| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 725624 | 246 (0.520) | 12 (0.030) | 8/98 | NT | 5.3% | coding (586/4194 nt) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin |
| ? | CP009273 | = 725679 | NA (NA) | coding (641/4194 nt) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin | |||||
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
TCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTG > CP009273/725557‑725665 | tCTGGCGCCAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCGCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGG < 1:36966386‑M1/68‑1 (MQ=255)tCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGG < 1:24405578‑M1/68‑1 (MQ=255)tCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGGGCCGGAAGCGG < 1:33532128‑M1/68‑1 (MQ=255) cTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGa > 1:8349891/1‑68 (MQ=35) cTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGa > 1:22171192/1‑68 (MQ=35) cTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGa > 1:19418365/1‑68 (MQ=35) tGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGAt < 1:22437810/68‑1 (MQ=35) tGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGAt < 1:30718827/68‑1 (MQ=35) tGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGAt < 1:33086042/68‑1 (MQ=35) tGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGAt < 1:33390007/68‑1 (MQ=35) tGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGAt < 1:1506996/68‑1 (MQ=35) ggCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATg > 1:27217561/1‑68 (MQ=35) cGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGa < 1:23272677/67‑1 (MQ=35) cGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGa < 1:2277253/67‑1 (MQ=35) gACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAgg < 1:1858582/68‑1 (MQ=35) gACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAgg < 1:5976929/68‑1 (MQ=35) gACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAgg < 1:20013477/68‑1 (MQ=35) gACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAgg < 1:22948143/68‑1 (MQ=35) gACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAgg > 1:26563928/1‑68 (MQ=35) gACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAgg < 1:16217997/68‑1 (MQ=35) cAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGtccaccag < 1:19836812‑M1/68‑9 (MQ=255) cAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGtg < 1:23748251/68‑1 (MQ=35) cAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGt < 1:38510730/67‑1 (MQ=35) cAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGt < 1:14206224/67‑1 (MQ=35) cAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGGGCCGGAAGCGGAGGAGGt < 1:37417804/67‑1 (MQ=255) cAAACAGTCCGCAGGGGCCGGGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGt < 1:36074885/67‑1 (MQ=25) aaCAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGt > 1:28569135/1‑65 (MQ=35) aaCAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGt > 1:19291246/1‑65 (MQ=35) aaCAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGt > 1:2349129/1‑65 (MQ=35) aCAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGtgctg < 1:25970306/68‑1 (MQ=35) aCAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGtgctg < 1:6362805/68‑1 (MQ=35) aCAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGtgct > 1:17641068/1‑67 (MQ=35) aGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGtgctg > 1:14478146/1‑66 (MQ=35) aGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGtgctg > 1:14525047/1‑66 (MQ=35) tCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGctgcct > 1:17397394/1‑67 (MQ=35) ccGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGtgctgc < 1:401269/64‑1 (MQ=35) ccGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGctgcctgc > 1:10963316/1‑68 (MQ=35) ccGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGGGCCCGAAGCGGtccaccagcccgg < 1:9346464‑M1/65‑14 (MQ=255) gCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGtccaccagcccggtcagt < 1:31347638‑M1/68‑19 (MQ=255) 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cGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTgccg < 1:37143232/68‑1 (MQ=35) cGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTgcc < 1:33738410/67‑1 (MQ=35) cGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTgcc < 1:15452157/67‑1 (MQ=35) cGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTgcc < 1:10079478/67‑1 (MQ=35) cGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTgcc < 1:18678437/67‑1 (MQ=35) cGTGGTGGCGGCGCGGCTGGTGGGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTgcc < 1:25581108/67‑1 (MQ=11) tggtggCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTgccgcc > 1:25830628/1‑68 (MQ=35) ggtggCTGCTCGGCTGGTGTGCGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGccgccg > 1:12760694/1‑68 (MQ=25) gtggCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGt > 1:15997343/1‑68 (MQ=35) tggCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGt < 1:28187267/67‑1 (MQ=35) tggCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGt < 1:36327959/67‑1 (MQ=35) tggCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGt < 1:381430/67‑1 (MQ=35) tggCTGCGCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGt < 1:29535772/67‑1 (MQ=25) ggcggcTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTAc < 1:8903226/68‑1 (MQ=25) ggCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTa > 1:18951461/1‑67 (MQ=35) ggCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTAc < 1:5722907/68‑1 (MQ=35) ggCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTAc < 1:35125910/68‑1 (MQ=35) ggCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTAc < 1:31084773/68‑1 (MQ=35) ggCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTAc < 1:34621344/68‑1 (MQ=35) ggCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTAc < 1:14798857/68‑1 (MQ=35) 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cTGGTGGTAGCGGGTGCCGGAAGCAGATGAGGTTCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTg < 1:7201778/67‑1 (MQ=11) | TCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTACTG > CP009273/725557‑725665 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |