| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2680401 | NA (NA) | 17 (0.040) | 4/90 | NT | NA | noncoding (8/20 nt) | REP187 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP187 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 2680405 | NA (NA) | noncoding (12/20 nt) | REP187 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP187 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 613 total aligned reads displayed.
AAGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCGA > CP009273/2680334‑2680468 | aaGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATG > 1:9612761‑M1/1‑68 (MQ=255)aaGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATG > 1:35083583‑M1/1‑68 (MQ=255) aGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATgg < 1:29120775/68‑1 (MQ=255) aaaaCATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAca < 1:18644703‑M2/67‑3 (MQ=255) aaCATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatcc > 1:13692951‑M2/1‑63 (MQ=255) aaCATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGAATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatcc < 1:27961312‑M2/68‑6 (MQ=255) ttcattACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGCTGTTGCCGGATGGAAAcatccggca < 1:37272305‑M2/68‑10 (MQ=255) cattACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggcaac > 1:31682904‑M2/1‑57 (MQ=255) cattACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggcaac > 1:26860896‑M2/1‑57 (MQ=255) attACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggcaaca > 1:24745268‑M2/1‑56 (MQ=255) attACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggcaac < 1:24508081‑M2/67‑12 (MQ=255) attACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAAcc < 1:7009023/68‑1 (MQ=255) tACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCt > 1:8239183/1‑68 (MQ=255) tACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCt > 1:20862515/1‑68 (MQ=255) cGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTg > 1:35406134/1‑68 (MQ=255) tGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGAcgc > 1:10494349/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCgg > 1:22480450/1‑68 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCgg < 1:30148913/67‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:16345873/68‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:19181864/68‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:32125455/68‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCCGCAACCCTTGACGCGGt < 1:21539835/68‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCATAAGGGGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATTGCAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:6786794/68‑1 (MQ=255) tttGGCCCGCAAAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGt < 1:18884619/68‑1 (MQ=255) ggCCCGCAAAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAAcatccggcaacatcaaattacagcac > 1:8011748‑M2/1‑42 (MQ=255) gCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaa > 1:35809533/1‑68 (MQ=255) gCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaa > 1:36979158/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:21720360/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:26027067/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:21883792/1‑68 (MQ=255) cccGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTaaa > 1:10107291/1‑68 (MQ=255) aTAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGcc > 1:36520829/1‑68 (MQ=255) aTAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGc < 1:14299535/67‑1 (MQ=255) aTAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGATTAAATTGcc > 1:32277215/1‑68 (MQ=255) aaGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCcgc < 1:22723477/68‑1 (MQ=255) aGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGtttccatccggcaacatcaaattacagccccttatgcgg > 1:12529419‑M1/1‑28 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGtttccatccggcaacatcaaattacagcaccttatgcgggcc > 1:4141450‑M1/1‑26 (MQ=255) gTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc > 1:38495553/1‑68 (MQ=255) 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tGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtcg > 1:27287261/1‑68 (MQ=255) tGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtc < 1:21199804/67‑1 (MQ=255) tGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgt < 1:15657784/66‑1 (MQ=255) tGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgt < 1:8534681/66‑1 (MQ=255) tGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgt < 1:20489052/66‑1 (MQ=255) gCTGTACTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtcgt < 1:37913932/68‑1 (MQ=255) gCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGcgtcgt < 1:30997083/68‑1 (MQ=255) tGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTcc < 1:1551632/68‑1 (MQ=255) tGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTcc < 1:26482991/68‑1 (MQ=255) tGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTcc < 1:6252542/68‑1 (MQ=255) gTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCct < 1:28313137/68‑1 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct > 1:7352851/1‑68 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct > 1:33385178/1‑68 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct > 1:33216212/1‑68 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct < 1:9204151/68‑1 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct > 1:12769486/1‑68 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct < 1:31600513/68‑1 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct < 1:14459650/68‑1 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct > 1:23695111/1‑68 (MQ=255) aaTTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCctct > 1:11191407/1‑68 (MQ=255) tttGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTc > 1:25448625/1‑68 (MQ=255) tttGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTc > 1:29813067/1‑68 (MQ=255) ttGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCa < 1:36320155/68‑1 (MQ=255) gATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCAcc < 1:10211949/68‑1 (MQ=255) gATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCAcc < 1:1962414/68‑1 (MQ=255) tGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCgg > 1:25872932/1‑68 (MQ=255) tGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCgg > 1:37681620/1‑68 (MQ=255) tGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCgg > 1:29358949/1‑68 (MQ=255) tGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCgg > 1:56665/1‑68 (MQ=255) tGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCg < 1:34208481/67‑1 (MQ=255) 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gtttccatccggcaacatcaaattacagcaccttatgcgggccaaagcattcgtaatgaatgtttt > 1:34793161‑M1/1‑1 (MQ=255) ggAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCGa < 1:30570715/68‑1 (MQ=255) | AAGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCGA > CP009273/2680334‑2680468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |