| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4311466 = | 646 (1.370) | 44 (0.110) | 17/94 | NT | 8.4% | coding (48/453 nt) | phnG | ribophosphonate triphosphate synthase subunit |
| ? | CP009273 | 4311493 = | 415 (1.050) | coding (21/453 nt) | phnG | ribophosphonate triphosphate synthase subunit | |||||
Only 100 of 836 total aligned reads displayed.
TCACCTCATAGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAAT > CP009273/4311399‑4311532 | tCACCTCATAGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGc < 1:35656155‑M2/67‑1 (MQ=255) cctgacgcgcgccgacatgattgaattcactatggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCGcc < 1:7742364‑M1/4‑1 (MQ=255) ccTCATAGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGcc < 1:34545857/68‑1 (MQ=255) ctgccgcgcgccgacatgattgaattcactatggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCGCCa < 1:1699866‑M1/5‑1 (MQ=255) ctgacgcgcgccgacatgattgaattcactatggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCg > 1:33064706‑M1/64‑65 (MQ=255) ctgacgcgcgccgacatgattgaattcactatggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCg > 1:6739551‑M1/64‑65 (MQ=255) ctgacgcgcgccgacatgattgaattcactatggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCg > 1:12138482‑M1/64‑65 (MQ=255) tCATAGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCa > 1:28526220/1‑67 (MQ=255) tCATAGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAg < 1:1937774/68‑1 (MQ=255) gacgcgcgccgacatgattgaattcactatggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCGCCAGc > 1:18452362‑M1/62‑68 (MQ=255) gacgcgcgccgacatgattgaattcactatggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCGCCAGc > 1:17286204‑M1/62‑68 (MQ=255) cATAGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGc < 1:19550151/68‑1 (MQ=255) tAGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAc < 1:20734471/68‑1 (MQ=255) cgcgcgccgacatgattgaattcactatggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCGCCAGCa > 1:3975914‑M1/60‑67 (MQ=255) cgcgcgccgacatgattgaattcactatggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCGCCAGCa > 1:28667194‑M1/60‑67 (MQ=255) gcgcgccgacatgattgaattcactatggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCGCCAGc < 1:34155599‑M1/7‑1 (MQ=255) aGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACg < 1:33636751/68‑1 (MQ=255) aGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACg > 1:19943357/1‑68 (MQ=255) aGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACg > 1:35366546/1‑68 (MQ=255) aGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACg > 1:25317668/1‑68 (MQ=255) aGTCCGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGCGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACg < 1:7277390/68‑1 (MQ=255) gTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACgg > 1:2179390/1‑68 (MQ=255) gTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACgg > 1:32680745/1‑68 (MQ=255) gTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACgg > 1:33807026/1‑68 (MQ=255) gTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACgg > 1:32160108/1‑68 (MQ=255) gTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACgg > 1:3333761/1‑68 (MQ=255) ggcggTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACa < 1:14290534/68‑1 (MQ=255) ggcggTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACa < 1:36498084/68‑1 (MQ=255) cggTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACAt < 1:31534388/67‑1 (MQ=255) ggTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCTCCAGCACGGACATcc > 1:28065026/1‑68 (MQ=255) gTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCt < 1:13094190/68‑1 (MQ=255) gTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCAAGt > 1:29430502/1‑65 (MQ=255) ttAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTg > 1:29783500/1‑67 (MQ=255) ttAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTg > 1:25854171/1‑67 (MQ=255) cgcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:3279230/1‑68 (MQ=255) cgcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:23107442/1‑68 (MQ=255) cgcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:30770576/1‑68 (MQ=255) gcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:2687006/1‑67 (MQ=255) gcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGt < 1:15602724/68‑1 (MQ=255) gcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGt < 1:23924790/68‑1 (MQ=255) gTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTcg < 1:20334488/68‑1 (MQ=255) gTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTcg < 1:3486385/68‑1 (MQ=255) gTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTcg < 1:38310114/68‑1 (MQ=255) gTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTcg < 1:9286183/68‑1 (MQ=255) tCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTcgcg < 1:16741548/68‑1 (MQ=255) tCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTcgcg < 1:6345313/68‑1 (MQ=255) tCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTcgcg < 1:38868757/68‑1 (MQ=255) cAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGTTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTcgcg < 1:15113880/67‑1 (MQ=255) ggagcactgaatgcacgcagataccgcgaccCGCCCGCACGGACATCCAGTGCGGGCGGGTCGCGGTa < 1:9594027‑M1/37‑1 (MQ=255) cGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGt < 1:38054575/65‑1 (MQ=255) cGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTa > 1:5265799/1‑66 (MQ=255) cGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTa > 1:21151958/1‑66 (MQ=255) cGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTa > 1:8800085/1‑66 (MQ=255) tgcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCg < 1:27566165/67‑1 (MQ=255) tgcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCg < 1:11702872/67‑1 (MQ=255) tgcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCg < 1:35958128/67‑1 (MQ=255) tgcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCg < 1:22257351/67‑1 (MQ=255) tgcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCg < 1:4783514/67‑1 (MQ=255) tgcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCg < 1:37875581/67‑1 (MQ=255) tgcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCg < 1:10053560/67‑1 (MQ=255) gcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTg < 1:38577617/68‑1 (MQ=255) gcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTg < 1:16347953/68‑1 (MQ=255) gcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTg < 1:16002170/68‑1 (MQ=255) tCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCAt < 1:24239177/65‑1 (MQ=255) tCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCAt < 1:10627676/65‑1 (MQ=255) tCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCAt < 1:11038030/65‑1 (MQ=255) tCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCAt < 1:16476728/65‑1 (MQ=255) cAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAg > 1:8167033/1‑68 (MQ=255) cAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAg > 1:17619978/1‑68 (MQ=255) gCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt > 1:37593026/1‑67 (MQ=255) gCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt > 1:24466264/1‑67 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGGATTCAGTGc > 1:18048443/1‑67 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:11427177/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:18720076/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:22804374/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:30433541/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:13577626/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:1343887/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc > 1:37320508/1‑67 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:8993287/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:29032512/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGGCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:31175616/65‑1 (MQ=255) cGGTGGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:2648650/67‑1 (MQ=255) ggTTGGCTGTGCTCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTc < 1:8544931/68‑1 (MQ=255) ggTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTc < 1:24873908/68‑1 (MQ=255) ggTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTc < 1:34341798/68‑1 (MQ=255) ttGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTcc < 1:12705156/67‑1 (MQ=255) ttGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTcc < 1:13896915/67‑1 (MQ=255) ttGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTcc < 1:26273313/67‑1 (MQ=255) ttGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTcc < 1:23598020/67‑1 (MQ=255) ttGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTcc < 1:22394544/67‑1 (MQ=255) accgcgaccCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCa < 1:30099841‑M1/59‑1 (MQ=255) tGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCAt < 1:36776026/68‑1 (MQ=255) ggCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATa > 1:5745310/1‑68 (MQ=255) ggCTGTGAGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATa < 1:4299593/68‑1 (MQ=255) cgcgcccCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATa < 1:19097935‑M1/61‑1 (MQ=255) cgcgaccCGCCAGCACGGCCATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCAGTCAGTGCTCCAt < 1:7031289‑M1/60‑1 (MQ=255) gCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTAGCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATa < 1:14709355/67‑1 (MQ=255) tCGCGAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTTCTCCATAGTGAAt > 1:12334503‑M1/2‑68 (MQ=255) gcgcCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAAt < 1:6079337/68‑1 (MQ=255) | TCACCTCATAGTCGGCGGTGATGTTTAGCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACGGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAAT > CP009273/4311399‑4311532 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |