Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ CP009273 246565 247227 663 169 [152] [153] 267 lafU pseudogene, lateral flagellar motor protein fragment

Only 100 of 267 total aligned reads displayed.

GCGTCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCT  >  CP009273/247207‑247295
                     |                                                                   
acatCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:36091167/4‑68 (MQ=255)
   tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:31786661/1‑65 (MQ=255)
   tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:18355696/1‑65 (MQ=255)
   tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:21353979/1‑65 (MQ=255)
   tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:17884723/1‑65 (MQ=255)
   tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:23494421/1‑65 (MQ=255)
   tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:24073434/1‑65 (MQ=255)
   tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:16794836/1‑65 (MQ=255)
   tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:25682758/1‑65 (MQ=255)
   tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:160497/1‑65 (MQ=255)
   tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:2965587/1‑65 (MQ=255)
   tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:15743135/1‑65 (MQ=255)
   tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:31130708/1‑65 (MQ=255)
   tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:37003723/1‑65 (MQ=255)
   tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:37650386/1‑65 (MQ=255)
   tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:10328270/1‑65 (MQ=255)
    ccGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTg                   >  1:23209945/1‑68 (MQ=255)
    ccGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTg                   >  1:39029097/1‑68 (MQ=255)
      gATACGCTGTATCAAAACTTTGGTGAGCTTGTGGATAAAGTGGTGCCGCCGCTGGTGCAAAAGCGGGa                 <  1:29076081/68‑1 (MQ=255)
       aTACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGAt                >  1:1305737/1‑68 (MQ=255)
        tACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATa               >  1:32833947/1‑68 (MQ=255)
        tACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATa               >  1:3831711/1‑68 (MQ=255)
         aCGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATaa              >  1:9656579/1‑68 (MQ=255)
         aCGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATaa              >  1:33907171/1‑68 (MQ=255)
         aCGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATaa              >  1:35227077/1‑68 (MQ=255)
         aCGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATaa              >  1:38240884/1‑68 (MQ=255)
         aCGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATaa              >  1:8968449/1‑68 (MQ=255)
         aCGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATaa              >  1:16532719/1‑68 (MQ=255)
          cGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATaa              >  1:36741645/1‑67 (MQ=255)
          cGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAag             <  1:11904577/68‑1 (MQ=255)
           gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:30862517/1‑68 (MQ=255)
           gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:28111238/1‑68 (MQ=255)
           gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:4491973/1‑68 (MQ=255)
           gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:17215768/1‑68 (MQ=255)
           gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:8026530/1‑68 (MQ=255)
           gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:21479324/1‑68 (MQ=255)
           gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:13700211/1‑68 (MQ=255)
           gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:22642221/1‑68 (MQ=255)
            cTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagca           >  1:37693435/1‑68 (MQ=255)
            cTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagca           >  1:6067487/1‑68 (MQ=255)
            cTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagca           >  1:17657984/1‑68 (MQ=255)
             tgaaTCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagca           <  1:29853283/64‑1 (MQ=255)
             tGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagca           <  1:28979227/67‑1 (MQ=255)
              gTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagcagc         <  1:12364102/68‑1 (MQ=255)
              gTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagcagc         <  1:25882333/68‑1 (MQ=255)
                aTCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGcagcag       <  1:6256269/68‑1 (MQ=255)
                aTCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGcagcag       >  1:20414339/1‑68 (MQ=255)
                aTCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGcagcag       >  1:26405091/1‑68 (MQ=255)
                aTCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCAGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGcagcag       >  1:14142825/1‑68 (MQ=255)
                 tCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAgg      >  1:10662939/1‑68 (MQ=255)
                 tCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAgg      >  1:16643027/1‑68 (MQ=255)
                 tCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAgg      >  1:20769347/1‑68 (MQ=255)
                 tCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAgg      <  1:19139036/68‑1 (MQ=255)
                 tCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAgg      <  1:18142547/68‑1 (MQ=255)
                  cAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGt     <  1:32137227/68‑1 (MQ=255)
                   aaTACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGt     >  1:9072633/1‑67 (MQ=255)
                   aaTACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTg    <  1:33849190/68‑1 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:12069067/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:37955798/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:36369016/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:10158882/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:12490511/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:11596584/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:38803564/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:11362451/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:4371747/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:5106238/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:5413941/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:5853518/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:6622201/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:71483/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:7739294/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:9408346/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:18262973/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:24660070/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:18626868/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:19209420/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:19649178/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:2028585/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:1796823/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:21735252/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:22096811/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:22160524/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:23015263/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:17507123/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:23677526/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:23962889/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:35380212/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:24911578/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:25223388/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:27742922/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:27852465/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:29547838/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:15778848/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:14853551/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:14283391/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  <  1:32465474/68‑1 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:34170374/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:34770444/1‑68 (MQ=255)
                     tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:1332255/1‑68 (MQ=255)
                     |                                                                   
GCGTCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCT  >  CP009273/247207‑247295

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑