| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 223526 | 63 (0.130) | 6 (0.010) | 4/100 | NT | 17.6% | noncoding (1281/2904 nt) | rrlH | 23S ribosomal RNA of rrnH operon |
| ? | CP009273 | = 223533 | 0 (0.000) | noncoding (1288/2904 nt) | rrlH | 23S ribosomal RNA of rrnH operon | |||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
CTGTGAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTC > CP009273/223466‑223559 | cTGTGAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg < 1:1156342/68‑1 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:35647522/1‑67 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:24109426/1‑67 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:23431322/1‑67 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:22869829/1‑67 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:10079964/1‑67 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:26413093/1‑67 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:29508902/1‑67 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:29512729/1‑67 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:17547589/1‑67 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:31047781/1‑67 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:36227858/1‑67 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:14640203/1‑67 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:14596563/1‑67 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:13843077/1‑67 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:10462181/1‑67 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:10489416/1‑67 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:13062114/1‑67 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:5599140/1‑67 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:38243425/1‑67 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:14114327/1‑67 (MQ=35) tgtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACAAAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAg > 1:37150460/1‑67 (MQ=25) gtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGc < 1:18805941‑M2/67‑2 (MQ=255) gtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGc < 1:14461936‑M2/67‑2 (MQ=255) gtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGc < 1:26581151‑M2/67‑2 (MQ=255) gtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGc < 1:2850385‑M2/67‑2 (MQ=255) gtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGc < 1:37452946‑M2/67‑2 (MQ=255) gtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGc < 1:30499005‑M2/67‑2 (MQ=255) gtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGc < 1:14414763‑M2/67‑2 (MQ=255) gtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGc < 1:17017367‑M2/67‑2 (MQ=255) gtgAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGc < 1:16346958‑M2/67‑2 (MQ=255) gAGGTATTCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccc < 1:5294550‑M2/67‑4 (MQ=255) gAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccc < 1:32455893‑M2/67‑4 (MQ=255) gAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccc < 1:33127745‑M2/67‑4 (MQ=255) gAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccc < 1:5353065‑M2/67‑4 (MQ=255) gAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccc < 1:34591911‑M2/67‑4 (MQ=255) gAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccc < 1:37747292‑M2/67‑4 (MQ=255) gAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccc < 1:6692000‑M2/67‑4 (MQ=255) gAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccc < 1:24798238‑M2/67‑4 (MQ=255) gAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccc < 1:8597760‑M2/67‑4 (MQ=255) gAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccc < 1:34968791‑M2/67‑4 (MQ=255) gAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccc < 1:24740262‑M2/67‑4 (MQ=255) gAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccc < 1:25410710‑M2/67‑4 (MQ=255) gAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccc < 1:14883041‑M2/67‑4 (MQ=255) gAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccc < 1:12000800‑M2/67‑4 (MQ=255) gAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccc < 1:17515415‑M2/67‑4 (MQ=255) gAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccc < 1:2282133‑M2/67‑4 (MQ=255) gAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccc < 1:15220397‑M2/67‑4 (MQ=255) gAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccc < 1:14689987‑M2/67‑4 (MQ=255) gAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccc < 1:13970814‑M2/67‑4 (MQ=255) gAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccc < 1:13616361‑M2/67‑4 (MQ=255) gAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCCGGTGAAAAGccc < 1:27616667‑M2/67‑4 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAATGGcccgc < 1:7170627‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:17302239‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:35040431‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:16478701‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:3753798‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:32428372‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:32244255‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:3093695‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:3642700‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:8812057‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:4375945‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:13283945‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:13234968‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:6126243‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:6301687‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:7326579‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:24330526‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:21284478‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:24487657‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:24553263‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:2496018‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:21907335‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:25533763‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:30629145‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:26907282‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:27115655‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:2721720‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:20001805‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:29288748‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgc < 1:19341577‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGccagc < 1:3011128‑M2/67‑6 (MQ=255) ggTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCCGGTGAAAAGcccgc < 1:14682860‑M2/67‑6 (MQ=255) gTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAACGCGGGTGAAAAGCCCGCTc > 1:25636551/1‑68 (MQ=18) gTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTc > 1:15551328/1‑68 (MQ=33) gTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTc > 1:8002413/1‑68 (MQ=33) gTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTc > 1:25278519/1‑68 (MQ=33) gTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTc > 1:19803343/1‑68 (MQ=33) gTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTc > 1:3958982/1‑68 (MQ=33) gTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTc > 1:13938263/1‑68 (MQ=33) gTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTc > 1:26417189/1‑68 (MQ=33) gTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTc > 1:26980730/1‑68 (MQ=33) tATGATGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgct > 1:17351392‑M2/1‑60 (MQ=255) ggAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgctttatcgtt > 1:13004888‑M2/1‑54 (MQ=255) ggAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgctttatcgtt > 1:28774213‑M2/1‑54 (MQ=255) ggTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgctttatcgttac > 1:21318435‑M2/1‑51 (MQ=255) ggTATCAGAAGTGCGAATGCGGACATAAGTAACGATAAAGCGGGGGAAAAGcccgctttatcgttac > 1:23913459‑M2/1‑51 (MQ=255) tCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgctttatcgttacttatg > 1:25574310‑M2/1‑47 (MQ=255) aGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGcccgctttatcgttacttatgtcagc > 1:17964566‑M2/1‑42 (MQ=255) | CTGTGAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTC > CP009273/223466‑223559 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |