369/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:25392850/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:28403485/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:9283371/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:12696380/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:11769791/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGACGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:29177305/68‑1 (MQ=255) attattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGttt > 1:29019600/1‑68 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:2823606/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:21420564/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:2861736/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:26349156/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:6727733/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:4276878/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTa > 1:27613264/1‑67 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTa > 1:25691621/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAATGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:17158154/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:6031043/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:26970419/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:9849616/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:23690778/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:13527259/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:15776995/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:12398666/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:17012636/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:3894432/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:26011618/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGAAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:29633405/1‑67 (MQ=255) ttGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAcc < 1:2017820/68‑1 (MQ=255) ttGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAcc < 1:2041941/68‑1 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:8999851/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:10675521/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:15004135/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:23425855/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:583993/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:11101534/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:13240229/1‑68 (MQ=255) aGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtat > 1:28770670/1‑68 (MQ=255) aGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtat > 1:24470444/1‑68 (MQ=255) aGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtat > 1:18154182/1‑68 (MQ=255) ggggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtata > 1:12873117/1‑68 (MQ=255) ggggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtata > 1:1529869/1‑68 (MQ=255) ggggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtata > 1:19895262/1‑68 (MQ=255) gATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGt < 1:3655293/67‑1 (MQ=255) gATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGt < 1:12952806/67‑1 (MQ=255) gATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGt < 1:18764053/67‑1 (MQ=255) gATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGt < 1:16827310/67‑1 (MQ=255) gATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGt < 1:19559823/67‑1 (MQ=255) gATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGt < 1:24730868/67‑1 (MQ=255) gATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGt < 1:441693/67‑1 (MQ=255) gATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGt < 1:7958049/67‑1 (MQ=255) actataggttaaacaggtaGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCa < 1:16361940‑M1/49‑1 (MQ=255) actataggttaaacaggtaGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCa < 1:5520413‑M1/49‑1 (MQ=255) ttCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCAt > 1:24959690/1‑68 (MQ=255) gACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTaa < 1:23183660/68‑1 (MQ=255) ccACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTaa > 1:27254264/1‑66 (MQ=255) taaacaggaagccggaggatgttacaacctcctccggcTACCTGTTTAACCTATAGTCCTTAAGCTgg < 1:20610797‑M2/30‑1 (MQ=255) tAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCg < 1:17990129/67‑1 (MQ=255) tAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGt < 1:7021499/68‑1 (MQ=255) tAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGt < 1:14235861/68‑1 (MQ=255) tAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGt < 1:14434609/68‑1 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:6299922/1‑68 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:22890227/1‑68 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:5171077/1‑68 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:16146977/1‑68 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:4513522/1‑68 (MQ=255) CGGAGGAGGTTGTAACATCCTCAGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAg > 1:2004126‑M1/1‑68 (MQ=255) GAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTCCCGCCAGCg < 1:5309531‑M1/68‑1 (MQ=255) GGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGc < 1:717398‑M1/68‑1 (MQ=255) GGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGc < 1:21745248‑M1/68‑1 (MQ=255) ttGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCcagcggcagc < 1:3402981/66‑1 (MQ=255) gTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTa < 1:4855651/68‑1 (MQ=255) gTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTa < 1:2937657/68‑1 (MQ=255) gTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTa < 1:3566454/68‑1 (MQ=255) gTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTa < 1:22358644/68‑1 (MQ=255) aaCATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTAtt < 1:24095787/68‑1 (MQ=255) aaCATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTAt > 1:4598582/1‑67 (MQ=255) aCATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTc > 1:28053079/1‑68 (MQ=255) aCATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTc > 1:12019848/1‑68 (MQ=255) cATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTc > 1:22705674/1‑67 (MQ=255) cATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTc > 1:7527130/1‑67 (MQ=255) cATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTc > 1:20764877/1‑67 (MQ=255) cATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTc > 1:19747872/1‑67 (MQ=255) tcctccggcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTcac > 1:10073375‑M2/10‑67 (MQ=255) cctccggcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTcac > 1:1026730‑M2/9‑66 (MQ=255) gcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCg > 1:8622648‑M2/3‑68 (MQ=255) gcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCg > 1:8257157‑M2/3‑68 (MQ=255) | AGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > CP009273/1070302‑1070435 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |