| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 4538708 | 475 (1.010) | 23 (0.060) | 8/94 | NT | 5.8% | coding (84/903 nt) | fimH | minor component of type 1 fimbriae |
| ? | CP009273 | = 4538723 | 355 (0.900) | coding (99/903 nt) | fimH | minor component of type 1 fimbriae | |||||
Only 100 of 886 total aligned reads displayed.
CCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATG > CP009273/4538641‑4538775 | cccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAAT > 1:19876406‑M1/1‑68 (MQ=255)cccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACAGCCAAT > 1:16744946‑M1/1‑68 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg > 1:24336344/1‑68 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg < 1:9149820/68‑1 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg > 1:23028656/1‑68 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg > 1:10833747/1‑68 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg > 1:11854710/1‑68 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg > 1:19124141/1‑68 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg > 1:1858635/1‑68 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg < 1:3309296/68‑1 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg > 1:34175866/1‑68 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg > 1:36292189/1‑68 (MQ=255) cTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATgg < 1:17226125/68‑1 (MQ=255) tGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGt > 1:23353390/1‑68 (MQ=255) tGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGt > 1:10246289/1‑68 (MQ=255) ttGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTAcc < 1:836076/68‑1 (MQ=255) ttGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTAcc > 1:22784502/1‑68 (MQ=255) tGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCg < 1:27036792/68‑1 (MQ=255) tGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCg < 1:27450650/68‑1 (MQ=255) tGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCg < 1:18226389/68‑1 (MQ=255) gCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTAcc > 1:28706570/1‑66 (MQ=255) gCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGc < 1:15102387/68‑1 (MQ=255) gTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTa > 1:26785624/1‑67 (MQ=255) gTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTa > 1:6226942/1‑67 (MQ=255) gTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTa > 1:13975923/1‑67 (MQ=255) gTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTAt < 1:25329966/68‑1 (MQ=255) aCTTCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATc < 1:7833816/67‑1 (MQ=255) aCTGCTTATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATcc < 1:10020163/68‑1 (MQ=255) 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tagggatagcggtaccattggcggttttacaggcgaatgaccaggcatttaccgaccagcccatcagc < 1:5228806‑M1/68‑68 (MQ=255) tagggatagcggtaccattggcggttttacaggcgaatgaccaggcatttaccgaccagcccatcagc < 1:24938268‑M1/68‑68 (MQ=255) | CCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATG > CP009273/4538641‑4538775 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |