| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 519440 = | 301 (0.850) | 17 (0.060) | 11/96 | NT | 5.4% | coding (724/4281 nt) | rhsD | Rhs family putative polymorphic toxin |
| ? | CP009273 | 519532 = | 334 (1.100) | coding (816/4281 nt) | rhsD | Rhs family putative polymorphic toxin | |||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/519513‑519440‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcccgcccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGC > CP009273/519532‑519598 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCCGCACCAGACGGAACT > 1:116113/1‑67GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGCACT > 1:13438424/1‑67GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:20537860/1‑67GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:10588282/1‑67GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:21611348/1‑67GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:24365687/1‑67GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:15611137/1‑67GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:9371724/1‑67GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:26323470/1‑67GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:14701819/1‑67GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:3242767/1‑67GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:3075612/1‑67GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:28804275/1‑67GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:12864473/1‑67GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:12960224/1‑67 AGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCC < 1:4344649/68‑1 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:2003065/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:25723952/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:2091379/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:4042741/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:4845680/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGGCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:22238564/68‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:10529751/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:27712284/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:7638645/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:5309966/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:5152630/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:22859887/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:2340026/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:24001697/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:24165726/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:2470498/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:4576205/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:24799089/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:25513879/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:25763317/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:341974/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:28711407/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:12169011/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:12714865/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:1336545/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:1542540/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:18234513/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:19019972/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCGCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGGGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:7362874/67‑1 TAGCGAAGAGGGGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:11558526/67‑1 TAGCGAAGAGGGGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:1868213/67‑1 GAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCT < 1:10234624/68‑1 CCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCG > 1:19815719/1‑68 TCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCC > 1:6928392/1‑67 ACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGTACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGcc > 1:23340072/1‑65 ACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGAC > 1:28733543/1‑67 GCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACcc > 1:19566413/1‑65 GCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACAC > 1:23603990/1‑67 GCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCATCAGCGTTCCCCGACAC > 1:4962391/1‑67 TGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGG > 1:19875479/1‑68 TGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGG > 1:24650155/1‑68 CGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGT > 1:26792716/1‑67 TCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCGGACACACTGCCCGGTACCGAA > 1:17400876/1‑68 TCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAA > 1:22864810/1‑68 CCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGG > 1:57789/1‑67 ACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCG > 1:10634965/1‑68 ACGGAACTACCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAAAACGGCCCCG > 1:13524154/1‑68 CTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGG > 1:12787541/1‑68 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGG < 1:6296191/68‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGG < 1:2980826/68‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGG < 1:26140797/67‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGG < 1:26659244/66‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGG < 1:22793451/66‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGG < 1:27605746/66‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAG < 1:5506973/65‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGAC < 1:11141532/63‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGAC < 1:22068664/63‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGAC < 1:218991/63‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGAC < 1:14774832/63‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACAGAATACGGCCCCGACAGG < 1:19351084/66‑1 CCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGT < 1:5701967/68‑1 CCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGT > 1:20858715/1‑68 CCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGT > 1:14870762/1‑68 CCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGT < 1:25970184/68‑1 CCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCCGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGG < 1:9259037/67‑1 CGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTAT < 1:12336517/68‑1 CGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTAT < 1:6780414/68‑1 GCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATC < 1:9806636/68‑1 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGTTATC > 1:5148241/1‑67 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:11032602/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:11008726/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:14072863/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:26427704/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:27503893/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:15199995/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:11492448/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:7534703/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:19788731/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:9001536/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:21247801/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:12401085/1‑68 CCCCCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACCCTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGCCAGGGGTATCC > 1:15671240/1‑68 CCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:28006518/1‑67 CTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGC < 1:24900941/68‑1 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/519513‑519440‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcccgcccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGC > CP009273/519532‑519598 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |