| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1958516 = | 387 (0.820) | 24 (0.060) | 7/96 | NT | 7.7% | coding (792/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein |
| ? | CP009273 | 1958598 = | 247 (0.610) | coding (710/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein | |||||
Only 100 of 508 total aligned reads displayed.
CCAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA > CP009273/1958533‑1958664 | cgctattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgtgt < 1:20432401‑M2/3‑1 (MQ=255)ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCTGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:25841831/68‑1 (MQ=255)ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:10034656/68‑1 (MQ=255)ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:25059658/68‑1 (MQ=255)ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:15059395/68‑1 (MQ=255)ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:32004561/68‑1 (MQ=255)ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGGCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:27782236/68‑1 (MQ=255) gctattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTc < 1:11585161‑M2/4‑1 (MQ=255) cAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTc < 1:30927355/68‑1 (MQ=255) tattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTcc < 1:37589174‑M2/5‑1 (MQ=255) tattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTcc < 1:18236142‑M2/5‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTcc < 1:2963473/65‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTcc < 1:24084807/65‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTcc < 1:12554890/65‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTcc < 1:23281522/65‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTcc < 1:31607445/65‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCAt > 1:22454063/1‑68 (MQ=255) gacGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTcc < 1:29992209/63‑1 (MQ=255) tgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTCCCATg < 1:26022513‑M2/9‑1 (MQ=255) gcccattgccgacgggcggggggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTCCCATGc < 1:16739386‑M2/10‑1 (MQ=255) gaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctcccgccgcgTGTCCCATGc < 1:24662651‑M2/10‑1 (MQ=255) gaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTCCCATGc < 1:36297756‑M2/10‑1 (MQ=255) cGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGc < 1:36991462/68‑1 (MQ=255) ggAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCt < 1:25582238/68‑1 (MQ=255) ggAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCt < 1:22964087/68‑1 (MQ=255) aTTTGTGCCACCATACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCAt < 1:4760211/68‑1 (MQ=255) aTTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCAt < 1:5867281/68‑1 (MQ=255) aTTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCAt < 1:14281459/68‑1 (MQ=255) aTTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGGCCCATGCTCAt < 1:23614064/68‑1 (MQ=255) tttGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATg < 1:18009850/68‑1 (MQ=255) tttGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATg < 1:29459558/68‑1 (MQ=255) ttggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTCCCATGCTCATg < 1:335062‑M2/15‑1 (MQ=255) ggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTCCCATGCTCATGcc < 1:21358365‑M2/17‑1 (MQ=255) gCCACCAGAGCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAt < 1:23548733/67‑1 (MQ=255) gCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAt < 1:20798322/67‑1 (MQ=255) gCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAt < 1:21126128/67‑1 (MQ=255) gCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAt < 1:6377687/67‑1 (MQ=255) ccaccaGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATg < 1:22211699/67‑1 (MQ=255) caccaGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGtt < 1:38384088/68‑1 (MQ=255) caccaGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGt < 1:13138931/67‑1 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:32793241/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:4593508/1‑67 (MQ=255) ccGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc < 1:20099600/66‑1 (MQ=255) ccGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCAc > 1:37242563/1‑68 (MQ=255) cGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCAc > 1:15954918/1‑67 (MQ=255) cGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGcc < 1:21574640/67‑1 (MQ=255) gCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCg > 1:26645424/1‑67 (MQ=255) gCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCg > 1:38722521/1‑67 (MQ=255) gCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGa < 1:822789/68‑1 (MQ=255) tGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGc < 1:11291971/68‑1 (MQ=255) tGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGc > 1:23909182/1‑68 (MQ=255) tCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCaa > 1:18478566/1‑67 (MQ=255) cAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAcc < 1:1037151/68‑1 (MQ=255) aTAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAccc > 1:4038757/1‑67 (MQ=255) aTAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAccc > 1:36037982/1‑67 (MQ=255) tAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCACCccg > 1:5439980/1‑67 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:8901297/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:27196945/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:35229724/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:19517536/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:8460781/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:11867929/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:18882048/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc < 1:4221578/68‑1 (MQ=255) gCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgccg > 1:15318478/1‑68 (MQ=255) gTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGAc > 1:21810745/1‑68 (MQ=255) ataACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGCCCAGCACCCCGCCGACaa > 1:28709925/1‑68 (MQ=255) ataACTTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACa < 1:31278431/67‑1 (MQ=255) taACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAAt < 1:17493479/68‑1 (MQ=255) taACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAAt < 1:15682111/68‑1 (MQ=255) taACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAAt < 1:34754345/68‑1 (MQ=255) taACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAAt < 1:3461812/68‑1 (MQ=255) taACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAAt < 1:32604445/68‑1 (MQ=255) aaCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCTGACAATg < 1:5129167/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcag > 1:339632/1‑39 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCACCCCGCCGACAATGt > 1:35754923/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt > 1:7751949/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt > 1:1987461/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt > 1:11661053/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:35540957/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:34301326/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:7205704/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:12333982/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:6744505/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGAAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:35070052/68‑1 (MQ=255) cTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGa < 1:34064586/46‑1 (MQ=255) gccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAc < 1:22745572‑M2/62‑1 (MQ=255) gccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGATGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAc < 1:2755216‑M2/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGTAACCCGCCGACAATGTTAATGAcc < 1:16889806‑M2/63‑1 (MQ=255) cgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAcc < 1:32189550‑M2/63‑1 (MQ=255) cgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAcc < 1:9764601‑M2/63‑1 (MQ=255) gcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCAt < 1:33093917‑M2/65‑1 (MQ=255) gcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCAt < 1:17126018‑M2/65‑1 (MQ=255) cgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCAt < 1:28125017‑M2/65‑1 (MQ=255) gTGTCCCATTCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACACGACGACAATGTTAATGACCATg < 1:30341254‑M2/66‑1 (MQ=255) gTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATg < 1:38620840‑M2/66‑1 (MQ=255) gTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATg < 1:14581384‑M2/66‑1 (MQ=255) gTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATg < 1:9266032‑M2/66‑1 (MQ=255) gTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGa < 1:19178498‑M2/67‑1 (MQ=255) gTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGa < 1:13770411‑M2/67‑1 (MQ=255) | CCAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA > CP009273/1958533‑1958664 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |