New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 391213 = | 344 (0.730) | 22 (0.060) | 7/94 | NT | 5.4% | coding (531/1158 nt) | ampH | D‑alanyl‑D‑alanine‑ carboxypeptidase/endopeptidase; penicillin‑binding protein; weak beta‑lactamase |
? | CP009273 | 391301 = | 479 (1.210) | coding (443/1158 nt) | ampH | D‑alanyl‑D‑alanine‑ carboxypeptidase/endopeptidase; penicillin‑binding protein; weak beta‑lactamase |
Only 100 of 702 total aligned reads displayed.
CGTAGAAAGGTATTTCCAGCGTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATGGGTTGCCAGATTGACCAGCGTAATGGGCGTCCCATT > CP009273/391234‑391368 | gtttgtctggccaacgcgcgagcaacgctggaaatacctttctacggcgaagctgaaagccgcgccac < 1:26373921‑M2/1‑1 (MQ=255) gtctggccaacgcgcgagcaacgctggaaatacctttctacggcgaagctgaaagccgcgccaCCggg < 1:8959339‑M2/5‑1 (MQ=255) aaGGTATTTCCAGCGTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCggg < 1:20022983/66‑1 (MQ=255) aaGGTATTTCCAGCGTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGc < 1:29052388/67‑1 (MQ=255) aaGGTATTTCCAGCGTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGc < 1:28654783/67‑1 (MQ=255) ggccaacgcgcgagcaacgctggaaatacctttctacggcgaagctgaaagccgcgccaCCGGGCTGt < 1:39031975‑M2/9‑1 (MQ=255) ggccaacgcgcgagcaacgctggaaatacctttcaacggcgaagctgaacgccgcgccaCCGGGCTGt < 1:15499788‑M2/9‑1 (MQ=255) ggTATTTCCAGCGTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGt > 1:3884415/1‑68 (MQ=255) ggTATTTCCAGCGTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGt > 1:4528500/1‑68 (MQ=255) ggTATTTCCAGCGTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGt > 1:33380952/1‑68 (MQ=255) gTATTTCCAGCGTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGt > 1:32603213/1‑67 (MQ=255) tataTCCAGCGTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGt < 1:37261065/66‑1 (MQ=255) tATTTCCAGCGTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGt < 1:30355625/66‑1 (MQ=255) aTTTCCAGCGTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTc < 1:29545649/67‑1 (MQ=255) aTTTCCAGCGTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTc < 1:2251369/67‑1 (MQ=255) ccAGCGTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACggg < 1:24867488/68‑1 (MQ=255) ccAGCGTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACggg < 1:5458623/68‑1 (MQ=255) ccAGCGTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACggg < 1:17684138/68‑1 (MQ=255) cAGCGTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACggg > 1:18385114/1‑67 (MQ=255) gTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGTTGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAgg > 1:16038937/1‑68 (MQ=255) gTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCCCCGGGCTGTTCACGGGGCAgg > 1:33769401/1‑68 (MQ=255) gTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGc < 1:13544419/65‑1 (MQ=255) gTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAgg > 1:34468809/1‑68 (MQ=255) gTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAgg > 1:35333560/1‑68 (MQ=255) gTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAgg < 1:35561164/68‑1 (MQ=255) gTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAgg < 1:11341485/68‑1 (MQ=255) gcaacgctggaaatacctttctacggcgaagctgaaagccgcgccaCCGGGCTGTTCACGGGGCAgg < 1:6692356‑M2/21‑1 (MQ=255) tGCTCGCGCGTTGGCCTGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGgc < 1:10135954/68‑1 (MQ=255) 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gcgcgTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTgg < 1:37828278/68‑1 (MQ=255) gcgcgTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTgg < 1:26137114/68‑1 (MQ=255) gcgcgTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGGGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTgg < 1:4949986/68‑1 (MQ=255) gTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATg < 1:4244296/68‑1 (MQ=255) gTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATg < 1:14580185/68‑1 (MQ=255) tGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATggg < 1:5965950/68‑1 (MQ=255) tGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATgg < 1:15016593/67‑1 (MQ=255) ccAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATGGGtt < 1:31175796/67‑1 (MQ=255) ccAGACAAACACCGGACGATGTCCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATGGGtt < 1:2404367/67‑1 (MQ=255) cAAACACCGGCCGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATGGGTTGCCAg < 1:15749374/67‑1 (MQ=255) cAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATGGGTTGCCAg < 1:19610875/67‑1 (MQ=255) cAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATGGGTTGCCAGa > 1:5150369/1‑68 (MQ=255) cAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATGGGTTGCCAGa > 1:34668638/1‑68 (MQ=255) cAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATGGGTTGCCAGa > 1:11631997/1‑68 (MQ=255) cacCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATGGGTTGCCAGATTGa < 1:8386949/68‑1 (MQ=255) acCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATGGGTTGCCAGATTGa > 1:37947467/1‑67 (MQ=255) acCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATGGGTTGCCAGATTGa > 1:10557148/1‑67 (MQ=255) acCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATGGGTTGCCAGATTGa > 1:25238752/1‑67 (MQ=255) ccGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATGGGTTGCCAGATTGAcc > 1:24461548/1‑68 (MQ=255) ggACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATGGGTTGCCAGATTGACCAg < 1:20896895/68‑1 (MQ=255) 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ccGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATGGGTTGCCAGATTGACCAGCGTAATGGGCGTCCCAtt < 1:27058213/68‑1 (MQ=255) ccGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATGGGTTGCCAGATTGACCAGCGTAATGGGCGTCCCAtt < 1:31725680/68‑1 (MQ=255) | CGTAGAAAGGTATTTCCAGCGTTGCTCGCGCGTTGGCCAGACAAACACCGGACGATGTGCCGCGCCACCGGGCTGTTCACGGGGCAGGGCGCTGGTATGGGTTGCCAGATTGACCAGCGTAATGGGCGTCCCATT > CP009273/391234‑391368 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |