New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 1505831 = | 231 (0.650) | 11 (0.040) | 8/94 | NT | 5.3% | intergenic (+165/‑80) | ydcR/ydcS | putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative amino transferase/polyhydroxybutyrate (PHB) synthase, ABC transporter periplasmic binding protein homolog |
? | CP009273 | 1505880 = | 200 (0.670) | intergenic (+214/‑31) | ydcR/ydcS | putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative amino transferase/polyhydroxybutyrate (PHB) synthase, ABC transporter periplasmic binding protein homolog |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
TTACTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1505904‑1505831 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acggcggctGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGTGCG > CP009273/1505880‑1505946 TTACTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACG < 1:21685677/68‑1 TTACTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACG < 1:23947322/68‑1 TACTCCTGTCGTAATTAATTGATCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGG < 1:23839080/68‑1 ACTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGC < 1:26414820/68‑1 CTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:26286890/1‑68 CTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:1113876/1‑68 CTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG < 1:25764367/68‑1 CTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:28473624/1‑68 CTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:24747418/1‑68 CTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:16884855/1‑68 taCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATATCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:15157724/3‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:2314891/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:23508913/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:19454717/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:23090216/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:22527650/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:21942753/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:21807562/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:21604376/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:19510004/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:1010263/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:26203894/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:27221607/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:3949586/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:4043761/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:418968/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:5189535/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:5222145/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:53091/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:6057351/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:6460016/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:6852859/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:7321896/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:787142/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:8855511/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:8977675/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:9607869/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:19212103/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:15215466/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:15167111/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:14647580/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:14343147/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:13727178/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:13560995/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:16767989/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:16963089/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:13125569/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:12818427/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:1891731/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:10460709/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:12464543/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:12045888/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:11159097/1‑67 CCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGC < 1:1966314/68‑1 CCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGC < 1:7995055/68‑1 CCTGGCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGGGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGC < 1:17958902/68‑1 CTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCT < 1:26161616/68‑1 CTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCT < 1:8943345/68‑1 GTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACA < 1:16222552/68‑1 GTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACA < 1:16020051/68‑1 GTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACA < 1:21685152/68‑1 TAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAA < 1:12841220/68‑1 TAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAA < 1:26929839/68‑1 GTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACG < 1:17889799/68‑1 CGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGA < 1:21908585/67‑1 GCCGTGCCGTAAAAATAACTCCTTGTTTAACCATAGCCGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGT < 1:6221751/68‑1 GCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACTGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGA < 1:1846822/67‑1 GCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGA < 1:19110390/67‑1 AAATATCTCCTTGTTTAACCATAGCCGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGA < 1:18647073/68‑1 AATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATCAG < 1:27059378/68‑1 cCGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:26710638/66‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:26132768/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:20016885/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:27794302/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:20239969/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:6751862/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:2148022/67‑1 CGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCT < 1:14703238/68‑1 CGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCT < 1:2842586/68‑1 GGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTG < 1:23010585/68‑1 GGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTG < 1:12605843/68‑1 GGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTG < 1:13623317/68‑1 CGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGT < 1:21167838/67‑1 CGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGT < 1:17943958/67‑1 GGCTGAACATTTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTTTG < 1:919214/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCACGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:17530636/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:11057728/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:10085581/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:17705641/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:13177084/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:24003219/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:29215764/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:290408/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:24959047/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:28242366/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:27391499/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:25490355/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:25729600/67‑1 TGAACAATTAATTACGACCGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGTGC < 1:16086977/67‑1 TGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGTGCG < 1:20548069/68‑1 TTACTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1505904‑1505831 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acggcggctGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGTGCG > CP009273/1505880‑1505946 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |