| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 471426 | 293 (0.810) | 19 (0.070) | 7/88 | NT | 6.5% | intergenic (+19/+12) | ybaY/ybaZ | outer membrane lipoprotein/excision repair protein, alkyltransferase‑like protein ATL |
| ? | CP009273 | = 471428 | 317 (1.120) | intergenic (+21/+10) | ybaY/ybaZ | outer membrane lipoprotein/excision repair protein, alkyltransferase‑like protein ATL | |||||
Only 100 of 470 total aligned reads displayed.
CTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACA > CP009273/471361‑471495 | tCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCc < 1:6903633‑M2/68‑2 (MQ=255) tCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCc < 1:12792093‑M2/68‑2 (MQ=255) tCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCc < 1:21185830‑M2/68‑2 (MQ=255) cAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcg > 1:16702666‑M2/1‑66 (MQ=255) tGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggaga < 1:2327946‑M2/68‑7 (MQ=255) tGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggaga < 1:11466813‑M2/68‑7 (MQ=255) gAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagag > 1:21909375‑M2/1‑61 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCCGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCCCCGCCcggagaggg > 1:20295320‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:28110323‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:14817918‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:8289103‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:7232066‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg < 1:20007372‑M2/68‑10 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:9708659‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:22052223‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:22202026‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:27795366‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagagg > 1:21454144‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagagg > 1:6336111‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagagg > 1:10308607‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCATCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:16300304‑M2/1‑59 (MQ=255) ccGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagagggtt < 1:13980498‑M2/68‑12 (MQ=255) cggcTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTta < 1:23071870/65‑1 (MQ=255) tCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTtagt > 1:13685426/1‑68 (MQ=255) tCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTagtagt < 1:5371139/68‑1 (MQ=255) tCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTagtagt < 1:254537/68‑1 (MQ=255) tCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATAAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTagtagt < 1:5219483/68‑1 (MQ=255) cGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGtt < 1:5826104/68‑1 (MQ=255) ggCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagagggttaacgtcgc > 1:28298689‑M2/1‑49 (MQ=255) ggCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTc < 1:11991526/68‑1 (MQ=255) gCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTcc > 1:11053663/1‑68 (MQ=255) gCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTcc > 1:4499646/1‑68 (MQ=255) tCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAg < 1:12305409/65‑1 (MQ=255) tCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAg < 1:8869405/65‑1 (MQ=255) tCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAg < 1:15158674/65‑1 (MQ=255) cTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAAc > 1:19872065/1‑67 (MQ=255) cTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAAc > 1:24393461/1‑67 (MQ=255) cTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAAc > 1:339194/1‑67 (MQ=255) cTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAAc > 1:676635/1‑67 (MQ=255) cTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAAc > 1:26934304/1‑67 (MQ=255) cTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAAc > 1:7383234/1‑67 (MQ=255) cTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAAc > 1:8038571/1‑67 (MQ=255) tCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagagggttaacgtcgcttaatattgc > 1:5134504‑M2/1‑37 (MQ=255) tCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAAc > 1:13077947/1‑66 (MQ=255) tCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACg < 1:28993050/67‑1 (MQ=255) ccTACGCAACCTTCAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCt < 1:21575597/68‑1 (MQ=38) cGCAATATTCAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggag > 1:19278604‑M2/1‑32 (MQ=255) cGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggag > 1:15602446‑M2/1‑32 (MQ=255) gaaaTATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAg > 1:1953745/3‑68 (MQ=255) gCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAg > 1:18503463/1‑68 (MQ=255) aaTATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGt < 1:19046473/67‑1 (MQ=255) aaTATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTc > 1:27480912/1‑68 (MQ=255) tatTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGa < 1:14282161/68‑1 (MQ=255) atTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg < 1:25932245‑M2/35‑10 (MQ=255) atTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGAt > 1:429016/1‑68 (MQ=255) atTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGAt > 1:9398191/1‑68 (MQ=255) atTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGAt > 1:13219742/1‑68 (MQ=255) atTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGAt > 1:14441057/1‑68 (MQ=255) atTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGAt > 1:10872271/1‑68 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGc > 1:29849627/1‑44 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGc > 1:6139480/1‑67 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGc > 1:3768559/1‑67 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGc > 1:6104608/1‑67 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGc > 1:23931800/1‑67 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGc > 1:26490976/1‑67 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGc > 1:15939107/1‑67 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGc > 1:20123836/1‑67 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGc > 1:10055279/1‑67 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGc > 1:22792363/1‑67 (MQ=255) gCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGc > 1:23822917/1‑67 (MQ=255) gACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGccc > 1:7919776/1‑67 (MQ=255) cGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCt < 1:17618474/68‑1 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTcc < 1:16581564/68‑1 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTcc < 1:25268329/68‑1 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTc > 1:8767237/1‑67 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTc < 1:8558699/67‑1 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTc < 1:18097462/67‑1 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTc < 1:13925947/67‑1 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTc < 1:1260432/67‑1 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTc < 1:29706479/67‑1 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTc < 1:29267449/67‑1 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTc < 1:2729779/67‑1 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTGCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTc < 1:17416567/67‑1 (MQ=255) aCCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCg < 1:14626776/68‑1 (MQ=255) cccTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGTTTTGCCCGCTTGCCGa > 1:24125979/1‑68 (MQ=255) cccTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGa > 1:21329850/1‑68 (MQ=255) cccTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGa > 1:20776674/1‑68 (MQ=255) cccTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGa > 1:9258960/1‑68 (MQ=255) cccTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGa > 1:17139529/1‑68 (MQ=255) 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cccGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATcac > 1:6480937/1‑68 (MQ=255) | CTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACA > CP009273/471361‑471495 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |