| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3487124 | NA (NA) | 17 (0.060) | 7/96 | NT | NA | noncoding (8/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 3487134 | NA (NA) | noncoding (18/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
TTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3487052‑3487124‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gccggacgACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTGA < CP009273/3487134‑3487068 TTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCC < 1:10004436/68‑1 TCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCG > 1:18493806/1‑68 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:8440554/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:25575714/68‑1 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGCCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:28102498/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGA < 1:22988499/68‑1 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:28116220/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:28324035/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:28973499/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:2107038/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:29285918/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:296307/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:3589622/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:17520184/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCAAAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:16897762/1‑67 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTTTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:19511537/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:9466652/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:26468695/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:26163972/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:22446231/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:21135756/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:20808749/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:18590861/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:3181799/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:13905211/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:19994160/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCGGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:23334254/1‑68 TTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:416965/1‑67 TTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:20835806/1‑67 TTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:19538724/1‑67 TTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:4070933/1‑67 TTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:3875080/1‑67 CCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:11534369/53‑1 cgTAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGTGCAATT > 1:23510298/3‑68 ATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGCCGACGATAGTGGCGTCCGGCATGCGCAATTt > 1:23660644/1‑67 ACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGGCGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATG > 1:18439868/1‑68 ACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGCCGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATG > 1:23653244/1‑68 ACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCCTGGGCAATTAATGA > 1:6642080/1‑67 ACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAG > 1:26278701/1‑68 CTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGG > 1:6545598/1‑68 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CCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGAC > 1:172527/1‑68 CCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGAC > 1:15636114/1‑68 CGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACG < 1:28540117/68‑1 CGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACG > 1:7433619/1‑68 CGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACG > 1:4353280/1‑68 ACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGC < 1:29828350/67‑1 ACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACG > 1:25607601/1‑65 CGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAGTTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTG > 1:20078491/1‑68 CGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTG > 1:18395323/1‑68 CGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTG > 1:18630373/1‑68 CGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTG > 1:11416849/1‑68 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |