New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 2279605 = | 429 (0.910) | 31 (0.090) | 12/86 | NT | 9.4% | coding (1751/1761 nt) | yejM | essential inner membrane DUF3413 domain‑containing protein; lipid A production and membrane permeability factor |
? | CP009273 | 2279638 = | 265 (0.730) | intergenic (+23/‑52) | yejM/proL | essential inner membrane DUF3413 domain‑containing protein; lipid A production and membrane permeability factor/tRNA‑Pro |
Only 100 of 733 total aligned reads displayed.
AGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGGTAG > CP009273/2279538‑2279672 | agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:22414274/68‑1 (MQ=255) agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:30791957/68‑1 (MQ=255) tgcgctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattt > 1:21587744‑M1/67‑67 (MQ=255) tgcgctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTc < 1:28940674‑M1/2‑1 (MQ=255) tgcgctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTc < 1:5460313‑M1/2‑1 (MQ=255) tgcgctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTc > 1:38227750‑M1/67‑68 (MQ=255) gcgctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTc < 1:21295470‑M1/2‑1 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:32713839/1‑67 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:26048465/1‑67 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:32321642/1‑67 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:11122538/1‑67 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:5630342/1‑67 (MQ=255) gtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCg < 1:16259501/67‑1 (MQ=255) gctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaatatattTCGCt < 1:34243147‑M1/5‑1 (MQ=255) gctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCt > 1:10420389‑M1/64‑68 (MQ=255) gctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCt < 1:7643059‑M1/5‑1 (MQ=255) tacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacacagattgcaagtaagatattTCGCTa < 1:6441078‑M1/6‑1 (MQ=255) acgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTa < 1:36602800‑M1/6‑1 (MQ=255) aagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTaa < 1:30486247/67‑1 (MQ=255) cgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACt > 1:24254213‑M1/60‑68 (MQ=255) cgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACt > 1:35352408‑M1/60‑68 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTa > 1:26335426/1‑65 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACt < 1:12529293/68‑1 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACt < 1:24431592/68‑1 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACt < 1:19329317/68‑1 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATCCCCAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACt < 1:7281649/68‑1 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTGAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGCAGCGTTTTATCGCTa > 1:36180235/1‑65 (MQ=255) gtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTg < 1:28535791‑M1/10‑1 (MQ=255) 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aaaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaat < 1:21072941/68‑1 (MQ=255) aaaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCT‑ACTGattaatt < 1:15483261/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:33751164/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:5959727/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:15828230/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt > 1:14436501/1‑68 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:35809617/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:6730929/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:29695023/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:37006656/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:37910647/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:27694144/68‑1 (MQ=255) ccACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATtat < 1:4726115/68‑1 (MQ=255) ccACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATtat < 1:23012038/68‑1 (MQ=255) ccACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATtat < 1:18143909/68‑1 (MQ=255) acaGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATaa < 1:27095930/68‑1 (MQ=255) tAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAg < 1:17249325/68‑1 (MQ=255) tAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAg > 1:16485259/1‑68 (MQ=255) gTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTa > 1:23548321/1‑68 (MQ=255) gTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTa > 1:810559/1‑68 (MQ=255) gTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTa > 1:26560630/1‑68 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc < 1:19556728/68‑1 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc > 1:8291909/1‑68 (MQ=255) tGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCg < 1:13817603/68‑1 (MQ=255) aTTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAat < 1:25087812/68‑1 (MQ=255) aTTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAat < 1:19867880/68‑1 (MQ=255) aTTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAat > 1:22738140/1‑68 (MQ=255) aTTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAat < 1:12935684/68‑1 (MQ=255) aTTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAat < 1:3167203/68‑1 (MQ=255) ttGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAata < 1:4966108/68‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |