| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 471426 | 304 (0.640) | 21 (0.060) | 8/88 | NT | 6.9% | intergenic (+19/+12) | ybaY/ybaZ | outer membrane lipoprotein/excision repair protein, alkyltransferase‑like protein ATL |
| ? | CP009273 | = 471428 | 326 (0.880) | intergenic (+21/+10) | ybaY/ybaZ | outer membrane lipoprotein/excision repair protein, alkyltransferase‑like protein ATL | |||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
CGACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/471349‑471426‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taaccctctccgGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCACCTGA < CP009273/471428‑471362 GACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAA < 1:17921818/68‑1 GACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAA < 1:5104729/68‑1 ACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAA > 1:33695266/1‑67 ACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAA > 1:1860621/1‑67 ACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAA > 1:29231787/1‑67 ACTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAA > 1:19908540/1‑67 CTTCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAAC > 1:5931107/1‑67 TCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCT < 1:38162497/68‑1 TCACCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCC > 1:7087007/1‑67 CCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCT > 1:4588631/1‑67 CCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCT > 1:15446909/1‑67 CCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCT > 1:37724931/1‑67 CCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCT > 1:766329/1‑67 CCAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCT > 1:30395846/1‑67 CAACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCC > 1:18194582/1‑68 AACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCG < 1:34601460/68‑1 AACTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCC > 1:37454953/1‑67 GAATCAGTCTGCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCACCGCGCGGAGAG < 1:1481647/68‑1 CTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTGCGGGCGGAGCGGGTTAACGTCGCTTATTATTGCG > 1:32169792/1‑68 CTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCG > 1:35726694/1‑68 TCCTACGCAATATTTAGCGACGTTAACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTTACGTCGCTTAATATTGCGT > 1:24389674/1‑68 CCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGGGTA > 1:38336969/1‑68 ACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGGGAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGA > 1:28827432/1‑68 GCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGGGCGGAGTGGGTTAACGTCGGTTAATATTGCGTAGGA > 1:22544305/1‑66 GCGACGTTAACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCC > 1:37788052/1‑68 GCGACGTTAACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACGGCC > 1:10407686/1‑68 GCGACGTTAACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGCCGCTTAATATTGCGTTGGAGCTGGAACTGCC > 1:24978178/1‑68 TAACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACG > 1:19777921/1‑68 AACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGG < 1:21835844/68‑1 AACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGG < 1:22212401/68‑1 AACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGG < 1:26087791/68‑1 ACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGA > 1:3420470/1‑68 ACCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGA > 1:15959057/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGTGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:17350606/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTACCGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCAGAAGACGGAT > 1:9206409/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:32543145/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:1808471/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:28669334/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:17717114/1‑68 CCCTCTCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGAT > 1:29463322/1‑68 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TCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCA > 1:100263/1‑66 TCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCA > 1:28145139/1‑66 TCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCA > 1:31038013/1‑66 TCCGGGCGGAGAGGGTTAACGTAGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCACa > 1:14035029/1‑67 TCCGGGCGGAGAGGGTTAACGACGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCA > 1:349294/1‑66 CCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCACgt > 1:27316153/1‑66 CCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCACCT < 1:29630495/68‑1 CCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCA > 1:334011/1‑65 CCGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCA > 1:26790512/1‑65 CGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCACCTG > 1:14481786/1‑68 CGGGCGGAGAGGGTTAACGTCGCTTAATATTGCGTAGGAGCTGGAACTGCCGAAGACGGATTCACCTG > 1:10922196/1‑68 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |