| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1505831 = | 260 (0.720) | 13 (0.040) | 7/94 | NT | 5.5% | intergenic (+165/‑80) | ydcR/ydcS | putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative amino transferase/polyhydroxybutyrate (PHB) synthase, ABC transporter periplasmic binding protein homolog |
| ? | CP009273 | 1505880 = | 226 (0.750) | intergenic (+214/‑31) | ydcR/ydcS | putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative amino transferase/polyhydroxybutyrate (PHB) synthase, ABC transporter periplasmic binding protein homolog | |||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
CTTACTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1505905‑1505831‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acggcggctGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGTGCG > CP009273/1505880‑1505946 CTTACTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGAC > 1:5625547/1‑68 ACTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGC > 1:2980132/1‑68 CTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:28889077/1‑68 CTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:21187291/1‑68 CTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:12177208/1‑68 aCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:22255545/2‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTACCCATAGACGGCG > 1:15487953/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATTGACGGCG > 1:21958539/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:18223124/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:4817706/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:27908379/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:17607265/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:4513832/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:18940842/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:7000845/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:29776877/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:16298502/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:28222774/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:20557888/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:7282284/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:27280203/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:2147787/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:21481813/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:27144099/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:23307608/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:23606789/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:24332096/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:26878612/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:24618006/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:24900050/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:13598202/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:9281567/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:12299421/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:12719827/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:1290414/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:13143030/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:11662498/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:9707710/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:10970294/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:13543992/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:13668229/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:139494/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:828682/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:14533389/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:14567431/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:14613164/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:14710627/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:16221725/1‑67 CTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCT < 1:26435911/68‑1 GTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGA < 1:22643448/68‑1 GTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACA < 1:15941772/68‑1 GTAATTAATTCTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACA < 1:8931357/68‑1 GTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACG < 1:13009249/68‑1 CGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAG < 1:20128052/68‑1 CGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGATTACCCATAGACGCCGGCTGAACAATTAATTACGACAGG < 1:10733949/66‑1 ggCGTAAAAATATCTCCTTGTATAACCATCGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGA < 1:10364049/65‑1 GCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGA < 1:10364037/67‑1 GCCGTAAAAATATCTCCTTGTCTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGA < 1:7057481/67‑1 cgaAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCT < 1:8345049/65‑1 CGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACC < 1:20170385/67‑1 CGTAAAAATATCTCCTTGTTAAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACC < 1:16798554/67‑1 AAATATCTCCTTGTTTAACCATAGCCGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGA < 1:10743492/68‑1 AAATATCTCCTTGTTTAACCATACACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGA < 1:2460869/68‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:8739386/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:28469698/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:7833055/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:9863809/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:11427278/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:13335389/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:12167186/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:19489447/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:21144860/67‑1 CGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCT < 1:17347036/68‑1 CGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCT < 1:17313069/68‑1 GGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTG < 1:2750571/68‑1 CGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGT < 1:3174656/67‑1 CGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGT < 1:3685058/67‑1 CGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTAGCCCGCAGCAGCCTGT < 1:29109798/67‑1 cGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACACTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:20525759/66‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGT > 1:12233459/1‑68 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGT > 1:16810317/1‑68 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:5706449/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:24425255/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:17713250/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:1181363/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:1031726/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:18677639/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:18764694/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:3854634/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:18884072/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:1894127/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:19364824/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:21195622/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:24868535/67‑1 GGCTGAAAAATTAATTACGACAGGAGTAACACCTTATGAGCAAGACATTAGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:14069672/67‑1 CTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGTG < 1:22705427/67‑1 TGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGTGC < 1:4032403/67‑1 TGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGTGC < 1:15818125/67‑1 TGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGTGC < 1:8609960/67‑1 TGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGTGC > 1:27159912/1‑67 CTTACTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1505905‑1505831‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acggcggctGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGTGCG > CP009273/1505880‑1505946 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |