New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 725624 | 246 (0.520) | 12 (0.030) | 8/98 | NT | 5.3% | coding (586/4194 nt) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin |
? | CP009273 | = 725679 | NA (NA) | coding (641/4194 nt) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin |
TCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/725551‑725624 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaagcggTCCACCAGCCCGGTCAGTACCCGGT < CP009273/725679‑725655 TCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGG > 1:6295414/1‑68 CGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGGCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGA < 1:4749947/68‑1 CGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGA < 1:24771395/68‑1 GTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAA < 1:20705237/68‑1 tagCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGC < 1:4133175/65‑1 TATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGC < 1:12047496/68‑1 TATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGC < 1:14273249/68‑1 TATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAG < 1:14918111/67‑1 TATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAG < 1:31696707/67‑1 ATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCG < 1:38603070/68‑1 ATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCG > 1:34865932/1‑68 ATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCG > 1:34394218/1‑68 ATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCG < 1:36166571/68‑1 ATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCG > 1:3093420/1‑68 ATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCG < 1:7840685/68‑1 ATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCG < 1:8457100/68‑1 ATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCG < 1:1171221/68‑1 ATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGGGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCG < 1:21990002/68‑1 TCTGGCGCCAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCGCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGG < 1:36966386/68‑1 TCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGCAGCGG < 1:38079074/68‑1 TCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGCAGCGG < 1:20758486/68‑1 TCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGG < 1:24405578/68‑1 TCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGG < 1:37011077/68‑1 TCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGG < 1:36966362/68‑1 TCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGGGCCGGAAGCGG < 1:33532128/68‑1 CTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCtga < 1:30444425/68‑4 TGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCC‑GAAGCGGTCC < 1:19410158/68‑1 CAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGTCCACCAG < 1:19836812/68‑1 CAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGTCCACCAG < 1:16003212/68‑1 AAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCCGAAGCGGTCCACCAGC < 1:22781180/68‑1 CCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGTCCACCAGCCCGGT < 1:6636325/66‑1 CCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGGGCCCGAAGCGGTCCACCAGCCCGG < 1:9346464/65‑1 GCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGTCCACCAGCCCGGTCAGT < 1:31347638/68‑1 GCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGTCCACCAGCCCGGTCAGT < 1:24209010/68‑1 GGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGTCCACCAGCCCGGTCAGTAC < 1:11072974/65‑1 GCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCCGAAGCGGTCCACCAGCCCGGTCAGTACCCG < 1:246194/67‑1 GCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCCGAAGCGGTCCACCAGCCCGGTCAGTACCCG < 1:198482/67‑1 GCCGTGGTGGCTGCTCGGCGGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGTCCACCAGCCCGGTCAGTACCCG < 1:11907904/67‑1 CGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCCGAAGCGGTCCACCAGCCCGGTCAGTACCCGGT < 1:25926146/67‑1 TCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/725551‑725624 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaagcggTCCACCAGCCCGGTCAGTACCCGGT < CP009273/725679‑725655 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |