| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 4616792 | 329 (0.700) | 4 (0.010) | 3/102 | NT | 1.2% | coding (1064/1383 nt) | radA | DNA repair protein |
| ? | CP009273 | = 4616815 | 368 (0.860) | coding (1087/1383 nt) | radA | DNA repair protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 491 total aligned reads displayed.
TGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACTTAGCGTT > CP009273/4616726‑4616858 | tGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGGACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt < 1:30599833/68‑1 (MQ=255)tGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt < 1:26144825/68‑1 (MQ=255)tGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt < 1:22755489/68‑1 (MQ=255)tGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt < 1:6207526/68‑1 (MQ=255)tGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt < 1:34126057/68‑1 (MQ=255)tGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt < 1:13895256/68‑1 (MQ=255)tGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt < 1:14644796/68‑1 (MQ=255)tGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGA > 1:20090455‑M1/1‑67 (MQ=255)tGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGCTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt < 1:19011113/68‑1 (MQ=255)tGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGGGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt < 1:22646251/68‑1 (MQ=255)tGGAACAAAACCGTCTGCCAATCCTGCTGGCGGAGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt < 1:38843758/68‑1 (MQ=255) aaCAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCa < 1:29861978/67‑1 (MQ=255) aCAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAgg < 1:26452018/68‑1 (MQ=255) aCAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAgg < 1:37995369/68‑1 (MQ=255) aCAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAgg < 1:354956/68‑1 (MQ=255) aCAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAgg > 1:4716678/1‑68 (MQ=255) aCAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAgg < 1:31782254/68‑1 (MQ=255) aCAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAgg < 1:31081295/68‑1 (MQ=255) aCAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAgg < 1:25374659/68‑1 (MQ=255) aCAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAg < 1:37451026/67‑1 (MQ=255) aCAAAACCGTCTGGCAATCATGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGCTGGTCTGCAAATGGACGATCAgg > 1:5070149/1‑68 (MQ=255) aaaaCCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGAt < 1:9849424/68‑1 (MQ=255) aaaaCCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGAt < 1:13251236/68‑1 (MQ=255) aaCCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTGACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGAtgt < 1:9259139/68‑1 (MQ=255) aaCCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGAtgt < 1:18689654/68‑1 (MQ=255) aaCCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGAtgt < 1:27020/68‑1 (MQ=255) aaCCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGAtgt < 1:23235631/68‑1 (MQ=255) aaCCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGAtgt < 1:7320991/68‑1 (MQ=255) aaCCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGAtgt < 1:13568923/68‑1 (MQ=255) 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aCCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTa > 1:22350460/1‑68 (MQ=255) aCCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTa > 1:22953489/1‑68 (MQ=255) aCCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTa > 1:23812489/1‑68 (MQ=255) aCCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTa > 1:24344053/1‑68 (MQ=255) aCCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTa > 1:30326145/1‑68 (MQ=255) cGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTaa > 1:575799/1‑67 (MQ=255) cGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTaa > 1:32183680/1‑67 (MQ=255) cGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTaa > 1:31517788/1‑67 (MQ=255) cGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAAc < 1:11723410/68‑1 (MQ=255) cGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAAc < 1:19346428/68‑1 (MQ=255) cACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGa > 1:6703970/1‑68 (MQ=255) ggtggtCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGaaa > 1:596025/1‑67 (MQ=255) gtggtCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAAcc > 1:34663448/1‑68 (MQ=255) tggtCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAGCCGAAACCa > 1:29149524/1‑68 (MQ=255) tggtCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCa > 1:33236068/1‑68 (MQ=255) tggtCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCa > 1:17552945/1‑68 (MQ=255) tggtCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCa > 1:35898285/1‑68 (MQ=255) tggtCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCa > 1:9447387/1‑68 (MQ=255) tggtCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAAAGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCa > 1:33068217/1‑68 (MQ=255) ggtCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAg > 1:38682906/1‑68 (MQ=255) ggtCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAg > 1:5585010/1‑68 (MQ=255) ggtCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAg > 1:29025279/1‑68 (MQ=255) ggtCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAg > 1:2562958/1‑68 (MQ=255) ggtCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAg > 1:27656783/1‑68 (MQ=255) ggtCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAg > 1:11935900/1‑68 (MQ=255) ggtCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAg > 1:37598784/1‑68 (MQ=255) cTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTg < 1:20267483/67‑1 (MQ=255) aaaTGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGTTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGa < 1:17862565/67‑1 (MQ=255) aaaTGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCg > 1:15202896/1‑66 (MQ=255) aaaTGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCg > 1:4187954/1‑66 (MQ=255) 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gAccacgttcacaaacacatcctgatcggccatttgcagaccaccgtgacggtgcaacacagccagca < 1:15777041‑M1/68‑67 (MQ=255) | TGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACTTAGCGTT > CP009273/4616726‑4616858 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |