| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 471426 | 304 (0.640) | 21 (0.060) | 8/88 | NT | 6.9% | intergenic (+19/+12) | ybaY/ybaZ | outer membrane lipoprotein/excision repair protein, alkyltransferase‑like protein ATL |
| ? | CP009273 | = 471428 | 326 (0.880) | intergenic (+21/+10) | ybaY/ybaZ | outer membrane lipoprotein/excision repair protein, alkyltransferase‑like protein ATL | |||||
Only 100 of 583 total aligned reads displayed.
CTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACA > CP009273/471361‑471495 | tCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCc < 1:25075158‑M2/68‑2 (MQ=255) acgtgAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcgg > 1:27316153‑M2/3‑65 (MQ=255) tGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggaga < 1:23813250‑M2/68‑7 (MQ=255) tGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggaga < 1:29091760‑M2/68‑7 (MQ=255) tGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggaga < 1:35887522‑M2/68‑7 (MQ=255) tGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcgga > 1:100263‑M2/1‑62 (MQ=255) tGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcgga > 1:28145139‑M2/1‑62 (MQ=255) gAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagag > 1:27734290‑M2/1‑61 (MQ=255) gAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagag > 1:29667592‑M2/1‑61 (MQ=255) gAATCCGGCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagag > 1:29344471‑M2/1‑61 (MQ=255) gAATCCGGCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAAAATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagag > 1:9548519‑M2/1‑61 (MQ=255) aaTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagag > 1:3537333‑M2/1‑60 (MQ=255) aTCCGTCTTCTGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGGTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:9206409‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:24904602‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:22144550‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:27105607‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:20135828‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:18151076‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:29958788‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:3047039‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:6514098‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:4735289‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:32900188‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagaggg > 1:34045602‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagagg > 1:14488843‑M2/1‑59 (MQ=255) tCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagagggt > 1:28874928‑M2/1‑58 (MQ=255) cGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagagggtta > 1:11120215‑M2/1‑56 (MQ=255) ggCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagagggttaacgtcgc > 1:21550001‑M2/1‑49 (MQ=255) gCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTcc > 1:37614766/1‑68 (MQ=255) aGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCa < 1:4044696/67‑1 (MQ=255) aGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCa > 1:25422832/1‑67 (MQ=255) tCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAg < 1:19115904/65‑1 (MQ=255) tCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAg < 1:3615952/65‑1 (MQ=255) tCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGc < 1:16257083/66‑1 (MQ=255) tCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCg < 1:28681759/67‑1 (MQ=255) tCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCg < 1:31092557/67‑1 (MQ=255) cTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAAc > 1:35601805/1‑67 (MQ=255) cTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAAc > 1:24427951/1‑67 (MQ=255) tCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagagggttaacgtcgcttaatattgc > 1:10350064‑M2/1‑37 (MQ=255) tCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAAc > 1:5242671/1‑66 (MQ=255) tCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAAc > 1:26204038/1‑66 (MQ=255) ccTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAAc > 1:7899664/1‑65 (MQ=255) ccTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCt < 1:15812684/68‑1 (MQ=255) tACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGc < 1:21282392/68‑1 (MQ=255) cGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggag > 1:13393672‑M2/1‑32 (MQ=255) cGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCaa > 1:34345226/1‑68 (MQ=255) cGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCaa < 1:22539387/68‑1 (MQ=255) gCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAg > 1:23331034/1‑68 (MQ=255) gCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAg > 1:33431723/1‑68 (MQ=255) gCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAg > 1:16845793/1‑68 (MQ=255) aaTATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTc > 1:24556987/1‑68 (MQ=255) atatTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCg > 1:36328683/1‑68 (MQ=255) atatTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCg < 1:20414079/68‑1 (MQ=255) atTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGAt > 1:17366388/1‑68 (MQ=255) atTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGAt > 1:16997393/1‑68 (MQ=255) atTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGAt > 1:16020554/1‑68 (MQ=255) tAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGAttt > 1:32193981/1‑68 (MQ=255) cgcGACGTAACCCCCCCCCGCCcggagagggttaacgtcgcttaatattgcgtaggagctggaactgc > 1:12235762‑M2/2‑22 (MQ=255) 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tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTcc < 1:34537855/68‑1 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTc < 1:23423242/67‑1 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTc < 1:34939523/67‑1 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTc < 1:22932860/67‑1 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTc < 1:22220890/67‑1 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTc < 1:8253478/67‑1 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTc < 1:21880551/67‑1 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTc < 1:28447336/67‑1 (MQ=255) tAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTc < 1:5794138/67‑1 (MQ=255) cccTCTCCGCCCGGAGAGGGTTTGGAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTGCCCGa > 1:10509853/1‑68 (MQ=39) 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ccGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATcaca < 1:30816874/68‑1 (MQ=255) ccGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATcac > 1:36927909/1‑67 (MQ=255) | CTCAGGTGAATCCGTCTTCGGCAGTTCCAGCTCCTACGCAATATTAAGCGACGTTAACCCTCTCCGCCCGGAGAGGGTTAGTAGTTCCAGCGATAACGCTGCAAGTCGATTTGCCCGCTTCCCGATACCATCACA > CP009273/471361‑471495 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |