| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3487124 | NA (NA) | 17 (0.060) | 7/96 | NT | NA | noncoding (8/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 3487134 | NA (NA) | noncoding (18/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 534 total aligned reads displayed.
GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTC > CP009273/3487057‑3487191 | gTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:20808749‑M1/68‑1 (MQ=255) ttAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:4070933‑M1/1‑67 (MQ=255) tatgTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc < 1:27876356/65‑1 (MQ=255) tAGGTTTCGTCCGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc < 1:29323722/68‑1 (MQ=255) tAGGTTGCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc < 1:11096500/68‑1 (MQ=255) aGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCa < 1:15808528/68‑1 (MQ=255) aGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCa < 1:6551725/68‑1 (MQ=255) gTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGCCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACt > 1:684667/1‑68 (MQ=255) gTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACt > 1:18331019/1‑68 (MQ=255) tttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACt < 1:360520/67‑1 (MQ=255) tttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACt < 1:13738568/67‑1 (MQ=255) tttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACt < 1:27221331/67‑1 (MQ=255) ttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTAt < 1:8605844/68‑1 (MQ=255) ttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTAt < 1:13969424/68‑1 (MQ=255) ttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTAt < 1:20612122/68‑1 (MQ=255) ttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTAt < 1:22822700/68‑1 (MQ=255) tCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTc < 1:7966466‑M2/68‑2 (MQ=255) cAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcg > 1:18630373‑M2/1‑66 (MQ=255) ccgtcaccgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:11534369‑M1/53‑1 (MQ=255) cgtcaccgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgt > 1:25607601‑M2/1‑62 (MQ=255) gtcaccgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccgg > 1:26491728‑M2/1‑61 (MQ=255) gtcaccgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccgg > 1:11249378‑M2/1‑61 (MQ=255) caccgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggc > 1:29016877‑M2/1‑59 (MQ=255) caccgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggc > 1:14511352‑M2/1‑59 (MQ=255) accgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCt < 1:28562090/68‑1 (MQ=255) accgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCt < 1:22603309/68‑1 (MQ=255) cgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggcatga > 1:16675189‑M2/1‑56 (MQ=255) cgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCttt < 1:12955854/68‑1 (MQ=255) cATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCctc > 1:24005766/1‑67 (MQ=255) aTAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggcatgagcaat > 1:26335681‑M2/1‑49 (MQ=255) aTAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCctct < 1:14173314/67‑1 (MQ=255) aTAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCctct < 1:7328043/67‑1 (MQ=255) acacCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGGCGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatg > 1:18439868‑M1/1‑36 (MQ=255) cacCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc < 1:23494431/68‑1 (MQ=255) acCCTGCCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:4769055/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:23645918/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:1037823/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:11910097/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:21179654/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:20232463/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:13208285/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:27522488/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTACTCTCTTcc > 1:19620258/1‑67 (MQ=255) cccTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcccc < 1:12732069/68‑1 (MQ=255) cccTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTccc > 1:26211325/1‑67 (MQ=255) tGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGc < 1:25859146/68‑1 (MQ=255) tGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGc < 1:17882810/68‑1 (MQ=255) aCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtca > 1:15175012‑M1/1‑28 (MQ=255) aCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCt > 1:18923172/1‑67 (MQ=255) ccTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTAc < 1:24595598/68‑1 (MQ=255) ccTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTAc > 1:16309784/1‑68 (MQ=255) ctctCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACg > 1:10152438/1‑68 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:29749580/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:27437873/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:12396185/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:7823741/68‑1 (MQ=255) cATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa < 1:9540839/68‑1 (MQ=255) cATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa < 1:4197379/68‑1 (MQ=255) cATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa > 1:5858530/1‑68 (MQ=255) aTTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCAt < 1:25451219/68‑1 (MQ=255) ttAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa > 1:12005566/1‑66 (MQ=255) tAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCt < 1:62205/68‑1 (MQ=255) aaTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTa < 1:14870190/68‑1 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:7726911/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:7570925/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:21389483/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:25234209/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:24767266/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:10674925/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:19456948/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt < 1:27980800/68‑1 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt < 1:24220998/68‑1 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:28849119/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTACTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:3405291/1‑68 (MQ=255) tGCTCATGCCGGACGccgatagtgccgtccggcatgagcatttaatgagaggtcagggtgttatgctg > 1:23226080‑M1/1‑15 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:19796343/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:8945424/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:10059502/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:2236849/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:21748928/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:25956696/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:924979/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:23688409/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:5410853/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:5275049/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:28393268/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:18001955/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:15467958/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:3721671/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:17497767/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:29508332/67‑1 (MQ=255) gCCGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggtgttatgctgacggtg > 1:9766966‑M1/1‑8 (MQ=255) gCCGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggtgttatgctgacggtg > 1:16035902‑M1/1‑8 (MQ=255) ccGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggtgttatgctgacggtgac > 1:13447752‑M1/1‑7 (MQ=255) ccGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTTTTTCTATaaa > 1:22121199/1‑67 (MQ=255) cGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggtgttatgctgacggtgacg > 1:4353280‑M1/1‑6 (MQ=255) cGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAAcc < 1:17101117/68‑1 (MQ=255) aCGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCg < 1:20396274/67‑1 (MQ=255) cgacgatagtgccgtccggcatgagcagttaatgagaggtcagggtgttatgctgacggtgacggctg > 1:20078491‑M1/1‑2 (MQ=255) gacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggtgttatgctgacggtgacggctga < 1:21030971‑M1/68‑68 (MQ=255) | GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTC > CP009273/3487057‑3487191 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |