| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4311466 = | 646 (1.370) | 44 (0.110) | 17/94 | NT | 8.4% | coding (48/453 nt) | phnG | ribophosphonate triphosphate synthase subunit |
| ? | CP009273 | 4311493 = | 415 (1.050) | coding (21/453 nt) | phnG | ribophosphonate triphosphate synthase subunit | |||||
Only 100 of 706 total aligned reads displayed.
GCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGCGCGCGTCAGGCTG > CP009273/4311426‑4311559 | cgcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACCTCCAGTGCTGGCggg > 1:6085510/1‑68 (MQ=255) cgcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:32112577/1‑68 (MQ=255) cgcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:26396898/1‑68 (MQ=255) cgcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:7096925/1‑68 (MQ=255) gcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:16967429/1‑67 (MQ=255) gcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGt < 1:23924790/68‑1 (MQ=255) tCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTcgcg < 1:33745641/68‑1 (MQ=255) tCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTcgcg < 1:16741548/68‑1 (MQ=255) tatggagcactgaatgcacgcagataccgcgacccgccagcactggatgtccgtgctggcgGGTcgcg < 1:9140795‑M2/7‑1 (MQ=255) tatggaccactcaatgcacccagataccgcgacccgccagcactgcatgtccgtgcgggcgGGTcgcg < 1:17947220‑M2/7‑1 (MQ=255) tggaccactcaatccacgcagatcccgcgacccgccagcactggatgtccgtgctggcgGGTCGCGGt < 1:6487882‑M2/9‑1 (MQ=255) gCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTa > 1:33277321/1‑67 (MQ=255) cGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGt < 1:4000985/65‑1 (MQ=255) cGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTa > 1:10498827/1‑66 (MQ=255) cGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTa > 1:21151958/1‑66 (MQ=255) cGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTa > 1:15680674/1‑66 (MQ=255) cGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTAt < 1:14684796/67‑1 (MQ=255) cGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTAt < 1:36975953/67‑1 (MQ=255) gTGCTGCCAGTTCAGCCGGGTGGCTGTGCGCCAGCCC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTa > 1:17196025/1‑65 (MQ=255) gTGCTGCCAGTTCAGCCGGGTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCt < 1:30331942/68‑1 (MQ=255) gctgcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACTGGATGTCC‑GTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGc > 1:38333913/1‑68 (MQ=21) gctgcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTg < 1:11653804/67‑1 (MQ=255) actgaatgcacgcagataccgcgacccgccagcactggatgtccgtgctggcgGGTCGCGGTATCTg < 1:21827986‑M2/14‑1 (MQ=255) tgcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCg < 1:10053560/67‑1 (MQ=255) tgcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCg < 1:26177288/67‑1 (MQ=255) tgcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCg < 1:35958128/67‑1 (MQ=255) tgcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCg < 1:13803569/67‑1 (MQ=255) tgcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCg < 1:18198548/67‑1 (MQ=255) tgcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGt > 1:34107044/1‑68 (MQ=255) tgcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACACCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCg < 1:5593329/67‑1 (MQ=255) gcCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTg < 1:12379495/68‑1 (MQ=255) tgcacgcagataccgcgaccCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCAt < 1:32543316‑M1/48‑1 (MQ=255) gTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCAt > 1:20349236/1‑67 (MQ=255) ttCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCAt < 1:29580419/66‑1 (MQ=255) ttCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTc > 1:24306983/1‑68 (MQ=255) tCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTc < 1:7665084/67‑1 (MQ=255) tCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAA‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCAtt < 1:27799969/66‑1 (MQ=255) ccGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCGGGCGGGTCGCGGTATCTGCGGGCATTCAGTGc < 1:30571685/68‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:11427177/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:31065306/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:30079129/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:37448951/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:1343887/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:6917689/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:26656631/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:11086448/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:32757200/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:8038055/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:8991082/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:36554057/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:19455274/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:9497576/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:24868140/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:37766119/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:22259989/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:2291585/67‑1 (MQ=255) cGGTGGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:5311142/67‑1 (MQ=255) ggTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTc < 1:3541533/68‑1 (MQ=255) ggTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTc < 1:3799073/68‑1 (MQ=255) ggTTGGCTGTGCGCAAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTc < 1:38232543/68‑1 (MQ=255) ataccgcgaccCGCCAGCAC‑GGCCATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCt < 1:17506950‑M1/56‑1 (MQ=255) ttGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTcc < 1:23495571/67‑1 (MQ=255) ttGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTcc < 1:34557746/67‑1 (MQ=255) ttGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTcc < 1:28805865/67‑1 (MQ=255) ttGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTcc < 1:27414671/67‑1 (MQ=255) taccgcgacccgcccgcactggatgtccgtgcgggcgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTcc < 1:9594027‑M2/31‑1 (MQ=255) accgcgaccCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGtgctgca < 1:16115033‑M1/59‑4 (MQ=255) tGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCAt < 1:38755325/68‑1 (MQ=255) ggCTGTGAGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATa < 1:4299593/68‑1 (MQ=255) cTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAg < 1:34332456/67‑1 (MQ=255) cTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAg < 1:35696936/67‑1 (MQ=255) cTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAg < 1:32992216/67‑1 (MQ=255) gtgCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGa < 1:19180847/68‑1 (MQ=255) gtgCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGa < 1:38932208/68‑1 (MQ=255) gtgCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGa < 1:14047850/68‑1 (MQ=255) CCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCa < 1:14401447‑M1/68‑1 (MQ=255) AC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATc > 1:1657180‑M1/1‑66 (MQ=255) AC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCAt < 1:34834623‑M1/68‑1 (MQ=255) ggACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATg > 1:15106249/1‑67 (MQ=255) ggACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATg > 1:18421099/1‑67 (MQ=255) atgtccgtgctggcgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCg > 1:24509774‑M2/16‑67 (MQ=255) aTCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGgc > 1:25396393/1‑68 (MQ=255) ccAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCATTCATGTCGgcgc > 1:13213533/1‑68 (MQ=255) ccAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGgcgc > 1:29239777/1‑68 (MQ=255) ccAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGgcgc > 1:5060865/1‑68 (MQ=255) aGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGgcgcgc > 1:22700311/1‑68 (MQ=255) aGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGgcgcgc > 1:33118401/1‑68 (MQ=255) aGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGgcgcgc > 1:8314855/1‑68 (MQ=255) aGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATAATGTCGgcgcgc > 1:25723830/1‑68 (MQ=255) tgctggcgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGcgcgcg > 1:12962729‑M2/9‑67 (MQ=255) gctggcgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGcgcgcg < 1:18600708‑M2/59‑1 (MQ=255) gctggcgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGcgcgcg < 1:3137211‑M2/59‑1 (MQ=255) gctggcgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGCGCGCGTc > 1:18868212‑M2/8‑68 (MQ=255) gctggcgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGCGCGCGTc > 1:8603927‑M2/8‑68 (MQ=255) tggcgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGCGCGCGTCAg < 1:28491228‑M2/63‑1 (MQ=255) cgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGCGCGCGTCAg > 1:12138482‑M2/3‑65 (MQ=255) cgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGCGCGCGTCAg > 1:20738342‑M2/3‑65 (MQ=255) cgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGCGCGCGTCAg > 1:23675393‑M2/3‑65 (MQ=255) cgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGCGCGCGTCAg > 1:36366854‑M2/3‑65 (MQ=255) gGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGCGCGCGTCAGGCTg < 1:1993220‑M2/67‑1 (MQ=255) | GCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGCGCGCGTCAGGCTG > CP009273/4311426‑4311559 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |