New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	CP009273	= 3613476	NA (NA)	3 (0.010)	3/100	NT	100%	coding (925/4236 nt)	rhsB	Rhs family putative polymorphic toxin, putative neighboring cell growth inhibitor
	?	CP009273	= 3613512	0 (0.000)					coding (961/4236 nt)	rhsB	Rhs family putative polymorphic toxin, putative neighboring cell growth inhibitor

CGCACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCGGCGAACTGGCGGTGGTGTATGA  >  CP009273/3613441‑3613531                                    |                                                        cGCACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGC                         >  1:10367945‑M2/1‑68 (MQ=255) cGCACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGC                         <  1:13653009‑M2/68‑1 (MQ=255) cGCACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGC                         >  1:15080926‑M2/1‑68 (MQ=255) cGCACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGC                         >  1:28989586‑M2/1‑68 (MQ=255) cGCACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACG                          >  1:5956870‑M2/1‑67 (MQ=255)  gCACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCG                        <  1:7813302‑M2/68‑1 (MQ=255)  gCACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCG                        <  1:15512421‑M2/68‑1 (MQ=255)  gCACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCG                        <  1:17533856‑M2/68‑1 (MQ=255)  gCACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCG                        <  1:7039187‑M2/68‑1 (MQ=255)  gCACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCG                        <  1:21910218‑M2/68‑1 (MQ=255)  gCACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCG                        <  1:5505604‑M2/68‑1 (MQ=255)  gCACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCG                        <  1:26424202‑M2/68‑1 (MQ=255)  gCACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCG                        <  1:3677241‑M2/68‑1 (MQ=255)   cACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGGGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCAGGCG                        <  1:20420126‑M2/67‑1 (MQ=255)   cACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCG                        <  1:27838671‑M2/67‑1 (MQ=255)   cACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCG                        <  1:11676746‑M2/67‑1 (MQ=255)   cACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCG                        <  1:29474558‑M2/67‑1 (MQ=255)   cACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCG                        <  1:4199837‑M2/67‑1 (MQ=255)   cACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCG                        <  1:6208687‑M2/67‑1 (MQ=255)   cACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCG                        <  1:7344985‑M2/67‑1 (MQ=255)   cACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCG                        <  1:27438108‑M2/67‑1 (MQ=255)   cACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCG                        <  1:25746070‑M2/67‑1 (MQ=255)   cACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCG                        <  1:24102375‑M2/67‑1 (MQ=255)   cACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCG                        <  1:22566108‑M2/67‑1 (MQ=255)   cACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCG                        <  1:17890193‑M2/67‑1 (MQ=255)    aCGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCGGC                      <  1:27488266‑M2/68‑1 (MQ=255)    aCGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCGGC                      >  1:23781261‑M2/1‑68 (MQ=255)    aCGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCGGC                      >  1:23738225‑M2/1‑68 (MQ=255)    aCGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCGGC                      >  1:21430933‑M2/1‑68 (MQ=255)    aCGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCGGC                      <  1:7212883‑M2/68‑1 (MQ=255)    aCGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCGGC                      >  1:7888226‑M2/1‑68 (MQ=255)    aCGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCGG                       >  1:1937737‑M2/1‑67 (MQ=255)                         aTTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCGGCGcggcaggtaaattctccgg  >  1:28243477‑M2/1‑48 (MQ=255)                         aTTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCGGCGcggcaggtaaattctccg   >  1:14537035‑M2/1‑48 (MQ=255)                                    |                                                        CGCACGACCCGGAATACCCGGAGAATTTACCTGCCGCGCCGCTGGTGCGCTATGGCTGGACGCCACGCGGCGAACTGGCGGTGGTGTATGA  >  CP009273/3613441‑3613531

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.